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- PDB-5e0i: Crystal structure of the HBV capsid Y132A mutant (VCID 8772) in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e0i
タイトルCrystal structure of the HBV capsid Y132A mutant (VCID 8772) in complex with NVR10-001E2 at 1.95A resolution
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / NVR10-001E2
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold / Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5J6 / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lukacs, C.M. / Abendroth, J. / Klumpp, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: High-resolution crystal structure of a hepatitis B virus replication inhibitor bound to the viral core protein.
著者: Klumpp, K. / Lam, A.M. / Lukacs, C. / Vogel, R. / Ren, S. / Espiritu, C. / Baydo, R. / Atkins, K. / Abendroth, J. / Liao, G. / Efimov, A. / Hartman, G. / Flores, O.A.
履歴
登録2015年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: Capsid protein
F: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,08912
ポリマ－106,1296
非ポリマー2,9606
水7,927440
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15440 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area40500 Å2
2
A: Capsid protein
F: Capsid protein
ヘテロ分子

D: Capsid protein
E: Capsid protein
ヘテロ分子

B: Capsid protein
C: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,08912
ポリマ－106,1296
非ポリマー2,9606
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
Buried area9240 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area46700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.600, 88.170, 102.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5


分子量: 17688.203 Da / 分子数: 6 / 断片: HBV CAPSID Y132A / 変異: Y132A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)
株: isolate United Kingdom/adyw/1979 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03147
#2: 化合物
ChemComp-5J6 / methyl 4-(2-bromo-4-fluorophenyl)-6-(morpholin-4-ylmethyl)-2-(1,3-thiazol-2-yl)pyrimidine-5-carboxylate / NVR10-001E2


分子量: 493.349 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18BrFN4O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M AMMONIUM CITRATE/CITRIC ACID PH 6.5, 9% ISOPROPANOL, 10% PEG 3350, 10% MPD, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月14日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 96089 / Num. obs: 95947 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.74 % / Biso Wilson estimate: 26.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 11.35
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 4.77 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BMG

4bmg


解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 8.92 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 4810 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.221 95947 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å20 Å20.52 Å2
2---1.79 Å20 Å2
3---2.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6864 0 180 440 7484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0197324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.97110059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9282.99615218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1155876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.64223.041296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.738151010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6131538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.061.653534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0581.6493533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6982.4554400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 379 -
Rwork0.254 6696 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.64340.2961-0.17121.1881-0.08780.1145-0.02920.0732-0.07640.02160.02220.0206-0.05790.06660.0070.0401-0.0356-0.00690.0555-0.00690.0924154.3008-51.9128127.1777
23.71840.35890.13691.3935-0.03150.1014-0.03080.06350.03010.04940.0203-0.03430.0567-0.06130.01050.0437-0.0360.00670.04720.00590.0899179.5925-41.1564127.5008
32.9005-1.56020.50253.8475-0.24450.12580.05040.0024-0.00340.003-0.085-0.0275-0.0038-0.05470.03460.00960.02270.01180.0877-0.01440.1297178.3672-11.1283126.1698
43.034-1.5181-0.49473.67690.19570.14780.0375-0.0099-0.0486-0.0015-0.08050.02450.0190.07450.0430.01690.0314-0.01610.08320.01540.1292155.75836.3985126.0364
51.87930.85010.00174.13290.44620.0814-0.0382-0.0820.0328-0.08850.02430.00330.03620.02370.01390.07810.0247-0.00310.02090.01060.1059131.0587-9.9561126.0647
62.04051.1542-0.02274.27-0.45980.0709-0.0417-0.0095-0.0489-0.14010.0301-0.0064-0.0198-0.01710.01160.08660.0257-0.00550.0196-0.01420.0899126.7147-39.108125.1712
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 500
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 500
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 500
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 500
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 500
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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