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- PDB-5dx9: Structure of trehalose-6-phosphate phosphatase from Cryptococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dx9
タイトルStructure of trehalose-6-phosphate phosphatase from Cryptococcus neoformans
要素trehalose-6-phosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE / trehalose-6-phosphate / phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase complex (UDP-forming) / trehalose-phosphatase activity / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / trehalose biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trehalose-6-phosphate phosphatase related protein; domain 2 / Trehalose-phosphatase / Trehalose-phosphatase / Glycosyl transferase, family 20 / Glycosyltransferase family 20 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose-6-phosphate / BETA-MERCAPTOETHANOL / Trehalose-6-phosphate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Miao, Y. / Brennan, R.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1P01 AI104533-01A1 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structures of trehalose-6-phosphate phosphatase from pathogenic fungi reveal the mechanisms of substrate recognition and catalysis.
著者: Miao, Y. / Tenor, J.L. / Toffaletti, D.L. / Washington, E.J. / Liu, J. / Shadrick, W.R. / Schumacher, M.A. / Lee, R.E. / Perfect, J.R. / Brennan, R.G.
履歴
登録2015年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22016年7月13日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: trehalose-6-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3714
ポリマ－35,8471
非ポリマー5253
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.074, 63.074, 284.315
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-579-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 trehalose-6-phosphate phosphatase / Trehalose-phosphatase


分子量: 35846.508 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 682-987 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans (菌類) / 遺伝子: TPS2, CNAG_03765 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q059G6, alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
#2: 多糖 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose-6-phosphate


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 422.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose-6-phosphate
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_6*OPO/3O/3=O]/1-2/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{[(6+0)][P]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M magnesium chloride, 20% PEG400, 10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月26日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 19314 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 50.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.182 / Net I/av σ(I): 25.466 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 192164
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.199.60.8839580.7940.2980.9330.719100
2.19-2.2310.40.759310.8610.2410.7880.713100
2.23-2.2710.40.69360.9220.1930.6310.721100
2.27-2.3210.50.5129250.9240.1630.5380.733100
2.32-2.3710.50.4549370.9430.1450.4770.764100
2.37-2.4210.40.4019670.9550.1280.4210.793100
2.42-2.4810.30.3299230.9650.1060.3470.825100
2.48-2.5510.50.289530.9790.0890.2940.838100
2.55-2.6210.30.2399560.9810.0770.2520.898100
2.62-2.7110.40.1979380.9860.0630.2071.018100
2.71-2.8110.30.1579520.9920.050.1651.035100
2.81-2.9210.30.1389710.9950.0440.1451.14100
2.92-3.0510.20.129610.9950.0380.1261.324100
3.05-3.2110.10.0979640.9970.0310.1021.44599.8
3.21-3.41100.0849720.9980.0270.0891.58499.9
3.41-3.689.70.0749820.9970.0240.0781.72299.5
3.68-4.059.50.0849840.9930.0280.0881.96299.1
4.05-4.638.70.0899850.9920.0320.0952.43697.8
4.63-5.838.70.07110120.9960.0250.0761.86197.2
5.83-508.50.05211070.9980.0180.0561.41894.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ収集
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→43.311 Å / FOM work R set: 0.7338 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 1924 10 %
Rwork0.23 17317 -
obs0.2336 19241 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.87 Å2 / Biso mean: 52.84 Å2 / Biso min: 34.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→43.311 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2412 0 61 96 2569
Biso mean--51.87 49.56 -
残基数----307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7233398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.875942
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.20370.37141330.311112021335100
2.2037-2.26330.37651360.291612161352100
2.2633-2.32990.37011330.296512011334100
2.3299-2.40510.33571330.289311991332100
2.4051-2.49110.32941370.301512221359100
2.4911-2.59080.34961320.274211971329100
2.5908-2.70870.29691360.272412231359100
2.7087-2.85150.32141350.29412321367100
2.8515-3.03010.30951380.300212301368100
3.0301-3.2640.32691370.27912321369100
3.264-3.59230.28191390.23921245138499
3.5923-4.11170.24811380.20671257139599
4.1117-5.1790.20631420.17691274141697
5.179-43.32020.2141550.18961387154298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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