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- PDB-5dy5: Crystal structure of human Sirt2 in complex with a SirReal probe ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dy5
タイトルCrystal structure of human Sirt2 in complex with a SirReal probe fragment
要素NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
キーワードHYDROLASE / hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / : / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / : / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / tubulin deacetylation / paranodal junction / lateral loop / NLRP3 inflammasome complex assembly / peptidyl-lysine deacetylation / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / mitotic nuclear membrane reassembly / tubulin deacetylase activity / regulation of exit from mitosis / paranode region of axon / Schmidt-Lanterman incisure / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone deacetylase activity, NAD-dependent / chromatin silencing complex / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / protein deacetylation / regulation of phosphorylation / positive regulation of oocyte maturation / juxtaparanode region of axon / protein lysine deacetylase activity / meiotic spindle / response to redox state / regulation of myelination / histone deacetylase activity / histone acetyltransferase binding / positive regulation of DNA binding / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of cell division / glial cell projection / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / heterochromatin / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cellular response to epinephrine stimulus / substantia nigra development / centriole / epigenetic regulation of gene expression / negative regulation of autophagy / ubiquitin binding / meiotic cell cycle / negative regulation of protein catabolic process / heterochromatin formation / mitotic spindle / histone deacetylase binding / spindle / autophagy / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / myelin sheath / chromosome / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / midbody / growth cone / perikaryon / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / microtubule / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / cell division / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class I / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain ...Sirtuin, class I / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5GR / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Rumpf, T. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Jung, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationJu295/8-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Development of an Affinity Probe for Sirtuin 2.
著者: Schiedel, M. / Rumpf, T. / Karaman, B. / Lehotzky, A. / Gerhardt, S. / Ovadi, J. / Sippl, W. / Einsle, O. / Jung, M.
履歴
登録2015年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4306
ポリマ－34,4171
非ポリマー1,0145
水4,288238
1
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
ヘテロ分子

A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,86112
ポリマ－68,8332
非ポリマー2,02710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area25760 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area14690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.150, 53.360, 83.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2 / Regulatory protein SIR2 homolog 2 / SIR2-like protein 2


分子量: 34416.727 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 56-356 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Gly53 originates from the TEV cleavage site His54 and Met55 originate from the NdeI restriction site of the vector
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT2, SIR2L, SIR2L2 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codonplus RIPL
参照: UniProt: Q8IXJ6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

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非ポリマー , 6種, 243分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-5GR / N-(5-{3-[(1-benzyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methoxy]benzyl}-1,3-thiazol-2-yl)-2-[(4,6-dimethylpyrimidin-2-yl)sulfanyl]acetamide


分子量: 557.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27N7O2S2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 17.5 % (wt/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES / PH範囲: 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45.85 Å / Num. obs: 28744 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RMG

4rmg


解像度: 1.95→45.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 6.885 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20495 1437 5 %RANDOM
Rwork0.18989 ---
obs0.19066 27288 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.184 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20.66 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→45.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2378 0 65 238 2681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192509
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022385
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2641.983379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9263.0015512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9565300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.50823.704108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.07315439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8861515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7442.5211201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7442.521199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3673.7731497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3663.7731498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5832.5651308
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5832.5651309
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.0683.8091882
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.16620.7322966
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.16520.7322967
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.952→2.003 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 96 -
Rwork0.342 1931 -
obs--94.37 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.8533 Å / Origin y: 0.7468 Å / Origin z: 14.8862 Å
111213212223313233
T0.0537 Å20.0234 Å20.0005 Å2-0.0372 Å2-0.0099 Å2--0.0041 Å2
L0.7711 °2-0.2639 °20.0894 °2-0.0909 °2-0.0398 °2--0.4546 °2
S0.0267 Å °-0.0358 Å °0.0043 Å °-0.011 Å °0.007 Å °0 Å °-0.0944 Å °0.0295 Å °-0.0337 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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