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- PDB-5dwu: Beta common receptor in complex with a Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dwu
タイトルBeta common receptor in complex with a Fab
要素
  • (Cytokine receptor common subunit beta) x 2
  • Fab - Heavy Chain
  • Fab - Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab complex / antigen recognition / therapeutic antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway ...Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / cytokine-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / response to lipopolysaccharide / external side of plasma membrane / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...: / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytokine receptor common subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.97 Å
データ登録者Dhagat, U. / Parker, M.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: CSL311, a novel, potent, therapeutic monoclonal antibody for the treatment of diseases mediated by the common beta chain of the IL-3, GM-CSF and IL-5 receptors.
著者: Panousis, C. / Dhagat, U. / Edwards, K.M. / Rayzman, V. / Hardy, M.P. / Braley, H. / Gauvreau, G.M. / Hercus, T.R. / Smith, S. / Sehmi, R. / McMillan, L. / Dottore, M. / McClure, B.J. / ...著者: Panousis, C. / Dhagat, U. / Edwards, K.M. / Rayzman, V. / Hardy, M.P. / Braley, H. / Gauvreau, G.M. / Hercus, T.R. / Smith, S. / Sehmi, R. / McMillan, L. / Dottore, M. / McClure, B.J. / Fabri, L.J. / Vairo, G. / Lopez, A.F. / Parker, M.W. / Nash, A.D. / Wilson, N.J. / Wilson, M.J. / Owczarek, C.M.
履歴
登録2015年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22016年4月6日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytokine receptor common subunit beta
B: Cytokine receptor common subunit beta
H: Fab - Heavy Chain
L: Fab - Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6096
ポリマ－96,1674
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8010 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area41150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.953, 71.289, 221.234
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cytokine receptor common subunit beta / CDw131 / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit


分子量: 25457.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2RB, IL3RB, IL5RB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P32927
#2: タンパク質 Cytokine receptor common subunit beta / CDw131 / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit


分子量: 23318.045 Da / 分子数: 1 / Mutation: N106Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2RB, IL3RB, IL5RB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P32927
#3: 抗体 Fab - Heavy Chain


分子量: 24132.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fab - Light Chain


分子量: 23258.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.24 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris 8, 25% - 35% PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月3日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.97→49.98 Å / Num. obs: 13201 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 143.95 Å2 / CC1/2: 0.932 / Rmerge(I) obs: 0.904 / Rpim(I) all: 0.331 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 97186 / Scaling rejects: 42
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
3.97-4.434.30.9261.41541735450.7350.47793.4
8.87-49.9880.2386.61000512460.9130.0999.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.4データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.97→49.976 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3299 680 5.15 %Random
Rwork0.2885 12514 --
obs0.2905 13194 98.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 306.58 Å2 / Biso mean: 142.2637 Å2 / Biso min: 28.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.97→49.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5176 0 56 0 5232
Biso mean--168.56 --
残基数----748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7147312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029858
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6121685
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.9664-4.27250.3991570.39652248240591
4.2725-4.70210.29971220.314625712693100
4.7021-5.38180.36771410.288225032644100
5.3818-6.77790.35751350.308525632698100
6.7779-49.97950.2861250.246626292754100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6088-2.0233-0.58234.27773.14345.0990.3025-0.1845-0.1203-0.0527-0.9080.5806-0.2831-0.76140.13331.5982-0.40630.12922.0680.02731.763822.29325.15262.3574
25.4145-2.389-7.05550.83923.17679.14131.751-2.26461.1499-5.2023-1.0785-1.59832.20963.76612.21022.6644-1.0585-0.49792.49840.7471.212142.216424.8293100.2419
33.5097-3.54350.23874.52741.22421.4714-1.80930.96820.3743-0.3818-0.34132.98490.2557-0.08060.26821.4889-0.20480.76072.4943-0.80121.342839.223324.2261107.9888
41.34190.2681-0.24541.64931.30350.9810.535-2.0358-1.0253-0.2386-1.35011.60442.7736-0.73710.05392.2326-0.16060.0442.41270.27551.736532.936725.0897113.1181
54.3357-3.8352-3.80938.70176.53395.3526-3.67490.145-0.28394.5173-1.9740.18281.2641-0.8299-3.28772.67550.7525-0.5943.301-0.01071.101640.369623.514122.9734
61.5046-0.514-2.38452.06722.19211.98790.0918-2.8259-1.52240.6926-1.1871.9344-1.4848-5.2995-1.45841.889-1.11880.31861.73310.64531.503935.633126.1889103.7608
74.0181-1.40191.29733.58630.83862.1425-0.8078-0.8692-1.76760.52210.3699-0.9607-3.275-0.9729-0.13563.7148-0.2650.35091.916-0.34591.456126.237722.06884.3177
81.4129-0.4597-0.46292.46132.4721.0577-0.251-0.0382-0.54391.46870.31750.6820.42720.69050.11612.22620.11110.21552.1531-0.00082.00225.712914.207280.5121
91.45810.3720.35071.06440.38630.82391.4703-0.0810.6963-1.29082.78810.2573-1.9552.85790.08962.4295-0.27140.56422.6137-0.54171.855832.599328.274473.4384
100.73861.10080.07640.45360.65531.2938-0.59371.4852-1.85470.20180.6166-1.8950.22360.3590.07442.2183-0.70570.28122.5029-0.09521.594331.805514.94281.7401
111.79820.7665-0.03281.13781.12961.30130.0747-1.37151.1629-0.93940.5721-0.074-1.1191.24730.06862.0947-0.83340.03273.310.11.712332.978630.03577.9817
122.51440.08730.85756.78424.35435.18690.0259-0.271-0.994-0.3205-0.359-0.55340.42090.4066-0.01671.0781-0.2081-0.01641.35090.14721.511627.246-22.288846.7424
132.4996-2.4574-2.58499.1688-0.78293.815-0.4145-0.8936-0.2509-1.41290.06210.5540.219-0.3543-0.00021.4797-0.16670.03651.50440.02071.276238.782115.485134.8898
142.9522-2.0063-1.14124.0591-1.56422.3345-2.0827-1.6361-3.6657-1.22141.5929-2.1119-2.4677-2.3063-0.0891.41950.25670.1242.30110.21182.066634.917519.426838.6263
153.86830.4825-2.10943.3279-0.57083.19630.5246-0.01550.9216-0.3666-0.0877-0.0594-1.3475-0.4598-0.1381.63730.1162-0.03161.4109-0.12831.189251.298920.019722.5422
161.3272-0.35523.24930.0369-0.61647.43161.06781.1841-2.5051-8.58041.65510.0712-2.283-3.33691.17444.3315-0.7334-0.07972.6386-0.68341.311462.267314.0856-0.7218
172.3438-0.9981-1.66621.9182-0.69242.0152-0.36833.93820.34752.29541.7233.5598-3.5238-0.87150.00072.3861-0.07760.36112.27870.02772.560648.694625.64411.0173
187.7667-0.08340.69955.2919-0.60442.91150.18160.3463-0.17880.17860.0728-0.85250.5592-0.7452-0.17131.1117-0.3073-0.07831.0533-0.04721.285654.24430.261737.4859
191.3359-0.6856-2.0380.06870.50191.9685-0.8921.4631-0.801-0.91010.5953-0.3863-0.80180.0797-0.28052.0519-0.54350.63711.7564-0.03952.163571.195410.832614.0117
201.6987-1.55180.50091.412-0.87441.9609-0.57810.72250.9114-0.9675-0.1773-2.0098-3.231-0.2052-2.28583.2626-1.53210.90432.12010.17242.61366.402534.76976.6451
211.10041.4198-3.08830.7289-2.06313.38610.4449-0.3847-0.1428-0.49930.0544-2.5225-1.17851.4982-0.30431.5349-0.31810.0391.93040.05671.741973.060416.460817.1806
225.2239-1.84771.32224.16631.2021.3307-0.8229-0.52342.4666-3.2927-0.2641-3.62030.13582.1149-0.50732.3869-0.27750.66982.69870.27462.392574.006728.793611.2305
230.76873.1506-1.33051.9138-3.03771.21431.61770.70224.7479-0.01040.8913-4.838-1.0734-0.3309-0.13452.0081-0.29990.75051.77470.18632.711281.574918.255810.7792
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 130 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 131 through 151 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 152 through 180 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 181 through 192 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 193 through 206 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 207 through 230 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 241 through 256 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 257 through 274 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 275 through 286 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 287 through 309 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 310 through 324 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 325 through 436 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 2 through 61 )H0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 62 through 79 )H0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 80 through 182 )H0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 183 through 199 )H0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 200 through 210 )H0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 1 through 102 )L0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 103 through 121 )L0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'L' and (resid 122 through 132 )L0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'L' and (resid 133 through 172 )L0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'L' and (resid 173 through 191 )L0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'L' and (resid 192 through 211 )L0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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