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- PDB-5e4k: Structure of ligand binding region of uPARAP at pH 7.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e4k
タイトルStructure of ligand binding region of uPARAP at pH 7.4
要素C-type mannose receptor 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / endocytic collagen receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / collagen catabolic process / collagen binding / osteoblast differentiation / endocytosis / signaling receptor activity / carbohydrate binding / focal adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Kringle-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
C-type mannose receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Yuan, C. / Huang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570745 中国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the ligand-binding region of uPARAP: effect of calcium ion binding
著者: Yuan, C. / Jurgensen, H.J. / Engelholm, L.H. / Li, R. / Liu, M. / Jiang, L. / Luo, Z. / Behrendt, N. / Huang, M.
履歴
登録2015年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type mannose receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0648
ポリマ－55,8821
非ポリマー1,1827
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.940, 74.940, 224.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 C-type mannose receptor 2 / uPARAP


分子量: 55881.840 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding region, UNP residues 31-510 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MRC2, CLEC13E, ENDO180, KIAA0709, UPARAP / プラスミド: PMT/BIP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 Cells / 参照: UniProt: Q9UBG0
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 31分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 5-7% PEG 3350, 1 mM CaCl2, 100 mM HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→37.47 Å / Num. obs: 20523 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.58→2.65 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.812 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E4L

5e4l


解像度: 2.58→37.47 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2568 1017 4.96 %
Rwork0.2144 --
obs0.2165 20523 97.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→37.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3335 0 74 26 3435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5474783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6572757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01613
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5801-2.71610.39761380.31632739X-RAY DIFFRACTION99
2.7161-2.88620.35281580.28062761X-RAY DIFFRACTION99
2.8862-3.10890.32111480.27612746X-RAY DIFFRACTION98
3.1089-3.42160.29991230.2392785X-RAY DIFFRACTION98
3.4216-3.91630.30531580.21642741X-RAY DIFFRACTION97
3.9163-4.93230.19861360.1792806X-RAY DIFFRACTION97
4.9323-37.47390.21621560.19682928X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.97790.0625-1.89490.1675-0.45892.7637-0.05270.50620.0076-0.23630.3107-0.2651-0.3488-0.0503-1.33720.4552-0.24920.20410.7767-0.33170.5495-9.745328.7875-0.4829
21.67771.3610.59871.99730.21650.4195-0.0165-0.09770.1704-0.0093-0.03780.2985-0.0304-0.03020.06290.9363-0.63240.1281.3196-0.41641.1995-16.497723.192911.87
30.79490.31750.06030.2504-0.12130.37140.1543-0.09160.07150.201-0.07710.2007-0.08270.01570.25450.7158-0.52970.34371.1136-0.39270.8103-10.86930.84098.325
42.21641.07992.87494.15733.43376.15230.225-0.37830.0110.2621-0.16240.10080.6471-0.41330.07521.3336-0.68230.30031.6418-0.60210.9673-8.23734.972617.799
50.6305-1.2286-0.53897.1636.02876.12280.00780.03360.13170.08730.5901-0.6786-0.40370.9277-0.6211.3285-0.7420.00881.5262-0.13360.5843-0.630529.041515.7681
60.2443-0.6181-0.64062.11942.30792.52961.055-0.8805-0.72452.1793-0.4835-0.34041.7972-0.7955-0.67151.4598-0.7422-0.01511.353-0.20460.7352-5.735119.195116.6566
70.96030.50810.69010.95630.45270.50850.05110.0382-0.0753-0.0267-0.02110.06260.05590.0313-0.70590.8429-0.5510.11361.2094-0.47630.8833-5.898520.72474.8585
80.04930.1212-0.40220.2973-1.00753.40520.3102-0.24750.69850.4956-0.17440.3351-0.8141-0.3458-0.42950.9443-0.36450.44681.0332-0.51171.10390.121645.00420.8423
92.8653-0.42860.98983.91672.41469.96210.6596-0.24380.8050.7191-0.0592-0.0791-1.3812-0.21240.26131.0407-0.2640.51351.1523-0.53531.32690.136850.05910.792
109.5921-1.3815-1.60254.6061-2.59744.7966-0.55132.0277-0.248-0.81-0.05140.8635-0.10030.20660.38910.6279-0.33430.14810.827-0.17980.74070.686843.2089-12.1552
117.6271-3.7483-5.95429.42896.40836.2470.90591.16030.2664-0.8106-1.10781.024-1.5447-1.27340.13090.55440.00410.11960.6851-0.16720.69767.889344.9235-22.7799
122.4694-0.2802-0.05273.01763.61764.37330.3785-0.34370.53070.3765-0.28260.6523-0.0019-0.20730.01740.6222-0.30080.1650.7129-0.2640.660113.549537.5017-14.331
133.64231.41621.6353.81133.15414.03590.5206-0.0561-0.43760.2754-0.0442-0.3866-0.17080.569-0.40550.5139-0.16720.18780.5785-0.25250.683222.493836.1748-19.8842
141.12661.15021.24662.46871.66854.37320.3634-0.0037-0.050.34020.2712-0.63490.56650.63960.00390.6147-0.18430.11110.7481-0.45210.679727.570437.1413-13.5923
150.1101-0.02-0.06660.00430.0150.03880.07430.1247-0.0183-0.1360.00810.22320.14660.03870.7770.4362-0.2293-0.11090.5136-0.26290.502413.14632.7947-21.101
160.1140.07760.21380.24660.23230.44040.05260.1517-0.1118-0.05110.11970.02220.21020.0904-0.17881.5092-0.5941-0.03051.1874-0.59031.571616.72297.0866-43.5222
170.4342-0.2727-0.86170.1710.54081.7084-0.33190.675-0.87480.2678-0.31470.69830.5729-0.5743-0.13480.45270.10350.02760.7242-0.42740.989628.142512.394-42.7638
182.0783-1.1065-0.91162.29782.74025.6301-0.22970.2582-0.52310.5242-0.47810.80311.0405-0.47010.52160.601-0.0290.13390.8699-0.37250.729324.594819.3524-36.3226
192.4039-0.7537-2.59296.415-4.23068.6223-0.3349-1.36280.40881.1644-0.0339-1.3350.23241.06580.21060.7963-0.0174-0.03581.2062-0.27150.717733.829623.5538-28.0231
201.37380.78110.89633.29352.09554.0352-0.2561-0.18240.04490.83580.1546-0.01380.62680.2813-1.38220.57090.08840.00860.6308-0.3920.617230.437217.4364-35.0616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 37:47)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 48:62)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 63:96)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 105:113)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 114:125)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 126:132)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 133:173)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 174:205)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 206:224)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 225:235)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 236:252)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 253:280)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 281:328)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 329:351)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 352:382)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 383:391)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 392:403)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 404:467)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 468:487)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 488:506)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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