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- PDB-5e3a: Structure of human DPP3 in complex with opioid peptide leu-enkephalin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e3a
タイトルStructure of human DPP3 in complex with opioid peptide leu-enkephalin
要素
  • Dipeptidyl peptidase 3
  • Leu-enkephalin
キーワードHYDROLASE / Peptide-complex / Zinc-hydrolase / opioid-peptide / peptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle lumen / neuronal dense core vesicle lumen / dipeptidyl-peptidase III / chromaffin granule lumen / opioid receptor binding / opioid peptide activity / synaptic signaling via neuropeptide / general adaptation syndrome, behavioral process / aggressive behavior / positive regulation of behavioral fear response ...synaptic vesicle lumen / neuronal dense core vesicle lumen / dipeptidyl-peptidase III / chromaffin granule lumen / opioid receptor binding / opioid peptide activity / synaptic signaling via neuropeptide / general adaptation syndrome, behavioral process / aggressive behavior / positive regulation of behavioral fear response / symmetric synapse / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / response to epinephrine / cell body fiber / sensory perception / cellular response to vitamin D / neuropeptide hormone activity / metalloexopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / startle response / transmission of nerve impulse / locomotory exploration behavior / response to immobilization stress / behavioral fear response / neuropeptide signaling pathway / glial cell proliferation / aminopeptidase activity / axon terminus / cellular response to cAMP / sensory perception of pain / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / Peptide ligand-binding receptors / Post-translational protein phosphorylation / response to nicotine / protein catabolic process / response to toxic substance / cellular response to virus / response to calcium ion / osteoblast differentiation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / KEAP1-NFE2L2 pathway / response to estradiol / Neddylation / cellular response to oxidative stress / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / perikaryon / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / endoplasmic reticulum lumen / neuronal cell body / dendrite / signal transduction / proteolysis / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 - #30 / Alpha-Beta Plaits - #2600 / Proenkephalin A / Dipeptidyl-peptidase 3 / Opioid neuropeptide precursor / Vertebrate endogenous opioids neuropeptide / Endogenous opioids neuropeptides precursors signature. / Peptidase family M49 / Peptidase family M49 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 ...Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 - #30 / Alpha-Beta Plaits - #2600 / Proenkephalin A / Dipeptidyl-peptidase 3 / Opioid neuropeptide precursor / Vertebrate endogenous opioids neuropeptide / Endogenous opioids neuropeptides precursors signature. / Peptidase family M49 / Peptidase family M49 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Proenkephalin-A / Dipeptidyl peptidase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kumar, P. / Reithofer, V. / Reisinger, M. / Pavkov-Keller, T. / Wallner, S. / Macheroux, P. / Gruber, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundW901 オーストリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Substrate complexes of human dipeptidyl peptidase III reveal the mechanism of enzyme inhibition.
著者: Kumar, P. / Reithofer, V. / Reisinger, M. / Wallner, S. / Pavkov-Keller, T. / Macheroux, P. / Gruber, K.
履歴
登録2015年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02024年1月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 3
B: Leu-enkephalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2576
ポリマ－82,1042
非ポリマー1534
水6,539363
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area27260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.558, 105.757, 64.992
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1189-

HOH

21A-1239-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dipeptidyl peptidase 3 / Dipeptidyl aminopeptidase III / Dipeptidyl arylamidase III / Dipeptidyl peptidase III / DPP III / ...Dipeptidyl aminopeptidase III / Dipeptidyl arylamidase III / Dipeptidyl peptidase III / DPP III / Enkephalinase B


分子量: 81548.688 Da / 分子数: 1 / 変異: C19S, E207C, E451A, S491C, C519S, C654S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP3 / プラスミド: PET28MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NY33, dipeptidyl-peptidase III
#2: タンパク質・ペプチド Leu-enkephalin


分子量: 555.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: opioid peptide from human source / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01210*PLUS

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非ポリマー , 4種, 367分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.056M SODIUM PHOSPHATE MONOBASIC MONOHYDRATE, 1.344M POTASSIUM PHOSPHATE DIBASIC
PH範囲: 8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97239 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月20日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97239 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→39.58 Å / Num. all: 48267 / Num. obs: 48267 / % possible obs: 95.09 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 32.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08875 / Rsym value: 0.08875 / Net I/σ(I): 10.73
反射 シェル解像度: 2.05→2.121 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.6197 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / % possible all: 95.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T6B

3t6b


解像度: 2.05→39.576 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / ESU R: 0.2088 / ESU R Free: 0.259 / 位相誤差: 30.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2599 2405 5 %Random selection
Rwork0.2088 ---
obs0.2113 48113 94.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.576 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5790 0 4 363 6157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6168038
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9142188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031055
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.08930.35361390.30452626X-RAY DIFFRACTION93
2.0893-2.13480.33891460.29312785X-RAY DIFFRACTION98
2.1348-2.18440.36021450.29842752X-RAY DIFFRACTION98
2.1844-2.2390.39011230.352319X-RAY DIFFRACTION82
2.239-2.29960.40481020.37241939X-RAY DIFFRACTION69
2.2996-2.36720.34021430.29662710X-RAY DIFFRACTION96
2.3672-2.44360.31191440.28012732X-RAY DIFFRACTION97
2.4436-2.5310.29051460.24932773X-RAY DIFFRACTION97
2.531-2.63230.27041460.22892792X-RAY DIFFRACTION99
2.6323-2.7520.29251480.22842810X-RAY DIFFRACTION99
2.752-2.89710.24981470.21922795X-RAY DIFFRACTION99
2.8971-3.07850.26061500.21272838X-RAY DIFFRACTION99
3.0785-3.31610.26971480.20992820X-RAY DIFFRACTION99
3.3161-3.64960.27151460.19412774X-RAY DIFFRACTION97
3.6496-4.17720.23271350.17192589X-RAY DIFFRACTION91
4.1772-5.26090.19451480.15132811X-RAY DIFFRACTION99
5.2609-39.5830.19481490.15582843X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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