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万見
- PDB-5dvh: Structure of the Kunitz-type cysteine protease inhibitor PCPI-3 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dvh
タイトルStructure of the Kunitz-type cysteine protease inhibitor PCPI-3 from potato
要素PCPI-3
キーワードprotease inhibitor / Plant Kunitz-family inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Brynda, J. / Mishra, M. / Mares, M.
資金援助 チェコ, 3件
組織認可番号国
Czech Science Foundation15-18929S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicInterBioMed LO1302 チェコ
Czech Academy of SciencesRVO61388963 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Kunitz-type cysteine protease inhibitor PCPI-3 from potato
著者: Brynda, J. / Mishra, M. / Mares, M.
履歴
登録2015年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PCPI-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4184
ポリマ－21,3121
非ポリマー1063
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area310 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.637, 76.637, 107.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 PCPI-3


分子量: 21312.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / Variant: Karin cultivar / 参照: UniProt: A0A1I9GEQ4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Reservoir: 3 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5 Protein buffer and concentration: 5 mM sodium acetate pH 5.5 Protein concentration = 10 mg/ml protein:reservoir = 1:1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.37 Å / Num. obs: 30248 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 32.094 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 14.49
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.911.3331.36198
1.91-2.040.783.091100
2.04-2.20.4365.451100
2.2-2.410.2728.491100
2.41-2.70.17712.291100
2.7-3.110.09321.141100
3.11-3.810.05234.811100
3.81-5.370.03945.951100
5.370.03545.35199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation48.37 Å3.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP11.0.02位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→48.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.2009 / WRfactor Rwork: 0.1755 / FOM work R set: 0.862 / SU B: 2.15 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.0976 / SU Rfree: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2227 1513 5 %RANDOM
Rwork0.1972 ---
obs0.1985 28731 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.12 Å2 / Biso mean: 23.368 Å2 / Biso min: 14.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1439 0 3 157 1599
Biso mean--29.67 32.88 -
残基数----185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021509
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5141.9622059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8613.0052516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0425190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.9824.53164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9515238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.467154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02304
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 93 -
Rwork0.36 1839 -
all-1932 -
obs--95.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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