PDB-5dzm: HIV-1 Reverse Transcriptase RH domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dzm

タイトル

HIV-1 Reverse Transcriptase RH domain

要素

Ribonuclease H

キーワード

HYDROLASE / HIV / ribonuclease / unfolding / reverse transcriptase

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonuclease H / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Pedersen, L.C. / London, R.E. / Gabel, S.A. / Zheng, X.H.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Unfolding the HIV-1 reverse transcriptase RNase H domain - how to lose a molecular tug-of-war.
著者: Zheng, X. / Pedersen, L.C. / Gabel, S.A. / Mueller, G.A. / DeRose, E.F. / London, R.E.

履歴

登録	2015年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dzm.cif.gz	265.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dzm.ent.gz	221.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dzm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dzm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3k2pS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6uep-2 3gnb-d 2cwe-d 1yab-1 6njq-1 1u1b-d 1qn9-1 3bdy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease H

D: Ribonuclease H

C: Ribonuclease H

B: Ribonuclease H

61.1 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ribonuclease H

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.3 kDa, 1 ポリマー
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2

D: Ribonuclease H

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ribonuclease H

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.3 kDa, 1 ポリマー
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4

B: Ribonuclease H

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.3 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Ribonuclease H

B: Ribonuclease H

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.6 kDa, 2 ポリマー
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6

D: Ribonuclease H

C: Ribonuclease H

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.6 kDa, 2 ポリマー
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7

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.140, 56.140, 133.749
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

詳細

This molecule in its biological context is the C-terminal domain of the HIV RT protein. It can run as either a monomer or dimer on gel filtration. In the crystal structure it has formed a domain-swapped dimer with the C-terminal helix-strand swapping between two monomers. In the crystal structure two domain-swapped dimers come together to form what looks like a tetramer.

#1: タンパク質	Ribonuclease H 分子量: 15276.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7LYY8, ribonuclease H
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 17% PEG 10,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 29211 / Num. obs: 29211 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.3 % / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 79.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3K2P

3k2p

解像度: 2.05→48.619 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.19 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2248	1415	5.05 %	Random
R_work	0.1779	-	-	-
obs	0.1803	28005	94.39 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.619 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3424	0	0	225	3649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3537
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.824	4837
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.124	1265
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	581
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	632

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0487-2.1219	0.3104	94	0.2238	1548	X-RAY DIFFRACTION	55
2.1219-2.2069	0.2612	132	0.2207	2517	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2069-2.3073	0.2948	146	0.1979	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3073-2.429	0.2415	152	0.1895	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.429-2.5812	0.2174	144	0.1883	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5812-2.7804	0.2773	154	0.2022	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7804-3.0602	0.2424	147	0.1994	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0602-3.5029	0.2289	149	0.1735	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5029-4.4128	0.1898	153	0.1416	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4128-48.6323	0.1838	144	0.1668	2808	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6469	-0.9348	1.5527	3.3882	-1.2571	6.0583	0.2503	0.5489	0.2967	-0.1055	0.0647	0.3038	-0.3929	-0.1932	-0.2584	0.2204	0.0621	0.0383	0.1489	0.0653	0.2858	-59.8153	58.0876	1.7463
2	5.1842	-3.2845	-3.5729	2.9025	2.1301	4.2596	-0.0178	-0.3582	0.2931	0.0524	0.2046	-0.2429	0.1334	0.2437	-0.1505	0.1941	0.068	0.0483	0.1217	0.0398	0.1536	-50.4995	47.4796	12.7592
3	0.6079	0.2141	0.3501	0.1511	0.096	0.2113	-0.0295	-0.2539	0.0217	-0.0092	0.077	-0.0849	0.0303	0.386	-0.1208	0.6319	0.1711	0.672	0.8199	0.075	1.0531	-29.0903	43.7717	-1.3949
4	3.5801	-0.6753	-1.3448	1.7514	1.1343	2.8667	-0.1267	-0.0042	0.0063	-0.2846	0.3227	-0.4668	0.0779	0.2767	-0.0561	0.2811	0.0615	0.136	0.1513	0.0229	0.2083	-45.4342	39.7373	8.674
5	5.111	2.0755	-3.2938	1.4277	-2.4044	6.9554	-0.4195	0.206	-0.7671	-0.4198	-0.0963	-0.5093	0.6786	0.2085	0.4941	0.562	-0.067	0.4323	0.3861	0.1101	0.7384	-35.9797	45.9655	-3.3268
6	4.574	-0.71	-2.6039	4.8052	-1.7722	5.0181	-0.078	0.551	-0.2896	-0.6014	0.2851	-0.6804	0.1937	0.3533	-0.2478	0.2507	-0.0017	0.0704	0.1582	-0.0723	0.2152	-44.7453	47.1419	1.5898
7	3.3224	1.6179	-0.4252	3.414	-0.486	3.3131	-0.1127	0.1723	0.0474	-0.1084	0.3177	0.0785	-0.0146	0.2419	-0.2097	0.1247	0.0108	0.027	0.0858	-0.0172	0.1138	-49.6878	51.7774	5.6274
8	7.7126	3.247	-5.3212	9.2324	-5.0487	4.7828	-0.0055	-0.1429	-0.1164	0.3549	-0.0994	0.5438	0.255	-0.3022	0.0774	0.2061	-0.0502	0.0339	0.3465	0.1216	0.2956	-50.9965	63.6446	-8.8125
9	7.5607	0.1617	-6.2566	4.3636	0.0008	6.9497	-0.3951	0.147	-0.7295	-0.4835	0.15	0.0075	0.7504	-0.403	0.2075	0.2086	-0.0209	0.0008	0.2103	0.0666	0.1875	-37.7268	65.0719	-19.0511
10	3.1409	-1.138	-1.4663	2.3699	0.9363	7.5303	-0.2236	-0.1802	0.0795	0.0418	-0.1436	-0.0254	-0.0499	-0.0753	0.2445	0.1036	0.0514	-0.0149	0.2467	0.0507	0.1282	-28.1985	71.4121	-8.2647
11	4.4798	0.7874	-2.4098	0.7646	-0.8079	1.5306	-0.3036	-0.0941	-0.9725	0.0863	0.1227	-0.2091	0.2419	0.2644	0.2309	0.1617	0.1523	0.0946	0.5484	0.136	0.3448	-25.4325	66.0068	-15.7528
12	3.5822	1.3068	2.1579	1.9799	-0.9379	3.2788	0.0153	0.0677	0.0209	0.0169	-0.007	-0.0154	-0.1199	-0.0873	0.02	0.1736	-0.0129	-0.0188	0.4449	0.2132	0.1943	-24.2954	76.2426	-22.6615
13	4.3826	1.0758	-4.1575	3.5048	0.1383	4.3946	-0.0149	-0.8883	0.3132	0.6778	-0.1209	0.184	-0.8276	-0.2118	-0.1416	0.3234	0.0915	-0.0621	0.4423	-0.0295	0.1417	-37.4867	79.3083	-8.0103
14	4.4907	-0.718	-2.4643	2.0091	1.3472	3.56	-0.0668	-0.4324	0.3586	-0.0237	-0.1558	0.279	-1.0063	-0.5742	0.0339	0.3081	0.1282	-0.0708	0.3767	-0.021	0.1915	-41.2079	82.1145	-12.3231
15	5.4008	0.3717	-0.9989	3.3474	0.3156	1.6538	-0.1041	-0.8205	0.1037	0.2986	0.1681	0.4608	-0.0869	-0.9088	0.0357	-0.0106	0.1924	-0.0162	0.7655	0.0919	0.1938	-44.6239	73.7515	-6.6019
16	1.9455	0.6471	0.5553	0.8695	0.8649	2.2711	-0.0723	-0.1515	0.0354	-0.1512	0.0093	0.019	-0.3814	-0.2747	0.1329	0.0372	0.0227	-0.0152	0.1772	0.0639	0.1086	-34.3902	73.5578	-18.4307
17	9.3342	5.3197	3.3281	6.3717	3.4454	6.6945	0.268	-0.7648	0.3432	0.2749	0.1286	0.0146	0.2942	-0.131	-0.3306	0.1544	0.0725	-0.0308	0.3921	0.0281	0.236	-36.1849	68.9958	-3.8191
18	5.0598	4.2387	2.6436	4.9634	2.3968	2.2713	-0.8843	0.9809	-0.2058	-0.4652	0.3972	-0.3811	0.6048	-0.2277	0.4177	0.5199	-0.1194	0.0635	0.534	0.0906	0.2989	-40.7826	55.0818	-8.4626
19	7.8127	-0.2478	-0.0057	2.193	-0.5946	2.9447	-0.3281	0.9794	-0.672	-0.7405	0.2969	-0.0433	0.2695	0.138	0.0911	0.3999	-0.1088	0.0161	0.2084	-0.038	0.1979	-51.7817	49.417	-5.0416
20	3.161	1.1082	0.379	3.56	0.2602	2.2985	-0.0388	0.0159	-0.2087	-0.0413	0.1845	0.1151	-0.1206	-0.1204	-0.1506	0.1168	0.0218	0.029	0.0334	0.0298	0.1212	-54.2429	53.0903	7.9707
21	3.0824	0.1868	0.7466	3.8052	2.1216	4.9176	0.242	-0.2387	0.4165	0.4068	0.0283	0.1453	-0.8582	-0.6729	-0.1097	0.2676	0.061	0.1202	0.1723	-0.0052	0.2805	-20.5511	80.8419	4.6705
22	0.7986	-0.5451	-0.2682	5.531	-3.8996	4.6935	0.0536	0.1202	-0.0492	-0.3844	0.1816	0.3143	0.276	-0.0376	-0.1757	0.2048	0.0651	0.0501	0.1246	0.035	0.1597	-15.8603	67.4705	-6.1079
23	1.6649	0.8131	0.7649	2.8472	-1.6603	2.7729	-0.0206	0.1535	0.1183	-0.0582	0.0678	0.0974	-0.1672	0.027	-0.0917	0.9373	-0.1475	0.4649	0.8149	0.4499	0.878	-23.8233	46.5863	7.6735
24	3.532	-0.6224	0.5368	2.5755	-0.4607	3.4929	0.2774	-0.2049	-0.4971	-0.1263	0.0378	0.1616	0.4119	-0.0573	0.3791	0.1466	0.2224	0.1061	0.0426	0.0166	0.1669	-12.2731	60.5804	-3.8845
25	5.0172	4.9908	-6.1409	5.1105	-6.5277	8.7801	0.0058	-0.6061	-0.752	0.1099	0.2436	0.3721	0.1964	-0.2749	-0.1353	0.2089	0.0871	0.0517	0.2554	0.1104	0.3038	-11.2322	56.0438	1.1161
26	4.5787	1.5236	-3.3526	1.6807	-1.0844	3.1406	-0.2636	-0.6285	-0.6429	0.0611	-0.0613	-0.2873	0.5017	0.3472	0.3759	0.4156	0.0767	0.2561	0.4684	0.3675	0.6669	-20.5367	53.9046	9.9044
27	6.4929	1.653	-0.9531	7.0822	0.2501	4.4696	0.2163	-0.7378	-0.5487	0.3375	-0.1928	-0.1463	0.465	-0.0346	-0.0916	0.2001	0.066	-0.0178	0.2319	0.0889	0.1919	-18.4144	62.3115	5.0425
28	3.6338	0.692	-0.4287	1.5	-0.2117	2.9488	0.254	-0.3239	-0.0094	-0.0512	-0.0798	-0.0643	0.1362	-0.1569	-0.1744	0.0858	0.0308	0.0061	0.1233	0.039	0.1403	-20.2059	69.1771	1.5253
29	6.7618	5.8888	-6.767	7.347	-6.9348	7.7077	0.2147	-0.5464	-0.0662	-0.0003	-0.4135	-0.6401	-0.3389	0.781	0.1256	0.2244	-0.0472	0.0749	0.2556	-0.068	0.2292	-33.5996	70.8916	20.9235
30	2.1105	0.9227	-0.0022	2.5573	2.3973	2.6517	-0.2389	-0.1116	-0.1488	-0.0393	-0.1621	-0.255	0.4214	-0.1081	0.125	0.2325	-0.018	0.0738	0.084	-0.0105	0.1669	-46.1856	59.6677	19.6835
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33	5.0007	0.8875	-2.4348	3.5812	-4.6057	6.3519	-0.2937	0.7735	0.3545	-0.8917	0.0795	0.2019	-0.6216	-0.5604	-0.2333	0.547	-0.0336	-0.0684	0.2897	-0.0356	0.1379	-49.9702	72.0996	14.6538
34	3.2654	2.0019	-2.785	6.2135	-5.5434	8.4417	-0.3583	0.2824	0.3301	-0.2668	0.3219	0.5152	-0.7668	-0.8999	-0.1739	0.3581	0.0285	-0.0947	0.2544	-0.0647	0.1688	-51.9028	74.9192	19.1652
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36	2.3515	1.0965	1.5442	2.0602	0.5519	2.6789	-0.1558	-0.1368	-0.08	0.0423	0.0555	-0.0283	-0.4517	-0.1265	0.1473	0.1619	-0.0581	0.0499	0.0701	-0.0528	0.1023	-46.4958	66.5645	25.1007
37	2.0637	1.4606	2.9786	3.996	0.4748	6.2081	-0.0785	0.5309	-0.1543	-0.5856	0.4051	0.0926	-0.1281	0.5056	-0.3243	0.4061	-0.105	0.0566	0.2176	-0.0523	0.2287	-40.3861	65.0521	10.895
38	6.1036	-0.6321	4.7041	2.0189	-3.2123	7.4349	-0.0907	-0.9797	-0.7513	0.5925	-0.3935	0.1982	0.2479	-0.1507	0.3431	0.4067	-0.0379	0.1068	0.6442	0.1005	0.4477	-24.9424	63.4262	15.8842
39	5.4606	5.0067	-1.5411	5.0969	-0.5319	4.0532	0.1538	-1.4008	-0.4599	0.781	-0.3149	-0.0857	0.133	0.3961	0.0785	0.2139	-0.0129	0.0129	0.5894	0.0405	0.2007	-18.2318	67.9045	13.2405
40	4.6633	0.1796	0.9546	1.4953	-0.1255	3.8368	0.1211	-0.2496	-0.1366	-0.158	0.0932	-0.1605	-0.0906	-0.0555	-0.2578	0.0761	0.0666	0.0318	0.1128	0.0074	0.1189	-18.355	72.9433	0.5716

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 423:432)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 433:446)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 447:451)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 452:470)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 471:474)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 475:484)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 485:508)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 509:516)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 517:530)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 531:537)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 426:434)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 436:437)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 439:448)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 449:470)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 471:482)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 483:497)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 498:506)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 507:514)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 515:524)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 525:538)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 423:432)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 433:446)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 447:450)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 451:463)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 464:469)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 470:474)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 475:484)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 485:509)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 510:527)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 528:537)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain D and resid 427:434)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain D and resid 435:438)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain D and resid 439:448)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain D and resid 449:464)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain D and resid 465:482)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain D and resid 483:497)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain D and resid 498:508)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain D and resid 509:514)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain D and resid 515:520)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain D and resid 521:538)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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