PDB-5dzb: 6beta1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dzb

タイトル

6beta1

要素

6beta1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / synthetic protein / loop design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.33 Å

データ登録者

Kabasakal, B.V. / MacDonald, J.T. / Murray, W.W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Synthetic beta-solenoid proteins with the fragment-free computational design of a beta-hairpin extension.
著者: MacDonald, J.T. / Kabasakal, B.V. / Godding, D. / Kraatz, S. / Henderson, L. / Barber, J. / Freemont, P.S. / Murray, J.W.

履歴

登録	2015年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dzb.cif.gz	517.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dzb.ent.gz	436.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dzb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5dzb_validation.pdf.gz	452 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dzb_full_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示
XML形式データ	5dzb_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	5dzb_validation.cif.gz	62 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dzb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4yc5C 4ycqC 4ydtC 4yeiC 4yfoC 5di5C 5dn0C 5dnsC 5dqaC 5draC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yfo-1 6bg9-d 6fpd-1 4nn0-d 6tgz-d 3602 4ydt-1 5mw5-d 3qc5-d 4e9l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6beta1

B: 6beta1

C: 6beta1

D: 6beta1

E: 6beta1

F: 6beta1

161 kDa, 6 ポリマー
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1

A: 6beta1

B: 6beta1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 6beta1

D: 6beta1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: 6beta1

F: 6beta1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.960, 86.530, 362.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	6beta1 分子量: 26864.357 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% v/v 1,4 butanediol HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.33→90.58 Å / Num. all: 355691 / Num. obs: 26271 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.08 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.61
反射シェル	解像度: 3.33→3.42 Å / 冗長度: 7.17 % / R_merge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: predicted structure

解像度: 3.33→90.58 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2648	1350	5.03 %	throughout
R_work	0.1967	-	-	-
obs	0.2002	26860	98.52 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.33→90.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10212	0	0	0	10212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10296
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.425	13980
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.692	6204
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	1638
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1938

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.33-3.4491	0.3405	129	0.2919	2492	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4491-3.5871	0.3004	115	0.2459	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5871-3.7504	0.3388	153	0.2297	2492	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7504-3.9481	0.2298	141	0.1734	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9481-4.1955	0.2301	139	0.1552	2532	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1955-4.5194	0.2242	121	0.1605	2494	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5194-4.9742	0.2334	139	0.1802	2412	X-RAY DIFFRACTION	94
4.9742-5.6939	0.2897	137	0.1842	2591	X-RAY DIFFRACTION	98
5.6939-7.1733	0.243	134	0.2306	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1733-90.6135	0.2794	142	0.1962	2768	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2315	-1.3191	-1.251	1.5077	2.391	4.3486	1.1339	1.3264	0.1959	-1.1346	-0.2278	-0.0112	0.1281	0.4811	-0.6109	1.2681	-0.4776	-0.0058	1.6452	0.0351	0.7538	17.8017	-26.5698	-31.3702
2	5.6234	-0.3912	0.2123	5.1397	-0.8269	5.8698	-0.133	0.2059	0.6873	0.0099	0.0577	0.0705	-1.8349	0.4845	0.0728	1.0744	-0.225	-0.0276	0.9894	0.0485	0.8907	16.0286	-20.4758	-23.202
3	2.3205	-0.8546	0.6309	1.3038	0.5613	3.6968	0.4978	-0.1132	-0.4111	-0.4921	-0.0285	0.9875	1.5531	-0.432	-0.3551	1.0659	-0.1397	0.0213	0.6479	0.1142	1.2138	11.1642	-28.325	-18.2618
4	8.8542	-0.3035	1.4059	7.2908	-0.2072	8.0398	-0.4159	1.3868	0.4638	-1.0956	0.0039	-0.4793	-0.6015	1.7673	0.2927	0.8593	-0.2322	0.0419	1.0712	0.0718	0.9037	17.1243	-20.9518	-13.7192
5	6.9415	-0.4903	1.2976	4.7361	1.6352	3.7122	-0.7606	-0.4191	0.5614	0.4955	0.6033	0.7162	-0.457	0.186	-0.1558	0.6418	-0.0874	-0.0116	0.714	0.1129	1.0027	9.9744	-23.8929	-9.15
6	4.3005	0.8222	-1.6713	2.7752	0.4386	8.3016	-0.1129	-0.5065	0.355	0.2152	-0.1887	0.0711	-0.3853	0.5232	0.2378	0.7476	0.0814	-0.0571	0.75	0.0309	0.9206	13.5018	-19.2749	0.8998
7	3.3859	2.2064	2.4907	1.4791	1.7246	2.8096	0.0085	0.0263	-1.4862	-0.5927	-0.2592	0.1255	2.1705	-0.1258	0.1077	0.9534	0.42	-0.0463	0.9199	0.16	0.9779	9.4417	-25.5686	11.1426
8	7.6716	0.2308	0.091	3.2662	-0.2964	6.9528	0.3881	0.9774	1.0121	-0.6357	-0.3477	-0.3571	-0.293	0.8315	-0.0168	0.9133	0.0297	-0.228	0.8356	-0.1514	1.019	14.6233	-15.9472	12.6399
9	6.0773	-0.0033	0.643	3.3041	-0.0348	4.0336	-0.1451	-1.7264	0.0665	0.4619	0.4634	-0.2405	-0.3044	-0.4654	-0.2901	0.7534	0.167	-0.057	1.1544	-0.1314	0.8807	11.9569	-19.9062	18.9942
10	2.9229	4.2203	0.1459	6.6496	-1.2718	7.0722	-0.3498	1.7897	-0.187	0.0928	0.2104	0.2669	-1.4894	-1.5174	0.0503	1.0396	0.4257	-0.0521	1.2423	-0.1424	0.9087	13.3002	-14.5522	28.5345
11	0.2176	0.5355	0.1175	1.3573	0.4797	0.5227	-0.3745	-0.5518	2.1676	0.7873	-0.2713	3.0449	-0.2394	0.031	0.1322	2.162	1.5734	0.9629	4.6817	1.4685	3.6227	-6.3714	-28.7994	89.7448
12	2.1176	0.649	-0.8184	9.5152	0.3283	3.9327	-0.5025	-1.3543	-0.0392	2.1461	1.6216	1.5071	-0.0206	-1.1347	-0.894	1.4115	0.3032	0.1918	2.6584	0.1653	1.4026	0.9685	-28.9068	82.3834
13	7.0751	5.9038	3.3377	9.8095	4.4928	9.0581	-0.9433	0.8886	-0.1348	-0.3554	-0.2661	1.1387	0.2837	-0.4529	1.0604	1.0427	-0.1514	0.0765	2.3709	-0.2794	1.1285	-5.8602	-32.3214	75.1172
14	8.1824	1.5995	0.5578	3.811	-0.7904	3.2428	0.6037	-1.3283	0.0228	0.3401	-0.9188	0.6609	-0.6327	-2.5813	0.3618	1.0928	0.1459	0.0438	2.6616	-0.1321	0.9919	1.7251	-25.1859	73.5905
15	1.5381	-0.8039	0.3759	7.9046	-0.1844	0.1186	0.4697	0.1658	-0.3742	-1.9169	-1.033	1.4749	0.7705	-0.6859	0.6298	0.9355	-0.1901	-0.0671	2.9098	-0.2641	1.0631	0.0166	-31.022	66.8409
16	3.8053	0.0164	0.2696	3.5041	-2.3224	4.8918	0.1231	0.1903	0.2322	0.4368	-0.1946	0.5089	-0.4889	-1.5882	0.047	1.0957	0.2764	-0.016	1.8763	-0.1421	1.0178	5.9495	-24.6957	59.0392
17	1.3321	2.5632	-0.9504	8.9453	-0.0332	9.0393	0.3601	-0.3413	0.4587	-1.0479	-0.7931	1.1861	1.5049	-1.0017	0.6462	0.8658	0.2761	-0.0776	2.0677	0.0196	0.8027	1.9888	-26.2571	47.134
18	4.0362	-0.8759	0.0856	4.394	0.7615	3.2017	-0.2293	-1.2669	-0.0298	0.9818	0.0849	-0.3138	-0.4397	-0.6951	0.218	1.0661	0.1622	0.0094	1.3113	-0.0279	0.9459	11.0742	-20.4773	48.7666
19	6.2228	-0.8861	-0.7873	4.6208	0.4678	5.0869	0.8126	0.6035	0.3556	-0.4532	-0.8204	0.1347	-0.7221	-1.7023	-0.0766	1.0794	0.3218	-0.2086	1.2657	-0.1152	0.9291	8.6509	-21.5987	41.3677
20	3.6237	0.635	-0.5502	3.6292	2.049	6.3619	-0.4832	0.0384	0.3342	-0.1257	0.4769	0.2015	-0.6831	0.1969	0.0524	1.0654	0.0987	-0.1788	1.0018	0.0859	0.8335	15.8254	-17.9582	33.8318
21	8.3108	-1.6599	2.5554	0.8134	0.3103	2.3192	0.3996	-0.3906	2.1145	0.347	0.6907	0.0222	0.4495	-0.2076	-0.9199	2.0072	0.0426	0.1998	3.4164	-0.0556	1.7612	3.7791	14.8649	65.4984
22	4.3072	-2.0968	-0.3702	3.1752	-1.5527	2.2792	-0.4652	-1.2948	-0.5755	0.3303	-0.0189	0.6022	0.3746	-0.5738	0.3763	1.0095	0.119	0.1356	2.1504	0.0049	1.0275	10.1072	13.2922	57.2243
23	2.8189	-2.4366	2.5059	2.5705	-2.1212	2.2374	-1.0421	1.0248	-0.3553	0.6516	-0.0924	0.5469	0.8795	-2.482	1.3844	1.0535	-0.1785	0.2211	2.3813	-0.0022	1.0947	2.0357	10.0793	50.973
24	3.7549	0.7978	0.6284	3.1679	-0.1816	3.146	0.1738	-1.0859	0.3698	0.0424	-0.631	0.4748	-0.6123	-1.1048	0.4038	0.8719	0.2153	0.006	1.5311	-0.1946	1.0058	10.137	16.0156	47.9669
25	1.8531	2.3846	0.3244	6.1804	1.591	0.8919	0.1209	-0.4546	-0.3007	-2.4223	-0.0931	0.6329	0.7842	0.5599	0.083	1.0637	-0.2021	0.0882	1.734	0.0261	0.8604	7.1673	9.8433	42.1383
26	4.7557	-0.9837	0.3801	3.4935	-0.3807	5.0873	-0.0759	-0.6215	0.0561	-0.0118	-0.1957	0.1014	-0.1379	-0.7154	0.1894	0.8944	0.1192	-0.0614	1.1948	-0.0475	0.8482	12.8412	14.5771	33.1333
27	2.1788	0.8315	0.6905	3.1901	1.2565	7.7513	-0.5256	0.4832	-0.7298	-0.9619	0.9449	1.9693	0.7195	-2.0321	-0.3509	1.0786	0.2107	-0.2404	1.2273	-0.0741	0.9565	7.3754	12.3933	22.0076
28	3.7865	-0.86	0.5843	5.5457	0.8071	4.5774	-0.3196	-0.3681	0.2513	0.6496	0.3925	-0.1523	-0.7602	-0.1875	-0.1717	1.1469	0.2564	-0.0011	1.1451	-0.0929	0.9608	17.2007	17.1506	22.0677
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精密化 TLSグループ

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60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain F and resseq 236:253)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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