PDB-5dwf: Crystal structure of the complex of Peptidoglycan recognition pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dwf

タイトル

Crystal structure of the complex of Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S from camel with ethylene glycol at 1.83 A resolution

要素

Peptidoglycan recognition protein 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / PGRP / complex / ethylene glycol

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan immune receptor activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / negative regulation of cytokine production / detection of bacterium / peptidoglycan catabolic process / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Singh, P.K. / Yadav, S.P. / Sharma, P. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S from camel with ethylene glycol at 1.83 A resolution
著者: Singh, P.K. / Yadav, S.P. / Sharma, P. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2015年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dwf.cif.gz	145.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dwf.ent.gz	114.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dwf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o4kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6a89-6 6a89-3 6a89-5 1i73-d 3dng-2 5i3m-4 3lka-d 6a89-4 5i2z-1 2pjt-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidoglycan recognition protein 1

B: Peptidoglycan recognition protein 1

C: Peptidoglycan recognition protein 1

D: Peptidoglycan recognition protein 1

ヘテロ分子

74.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidoglycan recognition protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidoglycan recognition protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Peptidoglycan recognition protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Peptidoglycan recognition protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.775, 101.525, 163.087
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-352- HOH
2	1	D-345- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 171 / Label seq-ID: 1 - 166

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Peptidoglycan recognition protein 1 / Peptidoglycan recognition protein short / PGRP-S 分子量: 18501.947 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 28-193 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 遺伝子: PGLYRP1, PGLYRP, PGRP / 発現宿主: Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) / 参照: UniProt: Q9GK12
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 3350 Sodium potassium tartarate / PH範囲: 7.0-7.5 / Temp details: k

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 64628 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		data processing
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3o4k

3o4k

解像度: 1.83→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 8.017 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.324	1288	2 %	RANDOM
R_work	0.273	-	-	-
obs	0.274	63338	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5203	0	24	253	5480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	5375
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	4978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.591	1.926	7311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.418	3	11350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.155	5	660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.728	21.846	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.752	15	804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.699	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	6200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.94	3.176	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.939	3.175	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.256	4.748	3308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9826	0.09
1	2	B	9826	0.09
2	1	A	9890	0.08
2	2	C	9890	0.08
3	1	A	9811	0.08
3	2	D	9811	0.08
4	1	B	9826	0.09
4	2	C	9826	0.09
5	1	B	9682	0.1
5	2	D	9682	0.1
6	1	C	9940	0.08
6	2	D	9940	0.08

LS精密化シェル

解像度: 1.83→1.88 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.468	103	-
R_work	0.433	4538	-
obs	-	-	97.75 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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