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万見
- PDB-5e0e: Crystal Structure of Cytochrome P450 2B37 from Desert Woodrat in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e0e
タイトルCrystal Structure of Cytochrome P450 2B37 from Desert Woodrat in complex with 4-(4-chlorophenyl)imidazole
要素Cytochrome P450 family 2 subfamily B
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / Cytochrome P450 / CYP2B37 / 4-(4-chlorophenyl)imidazole / Inhibitor / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


unspecific monooxygenase / aromatase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(4-CHLOROPHENYL)IMIDAZOLE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Unspecific monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Neotoma lepida (サバクウッドラット)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Shah, M.B. / Halpert, J.R. / Stout, C.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)IOS 1256840 米国
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2016
タイトル: Structure-Function Analysis of Mammalian CYP2B Enzymes Using 7-Substituted Coumarin Derivatives as Probes: Utility of Crystal Structures and Molecular Modeling in Understanding Xenobiotic Metabolism.
著者: Shah, M.B. / Liu, J. / Huo, L. / Zhang, Q. / Dearing, M.D. / Wilderman, P.R. / Szklarz, G.D. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
履歴
登録2015年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 family 2 subfamily B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3515
ポリマ－53,1991
非ポリマー1,1524
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.770, 144.770, 104.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 family 2 subfamily B


分子量: 53198.863 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-491 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neotoma lepida (サバクウッドラット)
遺伝子: CYP2B / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3) / 参照: UniProt: J9JD75
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CPZ / 4-(4-CHLOROPHENYL)IMIDAZOLE / 4-(4-クロロフェニル)-1H-イミダゾ-ル


分子量: 178.618 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7ClN2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris and 45% Polypropylene Glycol P400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→42.36 Å / Num. obs: 14619 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3.4→3.48 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 91.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SUO

1suo


解像度: 3.4→42.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 24.99 / SU ML: 0.396 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.523 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29043 756 5.2 %RANDOM
Rwork0.21152 ---
obs0.21557 13863 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 86.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→42.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3589 0 79 16 3684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223794
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8392.0095170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3375462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.60823.491169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.87815568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3841521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7131.52312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36923718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.59931482
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.884.51452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 62 -
Rwork0.345 949 -
obs--91.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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