[日本語] English
万見
- PDB-5dv5: The fatty acid-responsive FadR repressor of Vibrio alginolyticus ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dv5
タイトルThe fatty acid-responsive FadR repressor of Vibrio alginolyticus complex with Palmitoyl-CoA
要素GntR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / fatty acid-responsive FadR repressor / palmitoyl1-CoA ester binding / DNA binding (デオキシリボ核酸)
機能・相同性Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Palmitoyl-CoA / :
機能・相同性情報
生物種Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lin, Y. / Li, D.F. / Feng, Y.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Snapshort of Vibrio FadR-ligand complex structure reveals a new mechanism for bacterial fatty acid sensing
著者: Feng, Y.J. / Lin, Y. / Li, D.F. / Zhang, H.M. / Gao, R.S. / Bi, L.J. / Wang, S.H.
履歴
登録2015年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GntR family transcriptional regulator
B: GntR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8346
ポリマ－68,8102
非ポリマー4,0244
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area24580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.780, 88.480, 61.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 GntR family transcriptional regulator


分子量: 34405.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus (バクテリア)
株: E0666 / 遺伝子: AAW52_18775 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0G9LXQ8
#2: 化合物
ChemComp-PKZ / Palmitoyl-CoA / パルミトイルCoA / Palmitoyl-CoA


分子量: 1005.943 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H66N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 4% Tacsimate pH 5.0, 11% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→61.56 Å / Num. obs: 20475 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 84.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DV1

5dv1
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.4→45.278 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2474 2021 9.88 %Random
Rwork0.1905 ---
obs0.1962 20456 92.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4328 0 260 87 4675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6776344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4471762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002786
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.46010.33481250.24351180X-RAY DIFFRACTION84
2.4601-2.52660.30461320.23091190X-RAY DIFFRACTION83
2.5266-2.60090.26361230.22391193X-RAY DIFFRACTION85
2.6009-2.68490.27261420.22231192X-RAY DIFFRACTION84
2.6849-2.78080.31591280.22591254X-RAY DIFFRACTION87
2.7808-2.89210.28141310.22211281X-RAY DIFFRACTION91
2.8921-3.02370.27491580.22361340X-RAY DIFFRACTION94
3.0237-3.18310.27081530.21621358X-RAY DIFFRACTION96
3.1831-3.38250.24041540.2091392X-RAY DIFFRACTION97
3.3825-3.64360.25121500.1891399X-RAY DIFFRACTION98
3.6436-4.010.25481590.18381398X-RAY DIFFRACTION98
4.01-4.58980.22891470.16221393X-RAY DIFFRACTION98
4.5898-5.78080.22961570.17161427X-RAY DIFFRACTION98
5.7808-45.28610.19881620.15991438X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る