PDB-5dtt: Fragments bound to the OXA-48 beta-lactamase: Compound 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dtt

タイトル

Fragments bound to the OXA-48 beta-lactamase: Compound 3

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / inhibitor / complex / fragment / lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.10000527 Å

データ登録者

Lund, B.A. / Christopeit, T. / Leiros, H.-K.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Screening and Design of Inhibitor Scaffolds for the Antibiotic Resistance Oxacillinase-48 (OXA-48) through Surface Plasmon Resonance Screening.
著者: Lund, B.A. / Christopeit, T. / Guttormsen, Y. / Bayer, A. / Leiros, H.K.

履歴

登録	2015年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	5dtt_validation.cif.gz	76 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5dtkC 5dtsC 5dvaC 3hbrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fat-d 5oe0-d 4s2j-1 6v1o-1 5dts-4 3hbr-1 4s2k-1 5oe2-1 5dva-4 4s2p-d 6p96-d 7ass-2 6goa-1 5fas-d 6uvk-1 6p97-d 5faq-d 4s2n-2 5dva-2 6uvk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.8 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.9 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.371, 107.622, 124.553
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28298.029 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 22-265 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-5F5 / 3-(1,3-thiazol-2-yl)benzoic acid 分子量: 205.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₇NO₂S
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.84 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 8-12% PEG8000, 4% 1-butanol / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→45.96 Å / Num. obs: 69611 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.2513417337 Å² / R_merge(I) obs: 0.1608 / Net I/σ(I): 6.35
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.7949 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique all: 6874 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2328	精密化
XDS	20141118	データ削減
PHASER	2.5.6	位相決定
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HBR

3hbr

解像度: 2.10000527→45.9606680821 Å / SU ML: 0.291797265807 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33553952209 / 位相誤差: 27.8656366962
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246183444911	6568	5.01381700484 %	Random selection
R_work	0.200916879833	124430	-	-
obs	0.203233976136	130998	97.8137180234 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.6309030722 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.10000527→45.9606680821 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7924	0	34	1340	9298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00229749654741	8173
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.495311174818	11064
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0423515396163	1159
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00158230375386	1452
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.6701818906	4811

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.33494543747	214	0.318994359498	4174	X-RAY DIFFRACTION	98.606741573
2.1239-2.1489	0.33195808133	231	0.306315030961	4193	X-RAY DIFFRACTION	98.2892690513
2.1489-2.1751	0.338139648159	236	0.305650191316	4125	X-RAY DIFFRACTION	98.5314053321
2.1751-2.2026	0.339383325934	222	0.290949425771	4204	X-RAY DIFFRACTION	98.3118613949
2.2026-2.2316	0.336228456298	206	0.300982232226	4110	X-RAY DIFFRACTION	97.9573309124
2.2316-2.2621	0.377769011325	238	0.296828281976	4165	X-RAY DIFFRACTION	97.7141588992
2.2621-2.2945	0.327869829802	198	0.283652751211	4149	X-RAY DIFFRACTION	97.7293165468
2.2945-2.3287	0.338284066763	208	0.281731024797	4167	X-RAY DIFFRACTION	97.7653631285
2.3287-2.3651	0.326107357337	206	0.284472971978	4133	X-RAY DIFFRACTION	97.5275342774
2.3651-2.4039	0.342439267084	218	0.26822583558	4076	X-RAY DIFFRACTION	95.8696137531
2.4039-2.4453	0.316477880374	228	0.26228687593	4101	X-RAY DIFFRACTION	96.8673081226
2.4453-2.4898	0.313161524335	228	0.255744357738	4140	X-RAY DIFFRACTION	97.3045221653
2.4898-2.5377	0.265847303353	239	0.245965159095	4091	X-RAY DIFFRACTION	97.963800905
2.5377-2.5895	0.292117777359	222	0.2361933632	4200	X-RAY DIFFRACTION	98.4855233853
2.5895-2.6458	0.279487555858	230	0.239922113917	4119	X-RAY DIFFRACTION	98.1494019409
2.6458-2.7073	0.297209034039	179	0.233877875301	4235	X-RAY DIFFRACTION	98.3730777803
2.7073-2.775	0.284715069908	230	0.214160970213	4179	X-RAY DIFFRACTION	98.5471613768
2.775-2.85	0.247455190884	229	0.202858885083	4151	X-RAY DIFFRACTION	98.670871818
2.85-2.9339	0.240686009842	204	0.197737978469	4194	X-RAY DIFFRACTION	98.1696428571
2.9339-3.0285	0.2304472575	196	0.197306300541	4184	X-RAY DIFFRACTION	98.1622590766
3.0285-3.1368	0.240943833442	183	0.187751519085	4141	X-RAY DIFFRACTION	96.6905187835
3.1368-3.2623	0.246585872935	223	0.198339998167	4094	X-RAY DIFFRACTION	96.8806104129
3.2623-3.4107	0.208560545042	206	0.167192586262	4172	X-RAY DIFFRACTION	98.0295566502
3.4107-3.5905	0.222341604491	250	0.151891644441	4147	X-RAY DIFFRACTION	98.3889013202
3.5905-3.8154	0.188458593306	229	0.13615414873	4149	X-RAY DIFFRACTION	98.2054733064
3.8154-4.1098	0.153332259717	248	0.124315323256	4131	X-RAY DIFFRACTION	98.1838565022
4.1098-4.523	0.156000430927	175	0.128692186388	4165	X-RAY DIFFRACTION	97.3312401884
4.523-5.1768	0.181941502889	255	0.141412470141	4077	X-RAY DIFFRACTION	96.3737486096
5.1768-6.5192	0.22750163235	209	0.16475121756	4151	X-RAY DIFFRACTION	98.4198645598
6.5192-45.9717	0.229967994518	228	0.175175981897	4113	X-RAY DIFFRACTION	96.9839142091

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.907670617654	0.222823451979	-0.101203791167	1.16487117139	0.203706713067	0.812760273403	-0.0480616808108	0.00254774383041	0.0245605880481	-0.0457226555554	0.0413977835399	0.0774864296976	0.000866449036391	0.016881401479	0.0208593336742	0.287280992487	0.0118077638573	0.0540749835472	0.236451339779	0.0115962570714	0.188447636273	88.7335670533	259.318284133	2.4821762525
2	0.430414337333	-0.149777982333	0.348220752774	1.18766179083	0.0929802477219	1.22021797762	0.0160764078113	-0.020570544649	0.00144813830475	0.0655522956529	0.0163397613813	-0.0533757723433	0.100392310337	0.0921540594484	-0.0387070373156	0.233101231758	-0.00139295342976	0.0960710883099	0.187410326454	-0.00422540828015	0.166822022063	88.6480230453	219.899413158	-2.49066857326
3	0.777309393937	0.160084454521	0.457912485079	1.50882018363	-0.368137414707	1.29322438334	-0.0184532085806	0.0757596397586	0.0269888309959	-0.0372867090314	0.0394711383687	0.0376708799032	0.0671087287495	-0.12630099954	-0.0267663482458	0.232446630928	-0.0161453128596	0.115073143967	0.246392775342	0.00751638413762	0.200836758788	84.6385801771	222.208683116	32.0679959384
4	0.811101566569	0.391159498839	0.0486018801937	1.35743838315	-0.450440176745	1.49224215646	-0.0145296563019	0.0344318889502	0.0736792432645	0.0319221491893	0.0295594614029	-0.00906015480925	-0.22537891306	-0.090700561096	0.0137345918929	0.270066146505	0.0440188238442	-0.0852303858497	0.213670680114	0.0151683690799	0.175060538176	128.867456217	227.169176781	31.8643320516

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 24 through 265)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 24 through 265)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 24 through 265)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 24 through 265)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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