PDB-5dw4: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) bound to acetate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dw4

タイトル

Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) bound to acetate

要素

Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

キーワード

TRANSFERASE / Tricarboxylic acid cycle / Acidophile

機能・相同性

機能・相同性情報

succinyl-CoA:acetate CoA-transferase / acetate catabolic process / propionate metabolic process, methylcitrate cycle / acetyl-CoA hydrolase activity / acetate CoA-transferase activity / succinyl-CoA catabolic process / acetate metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA metabolic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter aceti (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.622 Å

データ登録者

Murphy, J.R. / Kappock, T.J.

引用

ジャーナル: Front Chem / 年: 2016
タイトル: Functional Dissection of the Bipartite Active Site of the Class I Coenzyme A (CoA)-Transferase Succinyl-CoA:Acetate CoA-Transferase.
著者: Murphy, J.R. / Mullins, E.A. / Kappock, T.J.

履歴

登録	2015年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dw4.cif.gz	415.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dw4.ent.gz	339.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dw4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dw4_validation.pdf.gz	468 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dw4_full_validation.pdf.gz	474 KB	表示
XML形式データ	5dw4_validation.xml.gz	46.6 KB	表示
CIF形式データ	5dw4_validation.cif.gz	70.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dw4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ddkC 5dw5C 5dw6C 5e5hC 4eu9S 4eu3 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4eu3-d 5e5h-d 4eu6-d 4eu9-d 4eud-d 5dw5-d 2nvv-2 3qar-d 4kz0-d 3sd5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

B: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase

ヘテロ分子

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.503, 110.393, 120.021
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase 分子量: 56062.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetobacter aceti (バクテリア) / 株: 1023 / 遺伝子: AZ09_02565 / プラスミド: pET23a / 詳細 (発現宿主): pJK385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: A0A063X8M7, UniProt: B3EY95*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE 分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1017 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.9 M sodium citrate, 0.1 M imidazole, 25 mM 2-mercaptoethanol, 50 mM sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月12日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 113965 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 30.47
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 4.02 / R_sym value: 0.573 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4eu9

4eu9

解像度: 1.622→44.85 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1767	5691	5 %	same as 4eu9
R_work	0.1502	-	-	-
obs	0.1515	113874	99.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.622→44.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7763	0	49	1017	8829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8112
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.136	11007
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.141	3049
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1218
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1475

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6216-1.6401	0.2492	175	0.1959	3410	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6401-1.6594	0.2445	165	0.1844	3578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6594-1.6796	0.2054	198	0.1815	3581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6796-1.7009	0.2044	203	0.1795	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7009-1.7232	0.2166	173	0.1698	3603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7232-1.7468	0.2183	198	0.1694	3557	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7468-1.7718	0.207	198	0.1686	3571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7718-1.7982	0.2227	190	0.1698	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7982-1.8263	0.1818	167	0.1631	3626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8263-1.8563	0.19	183	0.1569	3571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8563-1.8883	0.1821	198	0.1499	3572	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8883-1.9226	0.1766	201	0.1495	3586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9226-1.9596	0.1963	182	0.1505	3595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9596-1.9996	0.1957	185	0.1544	3575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9996-2.0431	0.1881	194	0.1545	3590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0431-2.0906	0.1757	190	0.1495	3571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0906-2.1429	0.1729	179	0.151	3604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1429-2.2008	0.1874	196	0.1465	3605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2008-2.2656	0.1649	199	0.1495	3605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2656-2.3387	0.1971	177	0.1535	3600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3387-2.4223	0.1838	193	0.1506	3606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4223-2.5193	0.2018	189	0.1508	3634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5193-2.6339	0.1959	198	0.1635	3600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6339-2.7728	0.1855	178	0.155	3643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7728-2.9465	0.1844	205	0.1566	3628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9465-3.1739	0.1739	190	0.1528	3648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1739-3.4932	0.1475	184	0.1416	3651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4932-3.9984	0.1417	194	0.1223	3699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9984-5.0365	0.126	201	0.1233	3719	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0365-44.867	0.172	208	0.1526	3870	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5782	0.1574	0.175	0.1833	-0.0438	0.7032	-0.0108	-0.0936	0.1114	0.003	-0.0045	-0.0607	-0.0845	0.2249	0.0066	0.0712	-0.0164	-0.0132	0.1523	-0.0129	0.1171	17.6736	9.7695	-9.7476
2	0.6101	0.1212	-0.0235	0.2408	0.0967	0.4072	0.0018	-0.1255	0.0284	0.0497	-0.0068	-0.0332	-0.0021	0.0853	0.0027	0.0714	0.008	-0.0142	0.0797	0.0017	0.078	6.1716	4.0501	-7.5383
3	0.7878	-0.3383	1.0483	0.5593	-0.1572	1.4133	-0.1258	0.0418	0.4093	0.0247	-0.0324	0.0444	-0.2051	0.057	0.1615	0.1182	0.0129	-0.0285	0.0827	-0.0257	0.1378	-14.7486	19.1907	-16.4933
4	4.6005	1.6238	-0.2639	3.4822	-1.0609	2.3139	-0.052	0.053	0.164	0.0906	-0.0682	-0.0216	-0.1538	-0.0075	0.1046	0.0685	0.0108	-0.0207	0.079	-0.0131	0.072	-20.9499	13.9839	-12.5143
5	0.3133	-0.0929	0.0287	0.1927	0.0334	1.1326	-0.0176	-0.038	0.0559	0.0089	0.0077	0.0209	-0.1118	0.0056	0.007	0.0819	-0.0046	-0.0099	0.0514	0.0007	0.0973	-11.3938	9.7779	-15.3031
6	0.6424	0.1182	0.0164	0.7541	0.4897	0.6409	-0.0605	0.1762	0.1067	-0.1572	-0.0177	0.066	-0.1503	-0.1091	-0.0403	0.111	0.0078	-0.0403	0.0914	0.0344	0.0983	-19.2052	7.3519	-41.2551
7	0.7885	0.1578	-0.2011	0.3561	-0.2404	0.6911	-0.082	0.1114	-0.0964	-0.0239	0.0462	0.0938	0.1606	-0.2974	-0.0097	0.1234	-0.0635	0.0204	0.1833	-0.031	0.1249	-36.0262	-17.571	-26.0794
8	0.9015	0.2501	0.5852	0.5965	0.3351	0.3834	0.0337	-0.1132	-0.1318	0.1606	-0.0817	0.0948	0.1957	-0.169	0.0368	0.1879	-0.0576	0.0581	0.1557	-0.0017	0.1152	-30.7879	-21.3688	-9.9457
9	1.5358	-0.1583	-0.9296	0.3102	0.0795	0.5374	-0.2919	0.188	-0.4367	0.0236	0.1447	-0.071	0.2696	-0.0781	0.0515	0.2502	0.0223	0.0582	0.0766	0.0127	0.2006	-6.6065	-29.1408	-26.5721
10	2.7786	-0.241	-0.2243	1.1916	-0.1217	1.6618	-0.0927	0.2108	-0.4761	0.1683	0.0973	-0.0882	0.2331	0.0642	-0.0003	0.1947	0.0387	0.0135	0.1024	0.0012	0.2103	-3.5556	-26.8329	-17.5445
11	0.7067	-0.1331	-0.1553	0.2771	0.2808	0.6271	-0.047	0.0039	-0.1431	0.0774	0.0081	0.0342	0.1939	-0.0124	-0.0225	0.1411	-0.0104	0.0112	0.037	0.0059	0.1143	-10.1555	-20.1165	-23.8089
12	1.1822	0.0625	0.3113	1.5176	0.2433	1.3265	-0.011	0.1341	-0.0196	-0.1134	0.015	-0.0906	0.0008	0.1291	-0.0126	0.0612	-0.0004	0.0239	0.0736	0.0016	0.0646	2.0005	-7.2077	-42.6525

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 76 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 223 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 224 through 255 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 256 through 283 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 284 through 430 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 431 through 514 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 139 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 140 through 223 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 224 through 255 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 256 through 294 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 295 through 445 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 446 through 505 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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