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- PDB-5e5r: Crystal structure of the complex between Carbonic anhydrase-like ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e5r
タイトルCrystal structure of the complex between Carbonic anhydrase-like domain of PTPRG and Immunoglobulin domains 2-3 of CNTN3
要素
  • Contactin-3
  • Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma
キーワードHydrolase/Cell Adhesion / Neural cell adhesion molecule / Receptor-type protein tyrosine phosphatase / Immunoglobulin domains / Carbonic anhydrase-like domain / Hydrolase-Cell Adhesion complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / negative regulation of epithelial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / side of membrane / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway ...Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / negative regulation of epithelial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / side of membrane / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / neuron projection development / negative regulation of neuron projection development / cell adhesion / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase, carbonic anhydrase domain / : / Immunoglobulin domain / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Carbonic Anhydrase II ...Receptor-type tyrosine-protein phosphatase, carbonic anhydrase domain / : / Immunoglobulin domain / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / MALONATE ION / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma / Contactin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nikolaienko, R.M. / Bouyain, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM088806 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Interactions Between Contactin Family Members and Protein-tyrosine Phosphatase Receptor Type G in Neural Tissues.
著者: Nikolaienko, R.M. / Hammel, M. / Dubreuil, V. / Zalmai, R. / Hall, D.R. / Mehzabeen, N. / Karuppan, S.J. / Harroch, S. / Stella, S.L. / Bouyain, S.
履歴
登録2015年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma
B: Contactin-3
C: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma
D: Contactin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2289
ポリマ－103,8304
非ポリマー3985
水1,06359
1
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma
B: Contactin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0173
ポリマ－51,9152
非ポリマー1021
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma
D: Contactin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2116
ポリマ－51,9152
非ポリマー2964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.138, 90.526, 147.448
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma / R-PTP-gamma


分子量: 30272.697 Da / 分子数: 2 / 断片: CA domain, UNP residues 56-320 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRG, PTPG / プラスミド: pET32HP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami2(DE3) / 参照: UniProt: P23470, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質 Contactin-3 / Brain-derived immunoglobulin superfamily protein 1 / BIG-1 / Plasmacytoma-associated neuronal glycoprotein


分子量: 21642.453 Da / 分子数: 2 / 断片: Immunoglobulin domains 2-3, UNP residues 124-316 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cntn3, Pang, Pcs / プラスミド: pT7HMP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Shuffle Express / 参照: UniProt: Q07409
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1% (v/v) Tacsimate pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, 50mM Imidazole-HCl pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月1日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 31166 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 56.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Χ2: 1.02 / Net I/av σ(I): 7.237 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 356562
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.695.30.58829531.07396.3
2.69-2.880.47630660.97399.8
2.8-2.9310.20.39330961.015100
2.93-3.0811.30.28530860.941100
3.08-3.28120.22530730.951100
3.28-3.5312.60.18831270.979100
3.53-3.8813.20.14731111.024100
3.88-4.4513.90.12131411.112100
4.45-5.6140.11331761.079100
5.6-5013.30.10333371.03199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å49.15 Å
Translation2.6 Å49.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Coot0.8.1モデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JXH, 5E4I

3jxh

5e4i


解像度: 2.6→49.149 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1553 5 %
Rwork0.1873 29486 -
obs0.1904 31039 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 196.64 Å2 / Biso mean: 71.2232 Å2 / Biso min: 24.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→49.149 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7205 0 27 59 7291
Biso mean--98.31 49.93 -
残基数----901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10110054
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431054
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051325
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0132730
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.68380.33911330.26662529266295
2.6838-2.77970.37381390.24772633277299
2.7797-2.8910.33941400.25226562796100
2.891-3.02250.30491410.243226552796100
3.0225-3.18190.31521390.237526622801100
3.1819-3.38120.331420.2326862828100
3.3812-3.64220.26561400.203726732813100
3.6422-4.00850.28211420.19322688283099
4.0085-4.58820.23291410.15292702284399
4.5882-5.77920.16831440.144527312875100
5.7792-49.15810.19681520.15872871302399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.62851.65270.77528.6906-1.35285.7250.5948-1.00180.54691.2093-0.69450.4008-0.7238-0.09950.10150.5856-0.10630.12270.6535-0.14150.3219-50.8968-30.162726.6603
27.0585-1.8588-2.0728.4455-0.46398.5221-0.655-0.3695-1.30760.56270.08130.36031.6062-0.0560.55970.7823-0.11770.12960.45160.05550.4836-59.1349-62.07758.0005
37.61050.1366-4.6612.8321.72288.9292-0.59291.14330.2597-0.69840.20890.1894-0.1797-0.61120.41570.6385-0.2102-0.18060.49540.05950.3857-53.3906-46.0216-7.1526
45.5282.3702-1.99416.1894-0.4224.9602-0.44340.946-0.0926-0.79020.4963-0.61320.03810.0242-0.06180.3818-0.10120.04770.4762-0.04660.2915-15.1068-20.731645.2127
58.12940.50343.50436.9970.6648.2253-0.2538-0.14990.55140.4235-0.0788-0.1909-1.09360.05140.32930.5033-0.00970.09580.2381-0.04470.329-25.9765-7.500179.5404
64.8729-4.92125.59127.5844-7.10768.72540.0259-0.1330.05-0.042-0.0639-0.24410.2498-0.00850.06250.4422-0.08450.16380.2954-0.11550.3969-21.6258-29.891981.098
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 56:320))A56 - 320
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and ((resseq 125:221))B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ((resseq 222:316))B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and ((resseq 57:320))C57 - 320
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and ((resseq 124:221))D0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and ((resseq 222:316))D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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