PDB-5dty: Crystal structure of rsEGFP2 in the non-fluorescent off-state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dty

タイトル

Crystal structure of rsEGFP2 in the non-fluorescent off-state

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / GFP / reversibly switchable / trans chromophore

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Adam, V. / Dos-Santos Martins, A.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Rational design of ultrastable and reversibly photoswitchable fluorescent proteins for super-resolution imaging of the bacterial periplasm.
著者: El Khatib, M. / Martins, A. / Bourgeois, D. / Colletier, J.P. / Adam, V.

履歴

登録	2015年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dty.cif.gz	74.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dty.ent.gz	53 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dtxC 5dtzC 5du0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dtx-d 3ztf-d 6pft-d 5o89-d 6un4-d 5o8c-d 5o8b-d 4s0m-4 4s0m-2 3a55-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.195, 62.809, 70.553
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 28099.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 0.1 M HEPES, 1.7 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→46.91 Å / Num. obs: 36769 / % possible obs: 98.13 % / 冗長度: 4.6 % / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 91.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.5→46.91 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	3729	5.44 %
R_work	0.1783	-	-
obs	0.1807	68497	97.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1980	0	0	342	2322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	2089
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.762	2833
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.965	782
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	302
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	371

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.519	0.3263	124	0.3185	2187	X-RAY DIFFRACTION	91
1.519-1.539	0.3467	133	0.3234	2283	X-RAY DIFFRACTION	93
1.539-1.5601	0.3232	144	0.2994	2431	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5601-1.5824	0.2743	139	0.2769	2414	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5824-1.606	0.2767	144	0.2842	2406	X-RAY DIFFRACTION	98
1.606-1.6311	0.3311	137	0.2615	2383	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6311-1.6578	0.2894	142	0.2591	2466	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6578-1.6864	0.2789	134	0.2396	2396	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6864-1.7171	0.2689	139	0.2397	2433	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7171-1.7501	0.2388	140	0.2225	2399	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7501-1.7858	0.2584	138	0.2055	2398	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7858-1.8247	0.2527	140	0.1983	2437	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8247-1.8671	0.2621	131	0.1856	2389	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8671-1.9138	0.2702	140	0.1834	2437	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9138-1.9655	0.1986	141	0.1747	2403	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9655-2.0234	0.2013	140	0.1688	2396	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0234-2.0887	0.2147	134	0.1757	2308	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0887-2.1633	0.2202	135	0.1646	2382	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1633-2.25	0.2156	140	0.1577	2462	X-RAY DIFFRACTION	99
2.25-2.3524	0.1935	142	0.1684	2451	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3524-2.4764	0.1795	141	0.1571	2401	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4764-2.6315	0.2274	144	0.1581	2464	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6315-2.8347	0.2204	133	0.1639	2439	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8347-3.1199	0.1905	140	0.1599	2399	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1199-3.5712	0.1883	136	0.147	2382	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5712-4.4988	0.1683	138	0.1372	2394	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4988-46.9355	0.258	140	0.1724	2428	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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