PDB-5dzn: human T-cell immunoglobulin and mucin domain protein 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dzn

タイトル

human T-cell immunoglobulin and mucin domain protein 4

要素

T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4

キーワード

IMMUNE SYSTEM / receptor / Ig V domain

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoskeletal rearrangement involved in phagocytosis, engulfment / apoptotic cell clearance / phosphatidylserine binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Yuan, S. / Rao, Z. / Wang, X.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2015
タイトル: TIM-1 acts a dual-attachment receptor for Ebolavirus by interacting directly with viral GP and the PS on the viral envelope.
著者: Yuan, S. / Cao, L. / Ling, H. / Dang, M. / Sun, Y. / Zhang, X. / Chen, Y. / Zhang, L. / Su, D. / Wang, X. / Rao, Z.

履歴

登録	2015年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references / Derived calculations
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dzn.cif.gz	380.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dzn.ent.gz	314.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dzn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dzn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dzoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jcf-d 4qab-1 5j5i-2 4x16-d 6y61-2 3nxd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4

B: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4

C: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4

D: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4

E: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4

F: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4

G: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4

H: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4

102 kDa, 8 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.400, 107.297, 115.649
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: _ / Label seq-ID: 2

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B
3	chain C	C	C
4	chain D	D	D
5	chain E	E	E
6	chain F	F	F
7	chain G	G	G
8	chain H	H	H

#1: タンパク質	T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4 / TIMD-4 / T-cell immunoglobulin mucin receptor 4 / TIM-4 / T-cell membrane protein 4 分子量: 12786.616 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP RESIDUES 22-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMD4, TIM4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96H15
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20% (w/v) PEG 6000, 100 mM citric acid/sodium hydroxide, pH 5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 57162 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 0.833 / Net I/av σ(I): 16.632 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 373065

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
2.3-2.38	6.3	0.695	5638	0.794	0.3	0.758	0.485
2.38-2.48	6.6	0.494	5633	0.882	0.206	0.536	0.519
2.48-2.59	6.5	0.363	5653	0.929	0.153	0.394	0.56
2.59-2.73	6.4	0.284	5647	0.954	0.121	0.309	0.627
2.73-2.9	6.7	0.209	5665	0.971	0.087	0.227	0.769
2.9-3.12	6.6	0.163	5656	0.982	0.068	0.177	0.937
3.12-3.44	6.7	0.123	5724	0.988	0.051	0.133	1.054
3.44-3.93	6.5	0.115	5726	0.989	0.049	0.125	1.137
3.93-4.95	6.6	0.076	5796	0.996	0.032	0.082	1.097
4.95-50	6.3	0.054	6024	0.995	0.024	0.059	1.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→48.667 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2378	2724	4.77 %
R_work	0.2001	54362	-
obs	0.2019	57086	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.55 Å² / B_iso mean: 59.8255 Å² / B_iso min: 26.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→48.667 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7103	0	0	345	7448
B_iso mean	-	-	-	53.24	-
残基数	-	-	-	-	911

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7263
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.454	9811
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1111
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1245
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.732	2693

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4348	X-RAY DIFFRACTION	17.414	TORSIONAL
1	2	B	4348	X-RAY DIFFRACTION	17.414	TORSIONAL
1	3	C	4348	X-RAY DIFFRACTION	17.414	TORSIONAL
1	4	D	4348	X-RAY DIFFRACTION	17.414	TORSIONAL
1	5	E	4348	X-RAY DIFFRACTION	17.414	TORSIONAL
1	6	F	4348	X-RAY DIFFRACTION	17.414	TORSIONAL
1	7	G	4348	X-RAY DIFFRACTION	17.414	TORSIONAL
1	8	H	4348	X-RAY DIFFRACTION	17.414	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2818-2.3233	0.3244	126	0.262	2476	2602	88
2.3233-2.3679	0.3367	147	0.2679	2817	2964	100
2.3679-2.4163	0.3097	130	0.2467	2856	2986	100
2.4163-2.4688	0.2907	143	0.2468	2859	3002	100
2.4688-2.5262	0.2803	148	0.2383	2835	2983	100
2.5262-2.5894	0.2846	134	0.2425	2842	2976	100
2.5894-2.6594	0.292	145	0.2446	2860	3005	100
2.6594-2.7377	0.3026	145	0.24	2849	2994	100
2.7377-2.826	0.292	149	0.2377	2875	3024	100
2.826-2.927	0.3203	132	0.2464	2849	2981	100
2.927-3.0442	0.2662	156	0.2439	2879	3035	100
3.0442-3.1827	0.2834	130	0.2428	2861	2991	100
3.1827-3.3505	0.2595	127	0.23	2907	3034	100
3.3505-3.5603	0.217	127	0.215	2892	3019	100
3.5603-3.8351	0.2572	134	0.2013	2903	3037	100
3.8351-4.2209	0.2104	130	0.172	2917	3047	100
4.2209-4.8312	0.1694	173	0.1394	2895	3068	100
4.8312-6.0849	0.1893	178	0.1441	2934	3112	100
6.0849-48.6781	0.2267	170	0.1894	3056	3226	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2636	-0.5513	-0.7994	3.6253	1.1334	1.9954	-0.0808	-0.6163	0.5021	0.1781	0.0317	-0.2488	0.1111	0.0628	-0.0104	0.2654	0.0337	-0.0722	0.3722	-0.0258	0.3882	-9.6613	-22.9392	10.6199
2	6.1378	0.1016	2.1639	3.2964	1.0421	3.0848	0.01	-0.6038	-0.3997	0.1076	0.1087	0.309	0.1333	0.0164	-0.0374	0.2976	-0.0435	-0.0228	0.4625	0.0667	0.4045	-20.3697	-29.3492	13.2314
3	4.0871	-2.9204	0.3122	5.1376	-0.5322	3.1347	-0.2334	-0.5308	0.1484	0.4778	0.1736	-0.7553	-0.0097	0.1026	0.0483	0.349	-0.0412	-0.0855	0.5503	0.0403	0.3989	-9.9378	-28.6627	17.6553
4	7.5128	-5.0337	0.3848	5.5499	-0.5161	0.8231	-0.1744	0.1621	-0.2068	0.1193	0.2208	0.1174	-0.0804	-0.002	-0.0179	0.2656	-0.0125	0.0385	0.3946	0.0049	0.4338	-20.6283	-23.2302	4.3406
5	2.224	-2.665	1.4265	7.0152	-2.1125	7.4585	-0.3337	0.2882	-0.9123	0.9261	0.1269	0.3911	0.2142	0.833	-0.0217	0.362	-0.0099	0.0285	0.4514	0.0676	0.3876	-3.7862	-30.4566	7.7163
6	4.593	0.9417	-1.6377	1.8397	-0.8414	5.8953	-0.0574	0.1458	-0.0404	-0.4399	-0.0737	-0.2468	0.0615	0.4624	0.1779	0.3772	0.0289	0.0103	0.3498	0.0501	0.3526	-17.1046	-7.1311	-21.0368
7	4.7992	-0.8855	0.081	3.9274	-0.1945	4.1298	0.2343	-0.0112	-1.1817	-0.5141	-0.5301	0.1655	0.8486	0.3913	0.2999	0.6371	0.0617	0.0134	0.3598	0.0264	0.4238	-19.8782	-16.6529	-27.2684
8	7.6355	-3.7047	-0.6565	2.6189	0.4994	0.1013	-0.3551	0.2421	-0.1463	-0.1894	0.1049	0.5141	0.7979	-0.0936	0.3803	1.1496	-0.0654	0.0464	0.4994	0.1089	0.4427	-22.0805	-12.018	-34.7589
9	6.5159	-1.95	-0.5947	7.1331	-1.0644	6.1204	0.08	-0.2791	0.1879	-0.789	-0.0897	-0.2078	0.0264	0.2159	-0.1652	0.4464	-0.0381	0.0415	0.3774	0.0361	0.3134	-19.5867	-3.7046	-28.5183
10	8.0942	0.2573	3.1536	3.1018	-2.7083	3.8339	0.9308	0.3071	-0.9286	-0.8218	-0.5313	0.5748	0.7473	0.406	-0.538	0.5089	0.0277	-0.0552	0.4062	-0.0576	0.3971	-17.1176	-18.5417	-18.5656
11	8.2658	-3.1385	0.7858	9.2683	0.8918	5.6235	-0.1476	-0.5563	0.2632	-0.0422	0.6414	1.0332	-0.5744	-0.6076	-0.3555	0.4092	0.0874	0.0904	0.4007	0.112	0.3031	-24.7621	-2.4939	-17.8501
12	1.9462	-0.6773	-0.7386	1.7365	1.1235	3.1881	-0.1921	0.1553	-0.0015	-0.1119	0.0964	-0.3301	0.2238	0.0904	0.2163	0.5809	-0.0378	0.0213	0.2686	0.0544	0.4739	0.6647	15.4694	-13.2617
13	4.8531	0.5626	0.2133	4.7463	1.5125	6.2945	-0.2763	0.3753	0.3634	-0.6073	-0.201	0.1915	-0.153	-0.3295	0.329	0.545	-0.059	-0.0151	0.3671	0.072	0.4405	-5.7348	20.2446	-22.4951
14	9.1302	5.1523	1.1111	6.7551	3.2281	3.103	-0.4809	1.1363	1.0356	-0.2983	-0.0749	-0.0876	-0.8767	0.5561	0.8677	0.9724	-0.3066	0.0606	0.5727	0.1544	0.5458	2.3318	24.5004	-29.652
15	3.8585	2.3852	0.2372	3.6054	-0.1499	2.2526	-0.2878	0.2906	0.5017	-0.0941	0.1352	0.0696	-0.3378	0.198	0.1352	0.5887	-0.0542	0.0345	0.2702	0.0334	0.4448	-0.8781	18.7974	-18.0002
16	5.2255	0.1831	0.1866	4.5861	-1.1226	3.4525	-0.4571	-0.5529	0.8019	0.2263	0.2437	-0.7183	-0.609	0.1645	0.3006	0.5323	-0.0444	-0.0039	0.3003	-0.0917	0.6063	1.6165	23.3432	-6.9708
17	3.1415	-0.9817	-1.2654	3.2153	1.1914	3.522	-0.0978	-0.0788	0.3855	-0.1387	-0.0514	-0.2597	-0.543	-0.0495	0.0858	0.3418	0.0412	-0.0756	0.4091	-0.0246	0.5619	17.9417	-4.5161	5.5361
18	9.6732	-7.357	0.817	5.8455	-1.7536	4.3649	-0.4801	-0.1766	-0.3805	0.6036	0.1135	0.0066	-0.0499	-0.0102	0.4505	0.3361	-0.0248	-0.0117	0.393	0.0121	0.4341	27.7551	-12.0008	-3.0492
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精密化 TLSグループ

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49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 35 through 46 )	H
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resid 47 through 93 )	H
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'H' and (resid 94 through 100 )	H
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 101 through 112 )	H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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