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- PDB-5e32: Crystal structure of H5 hemagglutinin mutant (N224K, Q226L, N158D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+32
タイトルCrystal structure of H5 hemagglutinin mutant (N224K, Q226L, N158D and L133a deletion) from the influenza virus A/chicken/Vietnam/NCVD-093/2008 (H5N1)
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / H5N1 influenza virus / hemagglutinin / receptor binding specificity / transmission / glycan complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for a Switch in Receptor Binding Specificity of Two H5N1 Hemagglutinin Mutants.
著者: Zhu, X. / Viswanathan, K. / Raman, R. / Yu, W. / Sasisekharan, R. / Wilson, I.A.
履歴
登録2015年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1205
ポリマ－58,4572
非ポリマー6643
水2,504139
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,36115
ポリマ－175,3716
非ポリマー1,9919
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area30410 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area62980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.046, 133.046, 134.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1210-

HOH

21B-218-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin / HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN


分子量: 37663.824 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 17-346 / 変異: N224K, Q226L, N158D and L133a deletion / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/NCVD-093/2008(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/chicken/Vietnam/NCVD-093/2008(H5N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: PFASTBAC-HT / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: C4P282
#2: タンパク質 Hemagglutinin / HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN


分子量: 20793.016 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 347-521 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/chicken/Vietnam/NCVD-093/2008(H5N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: BACULOVIRUS / 詳細 (発現宿主): PFASTBAC-HT / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: C4P282
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 6 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03314 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03314 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 33778 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GBM

3gbm


解像度: 2.7→47.327 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 1695 5.02 %
Rwork0.1967 --
obs0.1985 33771 89.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3973 0 42 139 4154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1775562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.11513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082597
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6917-2.77080.37291430.31462484X-RAY DIFFRACTION84
2.7708-2.86030.32761370.29522700X-RAY DIFFRACTION91
2.8603-2.96250.34711510.26882731X-RAY DIFFRACTION92
2.9625-3.08110.28591160.24832742X-RAY DIFFRACTION93
3.0811-3.22130.27981520.22862731X-RAY DIFFRACTION92
3.2213-3.39110.23531570.22122724X-RAY DIFFRACTION92
3.3911-3.60350.26611520.22022704X-RAY DIFFRACTION91
3.6035-3.88160.23941290.19352708X-RAY DIFFRACTION91
3.8816-4.27190.20931400.17092652X-RAY DIFFRACTION89
4.2719-4.88960.18681380.15962653X-RAY DIFFRACTION89
4.8896-6.15820.20551380.17742653X-RAY DIFFRACTION89
6.1582-47.33460.21271420.18582594X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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