PDB-5dte: Crystal Structure of an ABC transporter periplasmic solute bindin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dte

タイトル

Crystal Structure of an ABC transporter periplasmic solute binding protein (IPR025997) from Actinobacillus succinogenes 130z(Asuc_0081, TARGET EFI-511065) with bound D-allose

要素

Monosaccharide-transporting ATPase

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Solute Binding Protein / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

monosaccharide-transporting ATPase / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Actinobacillus succinogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of an ABC transporter periplasmic solute binding protein (IPR025997) from Actinobacillus succinogenes 130z(Asuc_0081, TARGET EFI-511065) with bound D-allose
著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. ...

履歴

登録	2015年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年11月15日	Group: Atomic model / Derived calculations / カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_oper_list Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	5dte_full_validation.pdf.gz	499 KB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	2ioyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1rwz-d 3p91-d 1rxm-d 3lte-1 2x2s-1 5t3w-4 3gv0-d 3lte-11 2gx6-d 3lte-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-511065

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Monosaccharide-transporting ATPase

B: Monosaccharide-transporting ATPase

C: Monosaccharide-transporting ATPase

D: Monosaccharide-transporting ATPase

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Monosaccharide-transporting ATPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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2

B: Monosaccharide-transporting ATPase

ヘテロ分子

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3

C: Monosaccharide-transporting ATPase

ヘテロ分子

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4

D: Monosaccharide-transporting ATPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.190, 63.218, 71.201
Angle α, β, γ (deg.)	101.130, 103.290, 91.350
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

Monosaccharide-transporting ATPase

分子量: 33704.191 Da / 分子数: 4 / 断片: Solute binding protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Actinobacillus succinogenes (strain ATCC 55618 / 130Z) (バクテリア)
株: ATCC 55618 / 130Z / 遺伝子: Asuc_0081 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6VKG5, monosaccharide-transporting ATPase

#2: 糖

ChemComp-ALL / beta-D-allopyranose / beta-D-allose / D-allose / allose / D-ALLOPYRANOSE / β-D-アロピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (10 mM D-allose, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (1.0 M Lithium chloride, 0.1 M sodium citrate:HCl pH 4.0, 20% (w/v) PEG 6000); Cryoprotection (20% Ethylene glycol, 80% Reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月15日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.29→42 Å / Num. obs: 28967 / % possible obs: 63.1 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.133 / Χ²: 0.903 / Net I/av σ(I): 10.257 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 98224

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.29-2.33	2.4	206	0.445	0.821	0.705	9.2
2.33-2.37	2.7	298	0.607	0.561	0.855	12.7	0.828
2.37-2.42	2.9	383	0.554	0.544	0.827	16.8	0.802	0.974
2.42-2.47	3.1	451	0.575	0.571	0.807	19.9	0.872
2.47-2.52	3.2	568	0.639	0.47	0.801	24.7	0.721	0.864
2.52-2.58	3.2	694	0.688	0.381	0.777	30.2	0.584	0.7
2.58-2.64	3.3	842	0.756	0.357	0.871	36.6	0.562	0.668
2.64-2.71	3.4	962	0.848	0.286	0.837	42.4	0.45	0.535
2.71-2.79	3.4	1173	0.841	0.251	0.89	51.3	0.399	0.473
2.79-2.89	3.3	1491	0.912	0.204	0.934	63.9	0.321	0.382
2.89-2.99	3.2	1886	0.937	0.178	0.991	82.6	0.272	0.326
2.99-3.11	3.3	2208	0.947	0.145	0.93	96.5	0.226	0.27
3.11-3.25	3.4	2233	0.948	0.122	0.972	96.7	0.193	0.229
3.25-3.42	3.4	2213	0.968	0.091	1.014	96.9	0.144	0.171
3.42-3.63	3.4	2240	0.98	0.072	1.012	96.7	0.114	0.136
3.63-3.91	3.5	2214	0.986	0.062	1.057	96.7	0.099	0.118
3.91-4.31	3.5	2220	0.989	0.048	0.903	97	0.076	0.09
4.31-4.93	3.5	2203	0.99	0.042	0.84	95.8	0.068	0.08
4.93-6.21	3.6	2226	0.991	0.044	0.722	96.6	0.071	0.083
6.21-42	3.6	2256	0.992	0.037	0.772	98.6	0.06	0.071

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IOY

2ioy

解像度: 2.7→33.147 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2752	1180	4.76 %
R_work	0.1644	23585	-
obs	0.1698	24765	87.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.89 Å² / B_iso mean: 28.6742 Å² / B_iso min: 0 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→33.147 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8631	0	48	61	8740
B_iso mean	-	-	27.52	14.21	-
残基数	-	-	-	-	1140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8794
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.196	11917
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1404
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1560
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.002	3265

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7-2.8228	0.409	82	0.2253	1670	1752	49
2.8228-2.9716	0.3574	128	0.2297	2380	2508	71
2.9716-3.1576	0.3551	149	0.2118	3236	3385	96
3.1576-3.4012	0.317	160	0.1926	3268	3428	97
3.4012-3.743	0.2861	175	0.1658	3261	3436	97
3.743-4.2837	0.2523	134	0.1382	3261	3395	96
4.2837-5.3932	0.234	193	0.1281	3216	3409	96
5.3932-33.1492	0.2106	159	0.1477	3293	3452	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0247	0.0435	0.0141	0.2042	0.1298	0.103	0.0132	-0.0267	-0.0447	0.0392	0.0451	-0.0638	0.1978	0.0696	0.0444	0.1194	-0.0052	0.015	0.1279	0.0066	0.0431	13.6271	-7.3978	-2.3107
2	0.0101	0.0208	-0.0287	0.069	-0.0637	0.0783	0.0142	-0.2076	0.067	-0.0518	-0.1122	-0.0699	0.0056	-0.0672	-0.0148	0.1707	-0.0497	-0.0733	0.1847	-0.0284	0.2071	15.0074	5.7038	5.2844
3	0.0789	-0.0495	-0.0353	0.2035	0.018	0.0181	-0.0323	0.0047	0.0629	0.1091	0.0573	0.002	-0.0723	-0.0147	-0.0088	0.1512	0.0079	0.0495	0.1468	-0.0313	0.0964	-2.198	9.0531	-2.9633
4	0.2749	-0.1045	-0.1043	0.1673	-0.0388	0.1444	-0.0408	-0.1315	0.1172	0.166	0.0706	-0.0024	-0.0901	-0.1183	0.0022	0.1266	0.014	-0.0211	0.1434	-0.003	0.0928	-14.126	2.3279	4.9437
5	0.116	0.0362	0.0128	0.1591	0.1458	0.1408	0.0643	0.0515	-0.0227	0.0311	0.0971	-0.0382	0.0155	-0.0387	0.0457	0.1384	0.0387	-0.0613	0.1228	0.036	0.1592	-17.4804	-4.7792	1.016
6	0.1178	0.0657	0.0197	0.2983	-0.0799	0.1001	-0.0562	0.0416	0.005	0.047	0.0054	-0.0784	0.0571	-0.0951	-0.1495	0.0741	-0.0452	-0.0162	0.1124	-0.0179	0.0963	-13.573	-4.4859	-7.716
7	0.0526	0.0238	-0.0144	0.235	0.0057	0.0695	-0.0032	0.0016	0.022	0.0308	0.1017	0.0688	0.0483	0.0735	0.0085	0.2997	0.0325	0.0478	0.1383	0.0225	0.0951	13.6653	1.9859	-10.7881
8	0.0989	-0.0868	0.0402	0.0789	-0.0392	0.0181	0.0032	0.2261	0.0641	-0.0583	-0.0924	-0.1329	-0.0454	0.0104	-0.0603	0.0928	0.0028	-0.0638	0.1915	0.0198	0.2277	1.5958	5.1575	-13.0802
9	0.0192	-0.0229	0.0043	0.0402	-0.0479	0.1971	-0.1307	0.0094	0.1216	0.1862	0.0924	0.0045	-0.0757	-0.211	-0.0092	0.1912	-0.025	0.0163	0.181	0.0153	0.2065	9.0154	-7.2936	38.0875
10	0.0236	-0.06	0.0242	0.1518	-0.0647	0.0298	-0.1079	0.043	0.1047	0.0384	-0.0371	-0.2386	-0.1898	-0.0899	-0.0228	0.1575	0.0051	0.0243	0.1345	-0.0247	0.1723	15.6395	-8.5305	29.2748
11	0.0322	-0.0154	-0.0244	0.0062	0.0055	0.1074	0.0686	0.0532	-0.0953	-0.2091	-0.0766	-0.1538	0.0238	0.0055	-0.0013	0.1468	0.0411	0.0269	0.0834	0.025	0.1846	14.917	-20.9635	25.5457
12	0.0811	-0.0275	-0.0078	0.0988	0.1652	0.2838	-0.0567	-0.046	-0.0064	0.1964	-0.0091	-0.0091	0.0714	-0.0502	-0.0115	0.1449	-0.004	-0.0473	0.0533	0.0094	0.1248	-2.5189	-25.4145	32.4976
13	0.0884	-0.1452	-0.0031	0.3404	-0.0854	0.0703	0.0556	0.1109	-0.0383	-0.1905	-0.0429	0.0343	0.0537	-0.049	-0.0132	0.1145	0.0061	-0.0173	0.1202	-0.0211	0.045	-13.2376	-22.5546	24.7704
14	0.0472	-0.0094	0.0137	0.0549	0.0063	0.0059	-0.0255	0.1519	-0.028	-0.0242	-0.0113	-0.0362	0.0425	-0.0719	0	0.1081	-0.0132	0.0094	0.1564	0.0186	0.1103	-18.0966	-11.5878	26.7614
15	0.0321	0.0361	0.0144	0.0624	-0.0363	0.1048	-0.017	0.0004	-0.0676	0.0542	0.043	-0.0256	0.1211	0.0037	0.0025	0.1018	-0.0045	-0.0111	0.085	-0.011	0.1249	-1.6621	-14.5176	40.2209
16	0.6359	0.064	0.1645	0.2921	0.0262	0.1313	0.0278	-0.0829	-0.016	0.0969	-0.0208	-0.0481	0.1158	0.0738	-0.0305	0.0785	0.0562	0.0294	0.0644	0.0395	0.1818	0.201	-21.4824	42.742
17	0.1842	0.0351	0.0638	0.1677	0.173	0.1618	-0.0243	0.0144	-0.0666	0.0382	-0.0403	-0.0071	0.0291	-0.0359	-0.0003	0.0641	0.0034	0.0033	0.124	0.0119	0.1158	-20.6615	12.2517	29.0101
18	0.1121	0.1236	0.0447	0.1334	0.0422	0.1475	-0.0626	-0.0159	-0.0732	0.0334	0.0878	-0.0184	-0.0051	0.0714	0.2569	-0.0047	0.0692	-0.0545	0.0053	0.0481	0.0869	-0.9426	14.3965	32.4272
19	0.1657	0.0159	-0.0087	0.0195	0.059	0.2338	-0.0218	-0.0688	0.066	-0.0395	0.0084	-0.0919	0.0138	-0.0585	-0.0007	0.1029	0.0062	0.0059	0.0935	-0.0157	0.0935	-18.8978	-29.9015	-1.072
20	0.2342	0.006	0.1496	0.1479	0.0107	0.2108	0.0304	0.0563	0.0224	-0.0184	0.0096	-0.0158	-0.0125	-0.026	-0	0.1109	-0.0187	0.009	0.0953	0.005	0.0959	1.131	-30.5717	-2.8067

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 93 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 94 through 128 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 129 through 154 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 155 through 215 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 216 through 239 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 240 through 273 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 274 through 289 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 290 through 313 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 27 through 56 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 57 through 93 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 94 through 128 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 129 through 154 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 155 through 201 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 202 through 254 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 255 through 289 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 290 through 313 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 28 through 154 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 155 through 313 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 28 through 154 )	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 155 through 313 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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