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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5.0E+40 | |||||||||
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タイトル | 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase from Mycobacterium tuberculosis with D-tyrosine bound in the phenylalanine binding site | |||||||||
要素 | 3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate synthase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / amino acid / allosteric regulation / shikimate pathway / 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization / manganese ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Reichau, S. / Jiao, W. / Parker, E.J. | |||||||||
資金援助 | ニュージーランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2016 タイトル: Probing the Sophisticated Synergistic Allosteric Regulation of Aromatic Amino Acid Biosynthesis in Mycobacterium tuberculosis Using -Amino Acids. 著者: Reichau, S. / Blackmore, N.J. / Jiao, W. / Parker, E.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e40.cif.gz | 202.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e40.ent.gz | 159.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e40.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5e40_validation.pdf.gz | 473.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5e40_full_validation.pdf.gz | 482.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5e40_validation.xml.gz | 38.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5e40_validation.cif.gz | 56.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/5e40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/5e40 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 50828.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: aroG_1, ERS024751_03564, ERS094182_00944, ERS124362_02783 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0E8NFD1, UniProt: O53512*PLUS, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase |
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-非ポリマー , 5種, 547分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 1.5 M ammonium sulfate, 12% v/v glycerol. For soaking, 0.2 microliters of a 10 mM D-Tyr stock solution was added to equilibrated 2 microliter droplets at 48 hours and ...詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 1.5 M ammonium sulfate, 12% v/v glycerol. For soaking, 0.2 microliters of a 10 mM D-Tyr stock solution was added to equilibrated 2 microliter droplets at 48 hours and 24 hours before crystal freezing, respectively |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月4日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.05→19.85 Å / Num. obs: 101083 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 762663 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3NV8 解像度: 2.05→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.1829 / WRfactor Rwork: 0.1726 / FOM work R set: 0.8952 / SU B: 2.831 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.0295 / SU Rfree: 0.0259 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.95 Å2 / Biso mean: 27.469 Å2 / Biso min: 15.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→19.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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