+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dwu | ||||||
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Title | Beta common receptor in complex with a Fab | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Fab complex / antigen recognition / therapeutic antibody | ||||||
Function / homology | Function and homology information Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway ...Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / cytokine-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / response to lipopolysaccharide / external side of plasma membrane / signal transduction / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.97 Å | ||||||
Authors | Dhagat, U. / Parker, M.W. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: Mabs / Year: 2016 Title: CSL311, a novel, potent, therapeutic monoclonal antibody for the treatment of diseases mediated by the common beta chain of the IL-3, GM-CSF and IL-5 receptors. Authors: Panousis, C. / Dhagat, U. / Edwards, K.M. / Rayzman, V. / Hardy, M.P. / Braley, H. / Gauvreau, G.M. / Hercus, T.R. / Smith, S. / Sehmi, R. / McMillan, L. / Dottore, M. / McClure, B.J. / ...Authors: Panousis, C. / Dhagat, U. / Edwards, K.M. / Rayzman, V. / Hardy, M.P. / Braley, H. / Gauvreau, G.M. / Hercus, T.R. / Smith, S. / Sehmi, R. / McMillan, L. / Dottore, M. / McClure, B.J. / Fabri, L.J. / Vairo, G. / Lopez, A.F. / Parker, M.W. / Nash, A.D. / Wilson, N.J. / Wilson, M.J. / Owczarek, C.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dwu.cif.gz | 375 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dwu.ent.gz | 311.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dwu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5dwu_validation.pdf.gz | 478 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5dwu_full_validation.pdf.gz | 480.5 KB | Display | |
Data in XML | 5dwu_validation.xml.gz | 26 KB | Display | |
Data in CIF | 5dwu_validation.cif.gz | 35.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25457.564 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CSF2RB, IL3RB, IL5RB / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: P32927 |
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#2: Protein | Mass: 23318.045 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N106Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CSF2RB, IL3RB, IL5RB / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: P32927 |
#3: Antibody | Mass: 24132.104 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#4: Antibody | Mass: 23258.805 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#5: Sugar |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4 Å3/Da / Density % sol: 69.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Tris 8, 25% - 35% PEG200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.954 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 3, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.97→49.98 Å / Num. obs: 13201 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 143.95 Å2 / CC1/2: 0.932 / Rmerge(I) obs: 0.904 / Rpim(I) all: 0.331 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 97186 / Scaling rejects: 42 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.97→49.976 Å / SU ML: 0.68 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.94 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 306.58 Å2 / Biso mean: 142.2637 Å2 / Biso min: 28.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.97→49.976 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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