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- PDB-5dvw: Structure of minor nucleoprotein V30 from Zaire ebolavirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dvw
タイトルStructure of minor nucleoprotein V30 from Zaire ebolavirus
要素Minor nucleoprotein VP30
キーワードVIRAL PROTEIN / SSGCID / Minor nucleoprotein VP30 / VP30 / Ebola / Zaire / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / positive regulation of viral transcription / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / single-stranded RNA binding / ribonucleoprotein complex / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1160 / Transcriptional activator VP30, Filoviridae type / Ebola virus-specific transcription factor VP30 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional activator VP30
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of minor nucleoprotein V30 from Zaire ebolavirus
著者: Clifton, M.C. / Lukacs, C.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minor nucleoprotein VP30
B: Minor nucleoprotein VP30
C: Minor nucleoprotein VP30
D: Minor nucleoprotein VP30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6856
ポリマ-60,5614
非ポリマー1242
7,098394
1
A: Minor nucleoprotein VP30
B: Minor nucleoprotein VP30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3433
ポリマ-30,2812
非ポリマー621
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12930 Å2
手法PISA
2
C: Minor nucleoprotein VP30
D: Minor nucleoprotein VP30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3433
ポリマ-30,2812
非ポリマー621
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.090, 58.380, 66.600
Angle α, β, γ (deg.)96.330, 90.110, 106.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Minor nucleoprotein VP30 / Transcription activator VP30


分子量: 15140.336 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 142-272 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス)
: Mayinga-76 / 遺伝子: VP30 / プラスミド: EbzaA.17250.a.EW11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05323
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen e12: 40mM each Di-Ethyleneglycol, Tri-Ethyleneglycol, TetraEthyleneglycol, Penta-Ethyleneglycol; 12.% each MPD, PEG 1000; PEG 3350; 100mM Tris(base) ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen e12: 40mM each Di-Ethyleneglycol, Tri-Ethyleneglycol, TetraEthyleneglycol, Penta-Ethyleneglycol; 12.% each MPD, PEG 1000; PEG 3350; 100mM Tris(base)/Bicine pH 8.5; EbzaA.17250.a.EW11.PD00370 at 22 mg/ml, tray 262514e12, puck otj5-3; cryo: direct

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月9日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 47118 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 16.99 Å2 / Rmerge F obs: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 114699
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.75-1.82.40.6720.4571.968645371735530.59895.6
1.8-1.840.7690.3732.428210350633600.48695.8
1.84-1.90.8240.3032.998195350233630.39596
1.9-1.960.8760.2463.697768331131800.32196
1.96-2.020.920.1914.627707328731690.24996.4
2.02-2.090.9470.155.887293310129800.19596.1
2.09-2.170.9620.1256.87105304429170.16395.8
2.17-2.260.970.1068.136871293628290.13896.4
2.26-2.360.9750.0939.086476276126610.12296.4
2.36-2.470.9790.0869.966305268825830.11296.1
2.47-2.610.9850.07411.25993256424580.09795.9
2.61-2.770.9850.0712.295626239223030.09196.3
2.77-2.960.9880.06113.365177222921300.0895.6
2.96-3.20.9890.05415.144921213720300.07195
3.2-3.50.9920.04716.924405192218190.06194.6
3.5-3.910.9920.04318.584050176816630.05694.1
3.91-4.520.9930.04219.323479152114360.05594.4
4.52-5.530.9930.04219.842986131212370.05494.3
5.53-7.830.9930.04319.0522869979430.05694.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2i8b
解像度: 1.75→24.579 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2078 2363 5.02 %Random selection
Rwork0.1665 44746 --
obs0.1686 47109 95.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 71.47 Å2 / Biso mean: 21.9758 Å2 / Biso min: 5.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→24.579 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3939 0 8 394 4341
Biso mean--47.17 31.7 -
残基数----516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0955698
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006709
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4482586
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7501-1.78580.28041490.23742686283596
1.7858-1.82460.27151300.22312634276496
1.8246-1.8670.29081230.21612631275496
1.867-1.91370.27381180.20632650276896
1.9137-1.96540.28181290.19152669279896
1.9654-2.02320.21691660.17742650281696
2.0232-2.08850.20331560.17152603275996
2.0885-2.16310.19361520.16822650280296
2.1631-2.24970.20651310.16132606273796
2.2497-2.3520.22591330.15552653278696
2.352-2.47590.22461220.16282669279196
2.4759-2.63080.22771620.16142637279996
2.6308-2.83370.17661300.16512632276296
2.8337-3.11830.19531500.16812642279296
3.1183-3.56840.20371460.15282547269394
3.5684-4.49130.1691340.14042595272994
4.4913-24.58180.19471320.16182592272494
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4506-2.9362-1.4127.44543.32693.36410.0503-0.08440.13320.02940.1169-0.5178-0.2560.269-0.20860.1083-0.0259-0.00540.13820.0430.132227.526-7.54773.6402
22.1001-0.7136-0.86594.55840.1811.8363-0.0265-0.073-0.1473-0.04140.0648-0.09080.16680.0735-0.00380.0654-0.0074-0.01420.0888-0.01140.067120.986-17.02153.2138
31.9928-0.44081.17713.92850.27321.0933-0.02180.31-0.0777-1.21580.25740.17990.0468-0.00110.00250.3272-0.0351-0.03360.1462-0.00010.145316.6174-10.5118-12.1953
43.7172-0.8473-1.572.52280.50764.7207-0.10110.8408-0.5611-0.5291-0.26460.68210.6663-0.89290.29570.3164-0.044-0.10330.2697-0.06740.228911.0877-16.464-9.8743
53.29133.1761-3.32672.0009-7.08015.67920.1780.40930.39170.40330.2940.4003-0.5529-0.3007-0.36790.12650.0024-0.01610.18120.03740.24236.3379-9.50214.1357
63.8992-3.916-0.82386.09512.28634.2745-0.25890.3161-0.45640.0210.06710.66210.3747-0.29520.14570.1092-0.045-0.0120.1587-0.00570.17499.7481-21.48842.7762
76.73852.9876-1.12516.6847-3.89925.97060.14990.0699-0.1736-0.1456-0.25980.01040.08070.29780.10660.11530.01560.00740.1215-0.01970.070220.7588-19.9027-3.938
87.5634-5.423-2.02454.55231.23434.79960.06520.0494-0.1948-0.66040.01820.2734-0.12840.114-0.07420.1704-0.0348-0.01010.11580.03680.15620.743-2.8386-9.5617
96.25834.07234.61533.5882.33214.0065-0.00890.16980.0859-0.45120.06450.0728-0.0080.1382-0.06370.22820.04410.01550.16630.00270.128420.24068.5585-13.3212
105.441-0.5014-4.23294.28823.77916.0699-0.01150.5442-0.1846-0.2779-0.2824-1.01280.89191.04110.07140.33950.06440.10280.39070.09840.396136.03225.4457-11.2037
112.7251.3850.63873.70523.99014.7196-0.07570.0318-0.18270.03430.2087-0.34920.23140.329-0.18690.12540.01510.01690.13660.05020.146228.11035.9661-4.0643
121.95670.53620.94233.76340.46422.0076-0.03140.09520.0930.01950.0171-0.1564-0.17150.06490.04840.06930.01480.01750.0784-0.0090.075420.982414.6914-3.6986
131.2318-0.53620.58534.30790.45034.7326-0.0867-0.25040.02690.87210.13640.2906-0.1594-0.1148-0.03120.23050.02830.06410.1611-0.00090.133116.33448.650311.3024
143.00750.58111.26882.41190.82433.27370.0297-0.8620.43650.5074-0.21050.5658-0.4527-1.16280.16540.28810.05790.12290.2927-0.05630.215510.29313.76119.1883
152.9323-2.61311.60238.9576-5.56074.45770.3484-0.4735-0.0406-0.54230.16720.47540.4685-0.4284-0.45360.1142-0.0124-0.00310.18220.02660.22126.28027.1959-4.6172
163.02432.05610.1334.62130.56184.1679-0.2877-0.19610.38050.03160.26760.5246-0.345-0.26980.05980.12140.0450.0220.1422-0.01060.21649.752619.1788-3.2688
174.6217-0.76070.20022.1186-3.0824.90390.0287-0.21810.20070.2272-0.0808-0.0386-0.16410.25230.06230.1334-0.019-0.01120.1459-0.01150.121520.810617.74773.6019
185.23542.0946-2.33512.1428-3.75157.11110.0655-0.02070.31030.2867-0.05870.0318-0.20530.2640.10050.20640.02430.01740.16510.02280.154921.48731.09439.1531
198.5317-6.5679-5.30896.71073.70494.13170.0911-0.2057-0.08030.45030.0401-0.057-0.0880.0429-0.17860.2117-0.0335-0.01890.18270.01650.141720.1894-10.905212.8468
202.96862.88950.98523.98112.53876.28040.2244-0.1798-0.12520.2456-0.0282-1.8491-0.92790.9668-0.360.2331-0.0394-0.04230.28640.03120.516233.947-8.95719.3417
211.45260.5187-0.51077.81593.77854.7931-0.11750.15210.0409-0.18630.4735-0.60630.1380.5103-0.19130.1361-0.02560.0690.19160.00110.210419.537910.4986-35.3301
222.84151.1880.33395.7533-0.1442.583-0.04320.11890.1842-0.01190.1046-0.2304-0.16150.1166-0.06150.1325-0.00780.01160.1361-0.00510.079712.989619.1556-32.6891
232.37650.2540.60542.80140.39034.2090.0198-0.1329-0.17420.05130.13320.00680.1521-0.1679-0.0990.1080.0067-0.0070.13480.02140.12688.62069.2691-19.1943
244.69232.21762.81275.09482.29366.9967-0.0519-0.42690.35820.2258-0.09980.375-0.2836-0.81910.15570.10130.03580.03020.18460.00210.15932.8216.0536-20.2644
253.4831-1.18620.48032.7505-1.78273.76950.0745-0.12320.35410.05550.04230.1071-0.4468-0.0911-0.08690.1457-0.00680.03040.1061-0.01760.146.85820.9612-28.4641
261.9946-0.4947-0.57015.715-0.84831.17990.2057-0.0155-0.18180.5830.08790.20360.4020.0073-0.27830.35520.0478-0.09280.2612-0.03420.138313.4251-4.57-23.9693
273.6716-1.3744-1.46276.62885.10137.2946-0.1087-0.0724-0.02180.01130.2478-0.3046-0.25230.3961-0.14340.16030.0344-0.0520.2087-0.00310.193519.5096-5.1518-30.9672
283.0519-1.8089-0.28256.3757-0.30252.3029-0.0484-0.1113-0.20260.05080.1136-0.21660.18580.1307-0.07690.11890.0187-0.00980.1455-0.01160.092212.9936-13.7888-33.9499
293.1053-0.5597-2.76083.94253.33458.1326-0.09040.10640.05970.05620.2167-0.1280.0558-0.0009-0.04080.0982-0.0126-0.00240.0990.0170.10059.2891-4.6349-47.7769
303.9301-1.7341-2.3514.04310.94245.0425-0.06120.6377-0.3012-0.3399-0.07710.42010.2158-1.00430.16590.1201-0.037-0.02890.2563-0.00960.17932.2362-10.4421-46.4598
313.08320.88111.69416.9227-1.1913.54010.01050.0058-0.27660.23370.27420.41290.2098-0.3197-0.23860.1225-0.04230.00150.14520.04790.18340.9432-15.6157-34.6869
324.49252.26050.05862.2299-1.74052.80660.06740.1917-0.5301-0.2679-0.0807-0.43910.53690.31670.05570.1930.0688-0.00390.1607-0.03120.147112.8559-15.1991-41.5068
331.95550.4927-0.37154.6686-0.43132.03940.30760.08330.1964-0.57680.0629-0.0394-0.5344-0.0631-0.31380.3619-0.03650.08720.2746-0.03210.138413.382610.0958-42.7481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 140 through 156 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 157 through 180 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 181 through 196 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 197 through 215 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 216 through 220 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 221 through 231 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 232 through 246 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 247 through 253 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 254 through 264 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 265 through 271 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 140 through 156 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 157 through 180 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 181 through 197 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 198 through 215 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 216 through 220 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 221 through 231 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 232 through 246 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 247 through 253 )B0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 254 through 264 )B0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 265 through 269 )B0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 140 through 156 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 157 through 180 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 181 through 196 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 197 through 215 )C0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 216 through 245 )C0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 246 through 266 )C0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 140 through 156 )D0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 157 through 180 )D0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 181 through 197 )D0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 198 through 215 )D0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 216 through 231 )D0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 232 through 245 )D0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 246 through 266 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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