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- PDB-5dxm: Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain in Comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dxm
タイトルCrystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain in Complex with the Cyclofenil Derivative 3-[(E)-(1s,5s)-bicyclo[3.3.1]non-9-ylidene(4-hydroxyphenyl)methyl]phenol
要素
  • Estrogen receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / transcription factor / ligand binding / protein-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / locomotor rhythm / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIIB-class transcription factor binding / regulation of lipid metabolic process / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / mammary gland alveolus development / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / : / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of miRNA transcription / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / response to progesterone / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / RNA polymerase II transcription regulator complex / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / Circadian Clock / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / HATs acetylate histones / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5J0 / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Cavett, V. / Nowak, J. / Houtman, R. ...Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Cavett, V. / Nowak, J. / Houtman, R. / Carlson, K.E. / Josan, J.S. / Elemento, O. / Katzenellenbogen, J.A. / Zhou, H.B. / Nettles, K.W.
引用ジャーナル: Mol.Syst.Biol. / 年: 2016
タイトル: Predictive features of ligand-specific signaling through the estrogen receptor.
著者: Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Nowak, J. / Wright, N.J. / Houtman, R. / Carlson, K.E. / Josan, J.S. / Elemento, O. / ...著者: Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Nowak, J. / Wright, N.J. / Houtman, R. / Carlson, K.E. / Josan, J.S. / Elemento, O. / Katzenellenbogen, J.A. / Zhou, H.B. / Nettles, K.W.
履歴
登録2015年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5746
ポリマ－61,9334
非ポリマー6412
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.506, 82.034, 58.843
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29299.535 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand-binding domain / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1666.943 Da / 分子数: 2 / 断片: Nuclear receptor-interacting peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-5J0 / 3-[(E)-(1s,5s)-bicyclo[3.3.1]non-9-ylidene(4-hydroxyphenyl)methyl]phenol


分子量: 320.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.12 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 15% PEG 3350, 0.05M MgCl2, 0.067M NaCl, 0.1M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月22日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube i-beam single crystal asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 19078 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.714 / Net I/av σ(I): 22.545 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 128048
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.37-2.416.70.6219370.9080.2580.6740.4596.4
2.41-2.456.70.4889340.9350.2020.530.44795.4
2.45-2.56.50.4129690.9460.1710.4470.46199.4
2.5-2.556.60.3769610.9460.1570.4080.47696.5
2.55-2.616.40.3249590.970.1370.3520.51298.2
2.61-2.676.50.2689730.9760.1120.2910.51797.1
2.67-2.746.30.2379370.9790.1020.2590.5396.2
2.74-2.816.10.1928620.9840.0840.2110.54286.7
2.81-2.896.60.1819160.9860.0750.1970.55694.2
2.89-2.996.90.1429680.9930.0580.1530.56598
2.99-3.096.80.1249690.9950.0510.1340.62498.7
3.09-3.226.90.1099860.9940.0440.1180.63598.8
3.22-3.3670.0959710.9960.0390.1020.6798.9
3.36-3.546.90.0799560.9930.0330.0860.77798.3
3.54-3.766.80.0719800.9960.0290.0770.8998.4
3.76-4.056.50.0649220.9960.0270.071.06693.4
4.05-4.4670.0639410.9960.0250.0681.1493.9
4.46-5.17.10.0629820.9970.0250.0671.21398.6
5.1-6.436.90.069820.9970.0240.0650.99698.3
6.43-506.90.0429730.9990.0170.0451.05794.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B1V

2b1v


解像度: 2.37→46.583 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 1827 9.99 %
Rwork0.1941 16466 -
obs0.1978 18293 92.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.63 Å2 / Biso mean: 60.9708 Å2 / Biso min: 18.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.37→46.583 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3785 0 48 77 3910
Biso mean--42.48 45.18 -
残基数----489
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5325330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7871423
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3661-2.430.29141230.24841098122181
2.43-2.50150.28511320.24391198133088
2.5015-2.58230.29191360.24281229136589
2.5823-2.67460.26151310.23611241137290
2.6746-2.78160.31711180.25481206132489
2.7816-2.90820.28091440.24191208135288
2.9082-3.06150.25351400.22871339147996
3.0615-3.25330.26491540.22431310146497
3.2533-3.50440.2641500.20891312146298
3.5044-3.85690.24181520.191356150898
3.8569-4.41460.19911380.15331262140092
4.4146-5.56050.18171580.16511355151399
5.5605-46.5920.20281510.16881352150395
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7726-4.3767-1.51157.14561.21112.67230.61590.60370.6112-0.7886-0.7520.0516-0.7634-1.4166-0.14620.73470.4745-0.00260.84710.11160.58740.505518.0602-5.2151
21.48460.9965-0.69255.499-0.37663.23670.31240.4282-0.3203-0.5885-0.8345-0.66310.44050.45710.41240.52170.14890.01540.57010.08960.480721.0233-5.9702-6.4351
34.0047-0.5458-1.7064.21380.71946.4212-0.00130.23590.1306-0.0114-0.0388-0.14140.0954-0.09750.05580.22550.02310.00180.31570.01680.258715.68933.77441.0054
42.58091.0458-1.4111.2028-2.1916.05370.2842-0.3409-0.236-1.27550.2067-0.64531.7866-0.03770.16221.41840.20760.19910.58830.0250.963618.9812-15.35658.1406
57.2007-4.11360.81595.9385-0.61648.28950.07720.2139-0.8230.1779-0.31490.30351.5621-0.8045-0.04880.7163-0.11520.17480.3683-0.00450.55826.6522-7.73857.2603
65.9559-0.9588-1.69782.01360.02432.45640.44790.65190.2824-0.3638-0.40290.1254-0.5279-1.09570.05530.41140.16590.01760.68050.04080.38190.133211.8654.3912
75.6028-1.4088-2.55052.32580.83774.02080.103-0.123-0.19720.1668-0.0807-0.10060.34650.1424-0.07350.36360.028-0.04180.28510.02590.241512.81942.769210.7452
85.7399-0.8167-0.51941.85650.73596.5254-0.2991-0.244-0.18120.3347-0.02380.14990.4924-0.43010.30520.4781-0.01860.11480.4030.01590.3946-1.38262.481735.2955
93.7847-0.6008-1.81054.92330.55666.6134-0.0223-0.22190.13970.36090.0165-0.3807-0.25180.3051-0.06230.3137-0.0189-0.00580.30660.00320.20566.886310.476329.8923
102.51050.12780.96034.7725-2.26935.5822-0.08430.0632-0.0668-0.4885-0.10710.00660.4425-1.20520.08390.3705-0.07840.05780.6945-0.09740.3879-8.09593.013819.1127
113.265-0.72240.17312.6162-0.42527.1953-0.0006-0.0567-0.3680.0155-0.056-0.12460.36820.63040.02320.34880.02690.04010.3474-0.03650.36978.31043.700524.2886
126.0888-1.2334-1.06084.9630.69670.6854-0.04350.9938-0.37880.2786-0.7584-0.6702-0.73180.4605-0.03590.639-0.05630.24380.8265-0.10430.907825.13917.91830.5215
131.66710.19572.72170.5607-0.50535.7083-0.0582-0.8766-1.1587-0.30280.69720.26920.9648-0.7646-0.44211.0955-0.06750.17890.51810.25541.07990.3016-13.054236.6241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 305 through 321 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 322 through 338 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 339 through 411 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 412 through 420 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 421 through 438 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 439 through 496 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 497 through 548 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 305 through 371 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 372 through 438 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 439 through 496 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 497 through 547 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 688 through 696 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 688 through 696 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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