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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dv7 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of NF90 tandem dsRBDs with dsRNA | |||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / double stranded RNA binding domains / dsRM / dsRBDs / dsRNA / NF90 / ILF3 / DRBP76 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of CDH11 gene transcription / PKR-mediated signaling / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / negative regulation of viral genome replication / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / defense response to virus / single-stranded RNA binding / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex ...Regulation of CDH11 gene transcription / PKR-mediated signaling / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / negative regulation of viral genome replication / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / defense response to virus / single-stranded RNA binding / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / protein phosphorylation / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Jayachandran, U. / Grey, H. / Cook, A.G. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016 タイトル: Nuclear factor 90 uses an ADAR2-like binding mode to recognize specific bases in dsRNA. 著者: Jayachandran, U. / Grey, H. / Cook, A.G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dv7.cif.gz | 69.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dv7.ent.gz | 39.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dv7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5dv7_validation.pdf.gz | 452.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5dv7_full_validation.pdf.gz | 458.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5dv7_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5dv7_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/5dv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/5dv7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5780.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 5671.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: タンパク質 | 分子量: 76072.672 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 17-716 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ilf3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z1X4 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50mM sodium citrate pH 5.0, 1.0M ammonium formate / PH範囲: 5 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.17 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.17 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 7981 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 22.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.912 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3P1X, 2DMY 解像度: 3.5→45.413 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 86.147 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→45.413 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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