PDB-5dtf: context-independent anti-hypusine antibody FabHpu98.61 in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dtf

タイトル

context-independent anti-hypusine antibody FabHpu98.61 in complex with hypusine

要素

(Fab Hpu98.61 ...) x 2
Peptide: GLY-5CT-GLY-ALA

キーワード

IMMUNE SYSTEM / hypusine / antibody / FabHpu98.61 / eIF5A

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin receptor binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhai, Q. / Carter, P.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis and Optimization of Context-Independent Anti-Hypusine Antibodies.
著者: Zhai, Q. / He, M. / Song, A. / Deshayes, K. / Dixit, V.M. / Carter, P.J.

履歴

登録	2015年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月2日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月4日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dtf.cif.gz	329.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dtf.ent.gz	269 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dtf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5dtf_validation.pdf.gz	486.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dtf_full_validation.pdf.gz	492.3 KB	表示
XML形式データ	5dtf_validation.xml.gz	38.5 KB	表示
CIF形式データ	5dtf_validation.cif.gz	51.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5drnC 5ds8SC 5dscC 5dubC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ds8-2 1seq-d 4kph-1 3tnm-2 6wgj-3 5f6h-4 6wgk-4 2uyl-3 4ong-d 4nyl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab Hpu98.61 Heavy Chain

L: Fab Hpu98.61 Light Chain

A: Fab Hpu98.61 Heavy Chain

B: Fab Hpu98.61 Light Chain

P: Peptide: GLY-5CT-GLY-ALA

ヘテロ分子

94.5 kDa, 5 ポリマー
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1

H: Fab Hpu98.61 Heavy Chain

L: Fab Hpu98.61 Light Chain

P: Peptide: GLY-5CT-GLY-ALA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Fab Hpu98.61 Heavy Chain

B: Fab Hpu98.61 Light Chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.120, 75.770, 120.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 120.660, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド	Peptide: GLY-5CT-GLY-ALA 分子量: 418.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体	Fab Hpu98.61 Heavy Chain 分子量: 24230.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P01870*PLUS
#2: 抗体	Fab Hpu98.61 Light Chain 分子量: 22624.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 325分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-5CT / Hypusine / N~6~-[(2S)-4-amino-2-hydroxybutyl]-L-lysine タイプ: peptide linking / 分子量: 233.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₃N₃O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 24% PEG 1000 0.1M HEPES 7.6 10mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→37.2 Å / Num. obs: 77821 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.4 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DS8

5ds8

解像度: 1.9→37.216 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2535	2007	2.58 %
R_work	0.2123	75814	-
obs	0.2134	77821	97.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.56 Å² / B_iso mean: 28.0266 Å² / B_iso min: 12.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→37.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6272	0	23	322	6617
B_iso mean	-	-	33.32	29.37	-
残基数	-	-	-	-	843

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6453
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.843	8839
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1053
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1112
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.827	3830

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9003-1.9478	0.2792	138	0.2519	5197	5335	94
1.9478-2.0005	0.2622	142	0.2401	5346	5488	97
2.0005-2.0593	0.2459	140	0.2325	5347	5487	97
2.0593-2.1258	0.3134	139	0.2255	5447	5586	99
2.1258-2.2017	0.2648	143	0.2243	5427	5570	98
2.2017-2.2899	0.267	150	0.2247	5415	5565	98
2.2899-2.3941	0.272	138	0.2238	5399	5537	98
2.3941-2.5203	0.2876	140	0.2262	5412	5552	97
2.5203-2.6781	0.2856	151	0.2215	5412	5563	99
2.6781-2.8849	0.2505	147	0.2188	5462	5609	98
2.8849-3.175	0.2824	142	0.2266	5424	5566	98
3.175-3.6341	0.2383	147	0.2115	5505	5652	99
3.6341-4.5773	0.2323	147	0.185	5461	5608	98
4.5773-37.2233	0.2172	143	0.1911	5560	5703	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1351	-0.1761	0.6201	0.1063	-0.154	0.3606	-0.3029	0.1769	0.247	0.0907	0.0794	0.2039	0.0144	-0.4118	0.1797	0.3124	0.0096	0.0427	0.2764	-0.0197	0.3277	-52.4867	-4.5602	119.0582
2	2.5377	0.3116	0.6124	0.7772	0.7492	1.5251	0.1345	0.0181	0.312	0.2775	-0.0581	0.1961	-0.0813	0.0126	-0.0701	0.2296	-0.0329	0.0533	0.2097	-0.0435	0.1989	-38.6172	3.5381	126.2156
3	1.3576	0.0848	-0.2793	1.7543	-0.1985	1.8012	-0.0596	-0.006	-0.076	-0.0641	0.044	0.0966	0.2606	0.2578	0.0238	0.2055	0.0062	0.0507	0.1801	-0.0053	0.2099	-34.1077	-2.9362	120.7368
4	1.3605	1.2229	-0.7949	2.2097	0.2892	1.4873	-0.135	0.0393	-0.1253	-0.1075	-0.1548	0.0071	0.1472	-0.0172	0.205	0.2567	-0.0446	0.0357	0.2239	-0.0304	0.2886	-44.1657	-5.7634	119.2645
5	1.2349	0.2684	-0.5641	1.3921	0.1874	1.4832	0.1356	0.0719	0.1862	0.1554	-0.0344	-0.0156	0.0005	0.1821	0.0604	0.2121	-0.0638	0.0322	0.2314	-0.0277	0.2337	-35.2806	7.0966	129.7448
6	0.0097	-0.0705	0.0492	0.2848	-0.2024	0.1367	-0.0102	-0.1558	0.1642	-0.259	0.115	-0.4277	-0.1374	0.072	-0.1115	0.2578	-0.0321	0.0317	0.2808	-0.0682	0.3058	-56.8553	-7.9041	124.8741
7	2.4815	-0.1166	-0.8112	3.5316	0.9462	2.6294	0.0268	-0.3251	0.253	0.4969	0.0041	0.2043	0.1545	-0.315	0.0369	0.2146	0.0395	-0.0052	0.2339	0.014	0.1836	-73.0289	-5.0437	141.794
8	1.1675	-0.0998	0.3928	0.8824	-0.5005	1.1429	0.0719	-0.0263	0.1363	-0.0689	0.01	-0.0987	-0.3412	-0.1526	-0.0983	0.2611	0.0225	0.0305	0.1927	0.0063	0.198	-65.0982	-1.9918	137.4614
9	1.1073	0.5759	0.4674	1.346	-0.1273	1.7852	-0.0517	-0.233	0.2792	0.3688	0.08	0.3426	-0.3626	-0.6452	-0.0377	0.3383	0.1555	0.0108	0.4165	0.0246	0.2679	-73.6286	2.2659	135.2946
10	2.2315	-0.2646	-1.7399	1.6841	0.4516	5.0431	-0.1159	0.0172	0.1204	-0.0846	-0.1494	-0.046	0.0395	-0.0124	0.1538	0.2735	0.0902	-0.0901	0.5465	0.0514	0.3563	-75.496	-0.8074	132.4747
11	0.5352	0.1017	-1.0258	0.6357	0.3556	3.4453	-0.0935	-0.2025	-0.1036	0.0299	0.0167	-0.1279	0.1616	0.5405	0.0646	0.1991	0.0071	0.0009	0.2982	-0.0096	0.2173	-33.8008	2.8576	142.595
12	1.0809	0.9225	0.0287	1.0811	0.0682	0.7077	-0.014	0.0358	-0.041	-0.0881	0.0382	-0.0235	0.0004	0.0025	-0.0239	0.2034	-0.0003	-0.0181	0.1829	-0.0089	0.1818	-64.62	-11.7446	150.0752
13	0.7746	0.207	0.0175	0.1297	-0.0895	0.0744	0.1747	0.2234	-0.4168	-0.1998	-0.0712	0.1819	0.1492	-0.1748	-0.1735	0.3232	0.0328	-0.0208	0.2498	-0.0397	0.2816	-58.0257	-34.0391	127.6618
14	2.245	-0.3609	0.2006	1.5254	-0.464	2.5002	0.0391	-0.0159	-0.0228	-0.2569	-0.1946	-0.0873	0.3465	0.0702	0.176	0.2803	0.0764	0.0443	0.2393	-0.0031	0.2094	-44.726	-41.2026	137.4441
15	1.1254	0.5168	-0.0838	2.5284	-0.5737	1.871	-0.0847	-0.1427	0.0609	0.0361	0.1756	0.2111	-0.0442	-0.1026	-0.0574	0.2363	0.0215	0.0166	0.1756	-0.005	0.1694	-48.8802	-35.2674	143.6344
16	1.5741	-1.0929	-0.6517	0.7405	0.2616	2.0417	0.0533	0.0125	-0.1257	-0.1519	-0.1465	0.0746	0.1678	0.0819	0.0725	0.2465	0.0458	0.0034	0.215	0.0492	0.2209	-45.7577	-40.9007	135.794
17	0.4321	0.5036	0.1897	0.5925	0.4357	1.5607	-0.1345	-0.1715	-0.1863	0.4084	0.1863	0.1066	0.0547	0.0811	0.0093	0.3169	0.1162	0.0001	0.2237	0.0354	0.1985	-56.2099	-28.1118	120.0182
18	1.5798	0.4253	0.5848	2.0834	0.1305	1.9729	0.0397	0.2794	-0.0977	-0.3365	0.0819	-0.1767	-0.0365	0.1485	0.0236	0.1859	-0.0209	0.0181	0.1857	-0.0405	0.2252	-47.5972	-33.8882	98.555
19	1.4785	0.1492	0.3949	1.2185	0.1826	1.3012	-0.06	0.0138	-0.1568	-0.0489	0.0793	-0.119	0.0951	0.2011	0.024	0.1984	0.0301	0.0182	0.1525	0.0303	0.2055	-47.4721	-37.0696	107.6994
20	3.0515	-0.3573	-0.3114	2.1831	0.4742	3.6424	-0.0107	0.4665	-0.1781	-0.288	0.1273	-0.0524	0.1614	-0.0785	-0.1304	0.1952	-0.0214	-0.009	0.2334	-0.0111	0.2217	-55.1042	-39.9629	101.3127
21	1.8015	-0.4374	-2.1134	0.5833	0.5826	2.2541	-0.0941	-0.5428	-0.0837	0.0642	0.0677	-0.0713	-0.0539	0.6493	0.0406	0.2052	0.0694	-0.0124	0.3621	0.0261	0.2137	-28.2695	-41.8625	132.658
22	0.9941	-0.2964	0.1799	0.5254	-0.3529	0.5323	-0.0339	0.0229	0.0702	0.0421	0.0008	0.0625	0.0092	0.1012	0.0236	0.1482	0.0106	0.0071	0.1463	-0.0059	0.2064	-35.8744	-30.0189	103.0404
23	1.4881	-0.977	0.2577	1.7788	-0.5138	0.5572	-0.0363	-0.0169	0.0411	0.0642	0.0433	0.019	-0.0612	0.0415	-0.0124	0.1589	0.0041	-0.0087	0.1685	-0.0133	0.1838	-36.8894	-25.033	100.5812
24	4.0888	1.6229	0.3221	1.5646	0.2622	0.0429	0.099	-0.0502	-0.004	0.0334	-0.1265	-0.334	-0.2018	0.5516	0.0365	0.0989	-0.2057	-0.0384	0.5737	-0.014	0.2849	-20.8088	7.0416	129.5402

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 5 through 21 )	H	5 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 22 through 45 )	H	22 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 46 through 72 )	H	46 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 73 through 87 )	H	73 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 88 through 103 )	H	88 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 104 through 119 )	H	104 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 120 through 145 )	H	120 - 145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 146 through 185 )	H	146 - 185
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 186 through 200 )	H	186 - 200
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 201 through 210 )	H	201 - 210
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 1 through 101 )	L	1 - 101
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 102 through 208 )	L	102 - 208
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 5 through 21 )	A	5 - 21
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 22 through 52 )	A	22 - 52
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 53 through 72 )	A	53 - 72
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 73 through 106 )	A	73 - 106
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 107 through 119 )	A	107 - 119
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 120 through 145 )	A	120 - 145
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 146 through 185 )	A	146 - 185
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 186 through 210 )	A	186 - 210
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 1 through 101 )	B	1 - 101
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 102 through 149 )	B	102 - 149
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 150 through 211 )	B	150 - 211
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'P' and (resid 3 through 6 )	P	3 - 6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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