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万見
- PDB-5e1d: NTMT1 in complex with YPKRIA peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e1d
タイトルNTMT1 in complex with YPKRIA peptide
要素
  • N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
  • RCC1
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal peptidyl-glycine methylation / N-terminal peptidyl-serine dimethylation / N-terminal peptidyl-serine trimethylation / protein N-terminal methyltransferase / N-terminal peptidyl-proline dimethylation / N-terminal protein N-methyltransferase activity / mitotic nuclear membrane reassembly / protein methyltransferase activity / sulfate binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA ...N-terminal peptidyl-glycine methylation / N-terminal peptidyl-serine dimethylation / N-terminal peptidyl-serine trimethylation / protein N-terminal methyltransferase / N-terminal peptidyl-proline dimethylation / N-terminal protein N-methyltransferase activity / mitotic nuclear membrane reassembly / protein methyltransferase activity / sulfate binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / spindle organization / regulation of mitotic nuclear division / histone methyltransferase activity / nucleosome binding / spindle assembly / nucleosomal DNA binding / viral process / mitotic spindle organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / condensed nuclear chromosome / chromosome segregation / small GTPase binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / chromosome / histone binding / protein heterodimerization activity / cell division / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 1. / Alpha-N-methyltransferase NTM1 / AdoMet dependent proline di-methyltransferase / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Vaccinia Virus protein VP39 ...: / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 1. / Alpha-N-methyltransferase NTM1 / AdoMet dependent proline di-methyltransferase / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Regulator of chromosome condensation / N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Dong, C. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for substrate recognition by the human N-terminal methyltransferase 1.
著者: Dong, C. / Mao, Y. / Tempel, W. / Qin, S. / Li, L. / Loppnau, P. / Huang, R. / Min, J.
履歴
登録2015年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
B: N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
D: RCC1
E: RCC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,27567
ポリマ－56,1384
非ポリマー1,13763
水6,990388
1
A: N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
D: RCC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,73043
ポリマ－28,0692
非ポリマー66141
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA
2
B: N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
E: RCC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,54524
ポリマ－28,0692
非ポリマー47722
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.082, 107.082, 205.946
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1 / Alpha N-terminal protein methyltransferase 1A / Methyltransferase-like protein 11A / N-terminal ...Alpha N-terminal protein methyltransferase 1A / Methyltransferase-like protein 11A / N-terminal RCC1 methyltransferase / X-Pro-Lys N-terminal protein methyltransferase 1A / NTM1A


分子量: 27320.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTMT1, C9orf32, METTL11A, NRMT, NRMT1, AD-003 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V3R
参照: UniProt: Q9BV86, protein N-terminal methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド RCC1


分子量: 748.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18754*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 451分子

#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 57 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 26% PEG3350, 16% tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→29.61 Å / Num. obs: 122141 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 21.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 25.1 / Num. measured all: 2648646
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.45-1.47221.2493.112918158670.8380.2681.27898.3
7.94-29.6116.50.03869.3137468340.9990.010.0492.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.12データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: isomorphous crystal structure of same protein

解像度: 1.45→29.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.161 / WRfactor Rwork: 0.1469 / FOM work R set: 0.9038 / SU B: 1.471 / SU ML: 0.031 / SU R Cruickshank DPI: 0.0473 / SU Rfree: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Coot was used for interactive model building. Molprobity was used for geometry validation.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1688 4677 3.8 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.1536 ---
obs0.1541 117420 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.65 Å2 / Biso mean: 16.446 Å2 / Biso min: 6.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0.05 Å2-0 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3644 0 133 389 4166
Biso mean--17.45 25.26 -
残基数----464
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0194036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8251.995516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02138825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0295532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.58323.459185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.31315706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6491536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.570.7791943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5630.7771942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9081.1642440
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.178 306 -
Rwork0.199 8483 -
all-8789 -
obs--98.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8557-0.1511-0.02190.7494-0.03021.4334-0.0377-0.021-0.0040.04440.0120.0378-0.0346-0.09260.02570.03050.01530.00130.0148-0.00280.003215.968531.4638-14.5404
21.5571-0.8856-0.71021.36460.33641.3643-0.103-0.0833-0.13950.13940.05990.10570.14310.04730.04310.08160.0250.03220.04980.00590.0322-6.994238.832414.287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 223
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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