PDB-5dzo: Crystal structure of human T-cell immunoglobulin and mucin domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dzo

タイトル

Crystal structure of human T-cell immunoglobulin and mucin domain protein 1

要素

Hepatitis A virus cellular receptor 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / receptor / Ig V domain

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of mast cell activation / motile cilium / phagocytosis, engulfment / phosphatidylserine binding / virus receptor activity / Attachment and Entry / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.301 Å

データ登録者

Yuan, S. / Rao, Z. / Wang, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2015
タイトル: TIM-1 acts a dual-attachment receptor for Ebolavirus by interacting directly with viral GP and the PS on the viral envelope.
著者: Yuan, S. / Cao, L. / Ling, H. / Dang, M. / Sun, Y. / Zhang, X. / Chen, Y. / Zhang, L. / Su, D. / Wang, X. / Rao, Z.

履歴

登録	2015年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dzo.cif.gz	60.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dzo.ent.gz	43.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dzo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dzo_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dzo_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	5dzo_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	5dzo_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dzo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dznC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4j7z-2 4n1l-d 6shr-d 4j7z-5 4k55-d 2jju-1 1qsz-d 6sru-3 2v5f-d 2uzg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hepatitis A virus cellular receptor 1

ヘテロ分子

12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.739, 50.739, 84.162
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Hepatitis A virus cellular receptor 1 / HAVcr-1 / Kidney injury molecule 1 / KIM-1 / T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing ...HAVcr-1 / Kidney injury molecule 1 / KIM-1 / T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 1 / TIMD-1 / T-cell immunoglobulin mucin receptor 1 / TIM-1 / T-cell membrane protein 1 分子量: 11846.519 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 22-127 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAVCR1, KIM1, TIM1, TIMD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96D42
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.5 M sodium nitrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 27042 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Χ²: 1.017 / Net I/av σ(I): 34.178 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 328083

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.3-1.35	8.5	0.173	2196	0.889	81.8
1.35-1.4	11	0.151	2613	0.878	95.9
1.4-1.46	13	0.131	2689	1.039	99.2
1.46-1.54	12.6	0.111	2713	1.076	99.2
1.54-1.64	12.6	0.096	2730	0.921	99.2
1.64-1.76	13	0.084	2720	1.048	99.4
1.76-1.94	12.3	0.073	2757	1.069	99.6
1.94-2.22	12.9	0.064	2795	1.082	99.9
2.22-2.8	12.6	0.057	2823	1.017	99.9
2.8-50	12	0.068	3006	1.061	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.301→33.004 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 15.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1761	1282	4.75 %
R_work	0.1565	-	-
obs	0.1574	26993	97.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.301→33.004 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	825	0	9	156	990

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	859
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.411	1164
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.359	306
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	131
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	149

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3011-1.3532	0.1686	113	0.15	2350	X-RAY DIFFRACTION	83
1.3532-1.4148	0.1774	131	0.1519	2802	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4148-1.4894	0.1798	156	0.1511	2851	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4894-1.5827	0.1642	128	0.1425	2892	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5827-1.7049	0.1478	158	0.1484	2860	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7049-1.8765	0.1758	161	0.1549	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8765-2.148	0.1737	121	0.1551	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.148-2.706	0.1877	171	0.1662	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.706-33.0147	0.1784	143	0.1583	3153	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8591	-0.0778	-0.5151	0.773	-0.2455	1.8203	0.0366	-0.0498	0.009	0.0255	-0.0012	-0.0235	-0.0779	0.048	-0.0354	0.0957	-0.0107	-0.0027	0.0881	-0.0083	0.0996	18.0879	0.4697	10.9214
2	3.2987	-1.4673	-0.2709	0.8319	-0.0388	0.1627	-0.0184	0.0382	-0.2413	-0.0712	-0.0451	0.1232	0.2773	0.0576	-0.0107	0.1637	0.0144	0.0054	0.0928	-0.0042	0.1207	21.0495	-11.7093	3.7992
3	2.0673	0.9603	-0.5211	1.9982	-0.8141	0.6115	-0.1033	0.1183	0.0171	-0.2732	0.0365	-0.0297	0.2415	0.0355	0.002	0.1271	-0.0037	0.0135	0.0943	-0.0063	0.075	18.5827	-1.5061	-0.0393
4	1.7302	-0.5439	1.714	1.0017	0.7202	4.8903	-0.1928	0.466	0.3274	0.0133	0.0049	0.0575	-0.5479	0.1499	0.1686	0.1524	-0.0082	0.0064	0.109	0.0335	0.1683	20.0825	5.1207	-2.65
5	7.113	2.7044	1.9093	2.2924	0.5244	2.8779	-0.0291	-0.0293	0.2496	-0.0323	-0.0227	0.1039	-0.2115	-0.1051	0.0033	0.1062	0.0255	0.0055	0.0739	0.0058	0.0912	12.3662	4.6681	3.5189
6	6.7501	3.7394	-2.752	8.8848	1.052	4.1205	0.153	-0.1268	0.1962	-0.0034	0.0133	-0.4202	-0.5369	0.3095	-0.01	0.1531	-0.0298	-0.0012	0.0924	-0.0042	0.1208	24.7432	8.623	9.1006
7	4.2912	0.1104	-0.6189	0.8814	-0.2827	1.3032	0.0101	-0.0197	0.0288	-0.0135	0.0207	0.0683	-0.0038	-0.1425	-0.0208	0.0817	-0.0096	-0.0019	0.0853	-0.0056	0.0602	11.3477	-2.053	8.8835
8	3.4603	-1.991	-0.228	1.157	0.3591	4.5568	-0.0254	0.0482	0.4838	0.012	0.1237	-0.4965	0.1796	0.2718	-0.1077	0.1256	0.0165	-0.0144	0.1728	-0.0034	0.153	33.727	-7.0856	3.7242
9	2.0075	0.1831	-2.5365	1.5652	-0.3362	3.2599	-0.0197	-0.222	-0.1927	0.0597	0.0299	0.1288	0.0846	-0.0314	-0.0767	0.1106	-0	0.0013	0.1098	0.0014	0.0852	12.4783	-4.6729	14.7132

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 42 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 43 through 47 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 48 through 55 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 56 through 65 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 66 through 72 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 73 through 90 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 91 through 98 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 99 through 110 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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