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- PDB-5du7: Crystal structure of ldtMt2 at 1.79 Angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5du7
タイトルCrystal structure of ldtMt2 at 1.79 Angstrom resolution
要素L,D-transpeptidase 2
キーワードTRANSFERASE / Peptidoglycan synthesis enzyme / cell wall enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region ...peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3710 / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Immunoglobulin-like - #3710 / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L,D-transpeptidase 2 / L,D-transpeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Kumar, P. / Lamichhane, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the Director1DP2OD008459-01 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Non-classical transpeptidases yield insight into new antibacterials.
著者: Kumar, P. / Kaushik, A. / Lloyd, E.P. / Li, S.G. / Mattoo, R. / Ammerman, N.C. / Bell, D.T. / Perryman, A.L. / Zandi, T.A. / Ekins, S. / Ginell, S.L. / Townsend, C.A. / Freundlich, J.S. / Lamichhane, G.
履歴
登録2015年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22016年11月23日Group: Database references
改定 1.32016年12月28日Group: Database references
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L,D-transpeptidase 2
B: L,D-transpeptidase 2
D: L,D-transpeptidase 2
C: L,D-transpeptidase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,1284
ポリマ－158,1284
非ポリマー00
水32,9131827
1
A: L,D-transpeptidase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5321
ポリマ－39,5321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: L,D-transpeptidase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5321
ポリマ－39,5321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: L,D-transpeptidase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5321
ポリマ－39,5321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: L,D-transpeptidase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5321
ポリマ－39,5321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: L,D-transpeptidase 2

D: L,D-transpeptidase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0642
ポリマ－79,0642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area1770 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area30850 Å2
手法PISA
6
B: L,D-transpeptidase 2
C: L,D-transpeptidase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0642
ポリマ－79,0642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area30890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.644, 75.534, 94.143
Angle α, β, γ (deg.)89.040, 89.960, 92.760
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
L,D-transpeptidase 2 / LDT 2 / Ldt(Mt2)


分子量: 39532.004 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 42-408 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: ldtB, MT2594, V735_02606 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O53223, UniProt: I6Y9J2*PLUS, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1827 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG5000MME, 0.2mM Ammonium sulfate / PH範囲: pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月17日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 153919 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.768 / Net I/av σ(I): 14.832 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 676223
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
1.7-1.733.50.888170.5770.5440.66995.7
1.73-1.763.70.76989470.6690.4660.69195.80.9
1.76-1.793.70.65488740.7110.3930.71396.10.763
1.79-1.833.80.52688940.8040.3150.73896.10.614
1.83-1.873.80.43889790.8480.2620.75596.40.511
1.87-1.913.80.33389440.8890.1990.81796.40.388
1.91-1.963.80.2889730.9020.1680.86196.70.327
1.96-2.023.80.22989540.9140.1370.85696.80.266
2.02-2.073.80.18590320.9270.1110.865970.216
2.07-2.143.80.15689570.940.0930.89897.20.182
2.14-2.223.80.13390760.9410.080.84497.30.155
2.22-2.313.80.11690680.950.0690.86297.50.135
2.31-2.413.80.10390220.9590.0620.86397.70.12
2.41-2.543.80.08991300.9620.0530.854980.104
2.54-2.73.80.07991130.9660.0470.84998.10.092
2.7-2.913.80.06991370.970.0410.80598.40.081
2.91-3.23.80.06191330.9720.0370.77898.60.072
3.2-3.663.70.05491920.9790.0320.695990.063
3.66-4.613.70.04691870.9850.0280.52799.20.054
4.61-503.70.04291280.9890.0250.38798.30.049

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VYN

3vyn


解像度: 1.79→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.2147 / WRfactor Rwork: 0.1714 / FOM work R set: 0.8531 / SU B: 2.685 / SU ML: 0.082 / SU R Cruickshank DPI: 0.1141 / SU Rfree: 0.1143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 7371 4.9 %RANDOM
Rwork0.1696 ---
obs0.1716 144115 94.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.66 Å2 / Biso mean: 17.48 Å2 / Biso min: 3.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.04 Å20.1 Å2
2---0.25 Å2-0.07 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10558 0 0 1827 12385
Biso mean---30.73 -
残基数----1399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01910870
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9911.92614877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.103322919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.36451399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.34924.093474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.948151560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4121566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.21669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02112635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5661.4585611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5661.4585610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3982.1767005
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.836 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 414 -
Rwork0.243 7673 -
all-8087 -
obs--68.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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