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- PDB-5dth: Crystal structure of MUPP1 PDZ8 domain from rattus norvegicus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dth
タイトルCrystal structure of MUPP1 PDZ8 domain from rattus norvegicus
要素Multiple PDZ domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / CELL ADHESION / protein binding
機能・相同性
機能・相同性情報


subapical complex / tight junction assembly / microtubule organizing center organization / Schmidt-Lanterman incisure / apicolateral plasma membrane / dendrite development / bicellular tight junction / endomembrane system / regulation of microtubule cytoskeleton organization / myelination ...subapical complex / tight junction assembly / microtubule organizing center organization / Schmidt-Lanterman incisure / apicolateral plasma membrane / dendrite development / bicellular tight junction / endomembrane system / regulation of microtubule cytoskeleton organization / myelination / intracellular protein transport / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / postsynaptic density / cell adhesion / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Multiple PDZ domain protein / Unstructured region 10 on multiple PDZ protein / L27-2 / L27_2 / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain ...Multiple PDZ domain protein / Unstructured region 10 on multiple PDZ protein / L27-2 / L27_2 / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multiple PDZ domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Li, J. / Lv, Y. / Zhu, H. / Liu, W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure and biochemical characteristics of MUPP1 PDZ8 domain from rattus norregicus
著者: Lv, Y. / Li, J. / Zhu, H. / Liu, W.
履歴
登録2015年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_reflns_twin / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_reflns_twin.operator / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Multiple PDZ domain protein
B: Multiple PDZ domain protein
C: Multiple PDZ domain protein
D: Multiple PDZ domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9314
ポリマ－48,9314
非ポリマー00
水3,783210
1
A: Multiple PDZ domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2331
ポリマ－12,2331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Multiple PDZ domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2331
ポリマ－12,2331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Multiple PDZ domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2331
ポリマ－12,2331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Multiple PDZ domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2331
ポリマ－12,2331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.104, 39.242, 134.449
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.730, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUASPASPAA1314 - 14213 - 110
21GLUGLUASPASPBB1314 - 14213 - 110
12GLUGLUARGARGAA1314 - 14183 - 107
22GLUGLUARGARGCC1314 - 14183 - 107
13GLUGLUASNASNAA1314 - 14193 - 108
23GLUGLUASNASNDD1314 - 14193 - 108
14LYSLYSARGARGBB1313 - 14182 - 107
24LYSLYSARGARGCC1313 - 14182 - 107
15GLUGLUARGARGBB1314 - 14183 - 107
25GLUGLUARGARGDD1314 - 14183 - 107
16GLUGLUARGARGCC1314 - 14183 - 107
26GLUGLUARGARGDD1314 - 14183 - 107

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Multiple PDZ domain protein / Multi-PDZ domain protein 1


分子量: 12232.849 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1312-1422 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mpdz, Mupp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O55164
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M NaI, 25% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月14日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.896
11-h,-k,l20.104
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 31967 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.913 / Net I/av σ(I): 14.764 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 92533
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-1.982.90.66315430.580.4690.8161.46799.5
1.98-2.022.90.53516470.6480.3770.6581.55799.5
2.02-2.062.90.42515950.7480.2980.5211.56399.6
2.06-2.12.90.39515970.7870.2770.4841.62599.7
2.1-2.152.90.32415630.8130.2270.3981.6799.6
2.15-2.22.90.2916440.8730.2010.3541.63299.4
2.2-2.252.90.27815950.8680.1940.3411.70899.3
2.25-2.312.90.24916100.8970.1720.3041.63499.3
2.31-2.382.90.22615620.9190.1580.2771.78199.1
2.38-2.462.90.216340.9380.1380.2441.73498.9
2.46-2.542.90.18615790.940.1290.2281.80898.9
2.54-2.652.90.17315920.9520.1190.2112.05498.9
2.65-2.772.90.15316000.9580.1040.1852.13698.5
2.77-2.912.90.13216270.970.0910.1612.35398.5
2.91-3.12.90.10915910.980.0760.1332.50798.5
3.1-3.332.90.08416100.9860.0580.1032.44498.1
3.33-3.672.80.05815650.9930.040.0712.05697
3.67-4.22.80.04916000.9940.0340.062.1296.5
4.2-5.2930.04415920.9950.030.0542.03796.4
5.29-502.90.05216210.9950.0350.0632.40593.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DAZ

2daz


解像度: 1.95→40.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 4.097 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2648 1614 5 %RANDOM
Rwork0.2247 ---
obs0.2266 30350 85.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.45 Å2 / Biso mean: 24.19 Å2 / Biso min: 9.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.51 Å20 Å20.39 Å2
2---3.47 Å2-0 Å2
3----7.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→40.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3181 0 0 210 3391
Biso mean---29.23 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193259
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.023097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0411.9554409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.21337069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6975434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86524.196143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.60715539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0711523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4762.381718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4762.381717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4243.5552140
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A110840.14
12B110840.14
21A97760.18
22C97760.18
31A99340.16
32D99340.16
41B97540.2
42C97540.2
51B102540.16
52D102540.16
61C97060.18
62D97060.18
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.98 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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