PDB-5dxz: Crystal of AmtR from Corynebacterium glutamicum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dxz

タイトル

Crystal of AmtR from Corynebacterium glutamicum

要素

TetR family transcriptional regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / TetR family regulator / Nitrogen master regulator / PII / GlnK / GlnB / TFR

機能・相同性

Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / DNA binding / metal ion binding / TetR family transcriptional regulator

機能・相同性情報

生物種

Corynebacterium glutamicum ATCC 14067 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Palanca, C. / Rubio, V.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Structure of AmtR, the global nitrogen regulator of Corynebacterium glutamicum, in free and DNA-bound forms.
著者: Palanca, C. / Rubio, V.

履歴

登録	2015年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.2	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dxz.cif.gz	91.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dxz.ent.gz	69.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dxz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dxz_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dxz_full_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示
XML形式データ	5dxz_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	5dxz_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/5dxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/5dxz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dy0C 5dy1SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mqq-2 5dy1-d 5mqq-3 3vpr-2 4d5f-1 5mqq-1 3vpr-1 3fk6-d 2g7g-1 6yr1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TetR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

27.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TetR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

A: TetR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.310, 69.310, 92.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	TetR family transcriptional regulator 分子量: 26965.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 14067 (バクテリア) 遺伝子: KIQ_008455 / プラスミド: pLIC-SGC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072Z681
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	Strain used is ATCC 13969. The only difference with the ATCC 14067 is the change of Val141 to Ile.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Lithium Sulphate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.873 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→36.69 Å / Num. obs: 12703 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 22.5 / Num. measured all: 139352 / Scaling rejects: 81

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2.25-2.32	11.1	0.422	6.5	12890	1158	0.958	0.132	100
9-36.69	8.7	0.032	39.5	2044	234	0.999	0.011	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.29	データスケーリング
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DY1

5dy1

解像度: 2.25→36.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / WR_factor R_free: 0.2496 / WR_factor R_work: 0.2259 / FOM work R set: 0.8168 / SU B: 13.446 / SU ML: 0.16 / SU R Cruickshank DPI: 0.2656 / SU R_free: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	619	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2195	-	-	-
obs	0.2209	12056	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.54 Å² / B_iso mean: 44.905 Å² / B_iso min: 24.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	-0.25 Å²	0 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→36.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1519	0	25	35	1579
B_iso mean	-	-	74.85	42.84	-
残基数	-	-	-	-	199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.986	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.815	3	3411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.098	5	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.178	23.846	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.028	15	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.413	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	337
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.303	2.737	804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.297	2.732	803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.357	4.086	1005

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.309 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	50	-
R_work	0.258	894	-
all	-	944	-
obs	-	-	99.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 36.755 Å / Origin y: -4.019 Å / Origin z: -19.107 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1756 Å²	-0.0796 Å²	-0.0124 Å²	-	0.1974 Å²	-0.012 Å²	-	-	0.0475 Å²
L	2.6609 °²	-0.5737 °²	0.3862 °²	-	0.3951 °²	-0.4062 °²	-	-	0.4712 °²
S	0.0239 Å °	-0.1217 Å °	-0.1083 Å °	0.0667 Å °	0.0138 Å °	0.0314 Å °	-0.0217 Å °	-0.0614 Å °	-0.0377 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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