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万見
- PDB-5dw8: Crystal structure of 2'AMP bound SaIMPase-II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dw8
タイトルCrystal structure of 2'AMP bound SaIMPase-II
要素Inositol monophosphatase
キーワードHYDROLASE / Inositol Monophosphatase / SuhB
機能・相同性D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ADENOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dutta, A. / Bhattacharyya, S. / Das, A.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 2'AMP bound SaIMPase-II
著者: Dutta, A. / Bhattacharyya, S. / Das, A.K.
履歴
登録2015年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol monophosphatase
B: Inositol monophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8679
ポリマ－62,9212
非ポリマー9477
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area21240 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.008, 105.687, 53.313
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Inositol monophosphatase / Myo-inositol-1(Or 4)-monophosphatase


分子量: 31460.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: mssa476 / 遺伝子: sas1042 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: A0A0C5I0W4, inositol-phosphate phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-2AM / ADENOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / 2′-AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 20% (W/V) PEG 3350
PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.399→52.843 Å / Num. all: 20768 / Num. obs: 20768 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.162 / Rsym value: 0.139 / Net I/av σ(I): 5.468 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 78201
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.533.70.4281.81117730100.260.4283.299.6
2.53-2.683.70.3642.11074128690.220.3643.799.9
2.68-2.873.80.2892.71010226920.1740.2894.7100
2.87-3.13.80.2213.5948425090.1320.221699.9
3.1-3.393.80.1515.1871723040.0910.1518.499.8
3.39-3.793.80.0958800421080.0570.09512.7100
3.79-4.383.80.07310.1701218390.0430.07315.499.9
4.38-5.363.80.06211.8599815870.0370.06218.3100
5.36-7.593.80.0779.7459712080.0460.07714.999.9
7.59-19.6773.70.04314.423696420.0270.04324.294.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP11.0.05位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / WRfactor Rfree: 0.2405 / WRfactor Rwork: 0.1861 / FOM work R set: 0.8042 / SU B: 9.961 / SU ML: 0.233 / SU R Cruickshank DPI: 0.6023 / SU Rfree: 0.2996 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.602 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2655 1064 5.1 %RANDOM
Rwork0.2055 ---
obs0.2087 19685 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.67 Å2 / Biso mean: 19.514 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å2-0.32 Å2
2---0.82 Å2-0 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→19.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4019 0 56 105 4180
Biso mean--45.2 16.2 -
残基数----519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194177
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7281.9665694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9453.0048902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.915519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.29225.419203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.55715651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6581515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02962
LS精密化 シェル解像度: 2.399→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 83 -
Rwork0.218 1426 -
all-1509 -
obs--99.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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