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- PDB-5e38: Structural basis of mapping the spontaneous mutations with 5-flou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+38
タイトルStructural basis of mapping the spontaneous mutations with 5-flourouracil in uracil phosphoribosyltransferase from Mycobacterium tuberculosis
要素Uracil phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / uracil phosphoribosyltransferase / Mycobacterium tuberculosis / mutants
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil salvage / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / nucleoside metabolic process / GTP binding / magnesium ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uracil phosphoribosyltransferase, bacterial-type / Uracil phosphoribosyl transferase / Uracil phosphoribosyltransferase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uracil phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ghode, P. / Jobichen, C. / Ramachandran, S. / Bifani, P. / Sivaraman, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National University of SingaporeAcademic Research Grant シンガポール
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of mapping the spontaneous mutations with 5-flurouracil in uracil phosphoribosyltransferase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Ghode, P. / Jobichen, C. / Ramachandran, S. / Bifani, P. / Sivaraman, J.
履歴
登録2015年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22015年11月11日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil phosphoribosyltransferase
B: Uracil phosphoribosyltransferase
C: Uracil phosphoribosyltransferase
D: Uracil phosphoribosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6444
ポリマ－90,6444
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10470 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area31020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.089, 118.089, 77.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...
21(chain C and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNLEULEU(chain A and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...AA2 - 3211 - 41
12GLUGLUTHRTHR(chain A and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...AA34 - 4443 - 53
13ASPASPALAALA(chain A and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...AA46 - 4755 - 56
14GLUGLULEULEU(chain A and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...AA50 - 7659 - 85
15ALAALAPROPRO(chain A and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...AA78 - 9187 - 100
16GLUGLUGLUGLU(chain A and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...AA92101
17GLYGLYPHEPHE(chain A and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...AA-6 - 2043 - 213
18GLYGLYPHEPHE(chain A and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...AA-6 - 2043 - 213
19GLYGLYPHEPHE(chain A and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...AA-6 - 2043 - 213
110GLYGLYPHEPHE(chain A and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...AA-6 - 2043 - 213
21GLNGLNLEULEU(chain C and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...CC2 - 3211 - 41
22GLUGLUTHRTHR(chain C and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...CC34 - 4443 - 53
23ASPASPALAALA(chain C and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...CC46 - 4755 - 56
24GLUGLUVALVAL(chain C and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...CC50 - 5259 - 61
25PROPROPROPRO(chain C and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...CC5362
26ALAALAPHEPHE(chain C and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...CC0 - 2049 - 213
27ALAALAPHEPHE(chain C and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...CC0 - 2049 - 213
28ALAALAPHEPHE(chain C and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...CC0 - 2049 - 213
29ALAALAPHEPHE(chain C and (resseq 2:32 or resseq 34:44 or resseq...CC0 - 2049 - 213

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要素

#1: タンパク質
Uracil phosphoribosyltransferase / UMP pyrophosphorylase / UPRTase


分子量: 22660.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: upp, Rv3309c, MTV016.08c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: P9WFF3, uracil phosphoribosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.438
反射解像度: 3→33 Å / Num. obs: 22764 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.19 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O5O

1o5o


解像度: 3→31.224 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 24.64 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 2068 8.83 %
Rwork0.2047 --
obs0.2112 22764 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→31.224 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5681 0 0 28 5709
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3877890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2323457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063966
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091050
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1436X-RAY DIFFRACTION15.468TORSIONAL
12C1436X-RAY DIFFRACTION15.468TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0014-3.07640.30851520.22251556X-RAY DIFFRACTION90
3.0764-3.15940.32381460.21741568X-RAY DIFFRACTION91
3.1594-3.25220.29011510.22841579X-RAY DIFFRACTION90
3.2522-3.3570.29661390.2141567X-RAY DIFFRACTION90
3.357-3.47680.2471370.20761520X-RAY DIFFRACTION89
3.4768-3.61570.31361360.22461406X-RAY DIFFRACTION81
3.6157-3.77990.31511240.21821373X-RAY DIFFRACTION80
3.7799-3.97860.30741450.23561529X-RAY DIFFRACTION88
3.9786-4.2270.25311510.19221482X-RAY DIFFRACTION85
4.227-4.5520.23361490.17571595X-RAY DIFFRACTION91
4.552-5.00760.23431420.17031529X-RAY DIFFRACTION90
5.0076-5.72650.21151480.19331579X-RAY DIFFRACTION91
5.7265-7.19320.22811350.21451565X-RAY DIFFRACTION91
7.1932-27.42220.22131510.20191516X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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