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万見
- PDB-5e01: Crystal structure of HiNmlR, a MerR family regulator lacking the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 50
タイトルCrystal structure of HiNmlR, a MerR family regulator lacking the sensor domain, bound to palyndromic promoter DNA
要素
  • 5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*G)-3'
  • Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator HI_0186
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / MerR / thiol-based genetic switch / DNA untwisting
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR-type HTH domain signature. / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily ...MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR-type HTH domain signature. / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator HI_0186
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Counago, R.M. / Chang, C.W. / Chen, N.H. / Djoko, K.Y. / McEwan, A.G. / Kobe, B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural basis of thiol-based regulation of formaldehyde detoxification in H. influenzae by a MerR regulator with no sensor region.
著者: Counago, R.M. / Chen, N.H. / Chang, C.W. / Djoko, K.Y. / McEwan, A.G. / Kobe, B.
履歴
登録2015年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator HI_0186
B: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator HI_0186
C: 5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4454
ポリマ－40,4454
非ポリマー00
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.160, 112.640, 103.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator HI_0186


分子量: 14706.960 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: HI_0186 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21De(3) / 参照: UniProt: P44558
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*G)-3'


分子量: 5515.591 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Modified promoter element for adhC/NmlR genes from Haemophilus influenzae.
由来: (合成) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20 % w/v PEG 3,350; 0.4 M sodium nitrate; 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5; 2 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.86 Å / Num. obs: 27932 / Biso Wilson estimate: 66.61 Å2
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 3.264 / % possible all: 77.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GPV

3gpv


解像度: 2.3→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9414 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU R Cruickshank DPI: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.227 / SU Rfree Blow DPI: 0.186 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.182
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2435 1424 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.2202 27932 99.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3862 Å20 Å2-5.8652 Å2
2---1.8937 Å20 Å2
3---0.5075 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2041 732 0 228 3001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112889HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.024037HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1188SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes54HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes327HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2889HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.51
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion379SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3238SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2797 133 4.55 %
Rwork0.2427 2790 -
all0.2444 2923 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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