[日本語] English
万見
- PDB-5e43: Crystal Structure of Beta-lactamase Sros_5706 from Streptosporang... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+43
タイトルCrystal Structure of Beta-lactamase Sros_5706 from Streptosporangium roseum
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NITRATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptosporangium roseum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7095 Å
データ登録者Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Beta-lactamase Sros_5706 from Streptosporangium roseum
著者: Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2015年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,83220
ポリマ－31,7041
非ポリマー1,12819
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.845, 92.932, 85.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

NO3

21A-301-

NO3

31A-309-

NO3

41A-309-

NO3

51A-486-

HOH

61A-497-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 31704.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptosporangium roseum (strain ATCC 12428 / DSM 43021 / JCM 3005 / NI 9100) (バクテリア)
株: ATCC 12428 / DSM 43021 / JCM 3005 / NI 9100 / 遺伝子: Sros_5706 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold / 参照: UniProt: D2ARB3, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 6.0 M Ammonium nitrate, 0.1 M, Sodium acetate trihydrate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 32159 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 17.12
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10pre_2104: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7095→29.146 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.06 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1871 1625 5.06 %Random selection
Rwork0.1593 30494 --
obs0.1607 32119 98.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7095→29.146 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2027 0 76 155 2258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9732915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0761275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7095-1.75980.3021140.26682084X-RAY DIFFRACTION83
1.7598-1.81660.28041490.22292539X-RAY DIFFRACTION100
1.8166-1.88150.18671270.18342561X-RAY DIFFRACTION100
1.8815-1.95680.19011420.15892537X-RAY DIFFRACTION100
1.9568-2.04590.19931320.15352578X-RAY DIFFRACTION100
2.0459-2.15370.18351350.14552559X-RAY DIFFRACTION100
2.1537-2.28860.18521250.14342573X-RAY DIFFRACTION100
2.2886-2.46520.17641540.14772553X-RAY DIFFRACTION100
2.4652-2.71310.20481230.1582606X-RAY DIFFRACTION100
2.7131-3.10540.19061190.16062616X-RAY DIFFRACTION100
3.1054-3.91090.1711430.14952612X-RAY DIFFRACTION100
3.9109-29.14970.171620.15812676X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.02871.69810.61327.02860.14795.9821-0.02380.3275-0.5268-0.534-0.0320.26510.3692-0.31920.09240.2937-0.0042-0.01790.2198-0.03510.220932.07333.329526.7689
20.83310.04890.50091.2820.59241.08120.03050.0533-0.0614-0.0185-0.07550.06940.0514-0.07090.04190.1579-0.00360.01090.16460.010.149328.607212.675943.5136
32.0410.33240.44031.1670.4511.6642-0.06040.15390.1476-0.09180.0764-0.0455-0.17010.1035-0.02120.186-0.00450.00290.15650.01530.165638.209832.079554.3458
40.78120.09670.34141.0570.56831.68080.0020.01770.0010.0232-0.00480.0217-0.0119-0.04360.0040.15580.00190.00890.1763-0.00350.162431.179717.70848.0018
52.47950.32640.26712.00420.39772.0489-0.04120.1032-0.0317-0.13190.0134-0.1113-0.06610.08950.03870.18490.0140.00580.1820.00590.148832.118915.466634.183
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 41 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 86 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 87 through 132 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 133 through 230 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 231 through 294 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る