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万見
- PDB-5dwz: Structural and functional characterization of PqsBC, a condensing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dwz
タイトルStructural and functional characterization of PqsBC, a condensing enzyme in the biosynthesis of the Pseudomonas aeruginosa quinolone signal
要素
  • 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase III
  • 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN COMPLEX / PqsB / PqsC
機能・相同性
機能・相同性情報


2-heptyl-4(1H)-quinolone synthase / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / secondary metabolite biosynthetic process / acyltransferase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase III / 3-oxoacyl-ACP synthase III family protein / 2-heptyl-4(1H)-quinolone synthase subunit PqsC / 2-heptyl-4(1H)-quinolone synthase subunit PqsB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Drees, S.L. / Li, C. / Prasetya, F. / Saleem, M. / Dreveny, I. / Hennecke, U. / Williams, P. / Emsley, J. / Fetzner, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationFE 383/23-1 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: PqsBC, a Condensing Enzyme in the Biosynthesis of the Pseudomonas aeruginosa Quinolone Signal: CRYSTAL STRUCTURE, INHIBITION, AND REACTION MECHANISM.
著者: Drees, S.L. / Li, C. / Prasetya, F. / Saleem, M. / Dreveny, I. / Williams, P. / Hennecke, U. / Emsley, J. / Fetzner, S.
履歴
登録2015年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22016年4月6日Group: Database references
改定 1.32016年5月11日Group: Source and taxonomy
改定 1.42017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
B: 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase III
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
A: 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase III
F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
E: 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase III
H: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
G: 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,50347
ポリマ－275,4378
非ポリマー4,06639
水19,7261095
1
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
B: 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase III
F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
E: 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,97026
ポリマ－137,7194
非ポリマー2,25222
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17010 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area42130 Å2
手法PISA
2
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
A: 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase III
H: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
G: 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,53321
ポリマ－137,7194
非ポリマー1,81417
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15820 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area42940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.486, 114.960, 289.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D
12C
22F
13C
23H
14B
24A
15B
25E
16B
26G
17D
27F
18D
28H
19A
29E
110A
210G
111F
211H
112E
212G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010C3 - 350
2010D3 - 350
1020C3 - 350
2020F3 - 350
1030C3 - 350
2030H3 - 350
1040B1 - 278
2040A1 - 278
1050B1 - 277
2050E1 - 277
1060B1 - 278
2060G1 - 278
1070D3 - 350
2070F3 - 350
1080D3 - 350
2080H3 - 350
1090A1 - 277
2090E1 - 277
10100A1 - 278
20100G1 - 278
10110F3 - 350
20110H3 - 350
10120E1 - 279
20120G1 - 279

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 CDFHBAEG

#1: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / Beta-keto-ACP synthase / Beta-keto-acyl-acyl-carrier-like protein synthase / PQS biosynthesis ...Beta-keto-ACP synthase / Beta-keto-acyl-acyl-carrier-like protein synthase / PQS biosynthesis protein PqsC / Uncharacterized protein


分子量: 38327.531 Da / 分子数: 4 / 変異: C129A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pqsC / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 pLysS
参照: UniProt: A0A0C6EZ24, UniProt: Q9I4X1*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: タンパク質
3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase III / Beta-keto-ACP synthase / Beta-keto-acyl-acyl-carrier-like protein synthase / PQS biosynthesis ...Beta-keto-ACP synthase / Beta-keto-acyl-acyl-carrier-like protein synthase / PQS biosynthesis protein PqsB / PqsB


分子量: 30531.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pqsB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 pLysS / 参照: UniProt: A0A072ZZD2, UniProt: Q9I4X2*PLUS

-
非ポリマー , 9種, 1134分子

#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1095 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.5, 255 PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→29.6 Å / Num. obs: 166566 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.696 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.04→144.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.531 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23699 8364 5 %RANDOM
Rwork0.18958 ---
obs0.19196 158109 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.071 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→144.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18956 0 236 1095 20287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01919512
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.0218705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8141.98626459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.069342921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.33552468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03123.4844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.542153125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.03415173
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.22949
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02122009
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.024351
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0773.5589891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0773.5589889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1275.31912337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1275.31912338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8814.0239621
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8814.0239621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6025.87314118
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.4829.38221682
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.4829.38221682
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C392800.11
12D392800.11
21C390820.12
22F390820.12
31C386160.13
32H386160.13
41B338300.1
42A338300.1
51B329460.12
52E329460.12
61B328400.13
62G328400.13
71D389640.12
72F389640.12
81D385360.13
82H385360.13
91A332020.12
92E332020.12
101A333340.12
102G333340.12
111F388040.13
112H388040.13
121E332560.11
122G332560.11
LS精密化 シェル解像度: 2.037→2.09 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 541 -
Rwork0.291 11338 -
obs--96.58 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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