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- PDB-5dsz: Gamma-subunit of the translation initiation factor 2 from S. solf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dsz
タイトルGamma-subunit of the translation initiation factor 2 from S. solfataricus
要素Translation initiation factor 2 subunit gamma
キーワードTRANSLATION / gamma-subunit / archaea / factor of initiation translation
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine metabolic process / selenocysteine incorporation / protein-synthesizing GTPase / selenocysteine insertion sequence binding / formation of translation preinitiation complex / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / tRNA binding / GTPase activity / GTP binding ...selenocysteine metabolic process / selenocysteine incorporation / protein-synthesizing GTPase / selenocysteine insertion sequence binding / formation of translation preinitiation complex / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / tRNA binding / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 2, gamma subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain ...Translation initiation factor 2, gamma subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor 2 subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kravchenko, O.V. / Nikonov, O.S. / Stolboushkina, E.A. / Nevskaya, N.A. / Nikulin, A.D. / Garber, M.B. / Nikonov, S.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
The Russian Foundation for Basic Research14-04-00571 A ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Gamma-subunit of the translation initiation factor 2 from S. solfataricus
著者: Kravchenko, O.V. / Nikonov, O.S. / Stolboushkina, E.A. / Nevskaya, N.A. / Nikulin, A.D. / Garber, M.B. / Nikonov, S.V.
履歴
登録2015年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor 2 subunit gamma
B: Translation initiation factor 2 subunit gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6982
ポリマ－91,6982
非ポリマー00
水2,612145
1
A: Translation initiation factor 2 subunit gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8491
ポリマ－45,8491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Translation initiation factor 2 subunit gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8491
ポリマ－45,8491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.430, 95.430, 164.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 Translation initiation factor 2 subunit gamma / aIF2-gamma / eIF-2-gamma


分子量: 45849.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: eif2g, SSO0412 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q980A5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.93 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% NATRIUM MALONATE DIHYDRATE, 50MM GLYCINE, 13MM CDCL2 AT THE PROTEIN/NUCLEOTIDE MOLAR RATIO 1/10. FOR CRYOPROTECTION ETHYLENE GLYCOL WAS ADDED TO THE RESERVOIR SOLUTION AT THE FINAL CONCENTRATION OF 15% (V/V)

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データ収集

回折平均測定温度: 203.3 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.8148 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→23.858 Å / Num. obs: 52390 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 2.85 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 7.56
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 2.84 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1389精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PLF

2plf


解像度: 2.5→23.858 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.12 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 2640 5.04 %
Rwork0.2007 --
obs0.2018 52390 90.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→23.858 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6322 0 0 145 6467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126439
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5678712
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4412428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751021
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091099
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.54550.37871490.38612831X-RAY DIFFRACTION94
2.5455-2.59440.42931500.39642849X-RAY DIFFRACTION94
2.5944-2.64730.31861530.33242908X-RAY DIFFRACTION94
2.6473-2.70470.32061490.31282825X-RAY DIFFRACTION94
2.7047-2.76760.32521520.2882887X-RAY DIFFRACTION94
2.7676-2.83670.28051520.27982897X-RAY DIFFRACTION94
2.8367-2.91320.24291510.27912851X-RAY DIFFRACTION94
2.9132-2.99880.2721510.27462875X-RAY DIFFRACTION94
2.9988-3.09540.291500.26362858X-RAY DIFFRACTION94
3.0954-3.20580.2571520.24912883X-RAY DIFFRACTION94
3.2058-3.33380.28691500.23882846X-RAY DIFFRACTION94
3.3338-3.48510.23961520.22222894X-RAY DIFFRACTION95
3.4851-3.66820.2295380.2208719X-RAY DIFFRACTION23
3.6682-3.89710.2269240.2106454X-RAY DIFFRACTION15
3.8971-4.19650.24781510.20422879X-RAY DIFFRACTION94
4.1965-4.6160.17091510.15432858X-RAY DIFFRACTION94
4.616-5.27760.15421530.1362906X-RAY DIFFRACTION95
5.2776-6.62530.18881500.16382847X-RAY DIFFRACTION94
6.6253-23.78380.16551420.14212696X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.3245 Å / Origin y: -10.6471 Å / Origin z: 7.5991 Å
111213212223313233
T1.27 Å20.0079 Å20.0221 Å2-1.3575 Å2-0.0401 Å2--0.1521 Å2
L0.2663 °2-0.176 °20.3312 °2-0.093 °2-0.1928 °2--0.198 °2
S-0.068 Å °-0.32 Å °-0.0055 Å °0.0491 Å °0.0958 Å °0.1688 Å °0.367 Å °0.3614 Å °-0.0017 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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