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万見
- PDB-5e4e: Engineered Interleukin-13 bound to receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e4e
タイトルEngineered Interleukin-13 bound to receptor
要素
  • Interleukin-13
  • Interleukin-13 receptor subunit alpha-1
  • Interleukin-4 receptor subunit alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / agonist-receptor complex / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-13 receptor complex / interleukin-4 receptor activity / interleukin-13 receptor binding / negative regulation of lung ciliated cell differentiation / positive regulation of lung goblet cell differentiation / positive regulation of pancreatic stellate cell proliferation / regulation of proton transport / positive regulation of connective tissue growth factor production / erythropoietin receptor activity / production of molecular mediator involved in inflammatory response ...interleukin-13 receptor complex / interleukin-4 receptor activity / interleukin-13 receptor binding / negative regulation of lung ciliated cell differentiation / positive regulation of lung goblet cell differentiation / positive regulation of pancreatic stellate cell proliferation / regulation of proton transport / positive regulation of connective tissue growth factor production / erythropoietin receptor activity / production of molecular mediator involved in inflammatory response / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / T-helper 1 cell differentiation / Interleukin-18 signaling / negative regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / interleukin-4-mediated signaling pathway / macrophage activation / positive regulation of mast cell degranulation / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of macrophage activation / cytokine receptor activity / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of myoblast fusion / cytokine binding / defense response to protozoan / cellular response to cytokine stimulus / positive regulation of interleukin-10 production / centriolar satellite / immunoglobulin mediated immune response / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of chemokine production / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cytokine activity / positive regulation of protein secretion / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / response to nicotine / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-13 receptor subunit alpha-1, Ig-like domain / Interleukin-13 receptor subunit alpha Ig-like domain / Interleukin-4 receptor alpha, N-terminal / Interleukin-4 receptor alpha chain, N-terminal / Interleukin-13 / Interleukin-13 / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site ...Interleukin-13 receptor subunit alpha-1, Ig-like domain / Interleukin-13 receptor subunit alpha Ig-like domain / Interleukin-4 receptor alpha, N-terminal / Interleukin-4 receptor alpha chain, N-terminal / Interleukin-13 / Interleukin-13 / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-4 receptor subunit alpha / Interleukin-13 / Interleukin-13 receptor subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Moraga, I. / Thomas, C. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2015
タイトル: Instructive roles for cytokine-receptor binding parameters in determining signaling and functional potency.
著者: Moraga, I. / Richter, D. / Wilmes, S. / Winkelmann, H. / Jude, K. / Thomas, C. / Suhoski, M.M. / Engleman, E.G. / Piehler, J. / Garcia, K.C.
履歴
登録2015年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-13
B: Interleukin-4 receptor subunit alpha
C: Interleukin-13 receptor subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,36112
ポリマ－72,2463
非ポリマー1,1159
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area28950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.590, 69.370, 186.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-13 / IL-13


分子量: 12463.391 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 34-146 / 変異: L10V, V18I, L39R, D87S, T88S, L101F, K104R, K105T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL13, NC30 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P35225
#2: タンパク質 Interleukin-4 receptor subunit alpha / IL-4RA


分子量: 23212.086 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL4R, IL4RA, 582J2.1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P24394
#3: タンパク質 Interleukin-13 receptor subunit alpha-1 / IL-13RA1 / Cancer/testis antigen 19 / CT19


分子量: 36570.961 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL13RA1, IL13R, IL13RA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P78552
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.2 / 詳細: lithium sulfate, phosphate/citrate pH 4.2, PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→38.74 Å / Num. obs: 16583 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 15.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3→38.74 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2885 829 5 %
Rwork0.2338 --
obs0.2366 16583 97.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→38.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4660 0 63 0 4723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5266623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4451694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023737
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003842
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0002-3.18810.37741310.30182491X-RAY DIFFRACTION95
3.1881-3.43410.29931360.25962588X-RAY DIFFRACTION98
3.4341-3.77950.35191360.23912581X-RAY DIFFRACTION98
3.7795-4.32570.25351380.21782637X-RAY DIFFRACTION98
4.3257-5.44760.22461400.19682657X-RAY DIFFRACTION99
5.4476-38.74270.31141480.24452800X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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