[日本語] English
万見
- PDB-5dsg: Structure of the M4 muscarinic acetylcholine receptor (M4-mT4L) b... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dsg
タイトルStructure of the M4 muscarinic acetylcholine receptor (M4-mT4L) bound to tiotropium
要素Muscarinic acetylcholine receptor M4,Endolysin,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane / GPCR / Signaling / Antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / regulation of locomotion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme ...Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / regulation of locomotion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / synapse / dendrite / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M4 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Muscarinic acetylcholine receptor M4 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0HK / Chem-EDT / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Chem-PG6 / Endolysin / Muscarinic acetylcholine receptor M4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Thal, D.M. / Kobilka, B.K. / Sexton, P.M. / Christopoulos, A.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1055134 オーストラリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the M1 and M4 muscarinic acetylcholine receptors.
著者: Thal, D.M. / Sun, B. / Feng, D. / Nawaratne, V. / Leach, K. / Felder, C.C. / Bures, M.G. / Evans, D.A. / Weis, W.I. / Bachhawat, P. / Kobilka, T.S. / Sexton, P.M. / Kobilka, B.K. / Christopoulos, A.
履歴
登録2015年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月13日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M4,Endolysin,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M4
B: Muscarinic acetylcholine receptor M4,Endolysin,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,70518
ポリマ－95,6012
非ポリマー5,10316
水48627
1
A: Muscarinic acetylcholine receptor M4,Endolysin,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,68510
ポリマ－47,8011
非ポリマー2,8849
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Muscarinic acetylcholine receptor M4,Endolysin,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0208
ポリマ－47,8011
非ポリマー2,2197
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area39120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.490, 172.040, 60.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Muscarinic acetylcholine receptor M4,Endolysin,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M4 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 47800.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: CHRM4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08173, UniProt: P00720, lysozyme

-
非ポリマー , 7種, 43分子

#2: 化合物 ChemComp-0HK / (1R,2R,4S,5S,7S)-7-{[hydroxy(dithiophen-2-yl)acetyl]oxy}-9,9-dimethyl-3-oxa-9-azoniatricyclo[3.3.1.0~2,4~]nonane / Tiotropium / チオトロピウム


分子量: 392.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C19H22NO4S2 / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-EDT / {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID / EDTA


分子量: 292.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O8
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 64

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: Reconstituted in 10:1 monoolein:cholesterol mix. Precipitant solution: 20 - 40% PEG300, 100 mM MES, pH 5.5 - 7.5, and 10 - 150 mM EDTA, pH 8.0
PH範囲: 5.5 - 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月11日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→28.99 Å / Num. obs: 30337 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 55.88 Å2 / Rmerge F obs: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Rrim(I) all: 0.221 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 8.18 / Num. measured all: 397753
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.6-2.674.90.5410.9321.399993225822001.05397.4
2.67-2.740.6150.9931.7814735216421531.07799.5
2.74-2.820.7570.8652.4819477212721230.91999.8
2.82-2.910.8240.7913.2924506207520750.827100
2.91-30.8760.7223.9328260200520050.75100
3-3.110.8990.6194.7429038194619440.64199.9
3.11-3.220.9280.5185.6128366187318770.537100
3.22-3.360.9330.4426.5827167179517890.45899.7
3.36-3.510.9560.3667.9426309173617370.379100
3.51-3.680.9610.2999.5824889163016280.3199.9
3.68-3.880.970.25811.2623929156815690.268100
3.88-4.110.970.22313.0723198150115030.231100
4.11-4.390.9840.19114.6521627141214120.198100
4.39-4.750.9780.18115.5519677129512940.18899.9
4.75-5.20.9860.17615.3118108119111890.18499.8
5.2-5.810.9840.17314.8316855109310940.179100
5.81-6.710.9870.16315.11149759709690.16899.9
6.71-8.220.9960.11617.54120858098100.12100
8.22-11.630.9870.1219.8796666326310.12399.8
11.630.9950.10719.4848933623350.1192.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→28.53 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 2261 7.46 %
Rwork0.2265 28038 -
obs0.2275 30299 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 198.33 Å2 / Biso mean: 72.2251 Å2 / Biso min: 33.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→28.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6225 0 264 27 6516
Biso mean--79.42 51.1 -
残基数----793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6138998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0221052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3242358
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3388X-RAY DIFFRACTION5.906TORSIONAL
12B3388X-RAY DIFFRACTION5.906TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.65650.31851430.29641684182797
2.6565-2.71830.3118970.289817951892100
2.7183-2.78620.31242030.271716631866100
2.7862-2.86150.27281010.250518121913100
2.8615-2.94560.27491420.258717241866100
2.9456-3.04050.30051600.260217811941100
3.0405-3.14910.30071020.262217471849100
3.1491-3.2750.31062010.254417061907100
3.275-3.42380.24891030.246418061909100
3.4238-3.6040.26211630.241417111874100
3.604-3.82930.25051390.222617821921100
3.8293-4.12420.2241030.215517851888100
4.1242-4.53770.20482000.203816951895100
4.5377-5.19090.25951030.214517971900100
5.1909-6.5270.26532000.245317121912100
6.527-28.53180.13021010.177618381939100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4907-0.2725-0.31060.62010.220.6381-0.0553-0.10920.02320.09080.01690.11240.04260.03570.04180.5092-0.00770.03450.33970.01490.402649.55033.060868.4333
22.5492-2.56890.73063.6573-1.67291.40590.09570.0267-0.48080.83810.57452.225-0.4477-0.4868-0.54010.90710.07740.21890.60550.18251.424457.0988-42.106149.8993
34.2440.0028-2.34961.871-0.2994.40810.11310.0161-0.23640.2421-0.15360.41120.1191-0.27220.1430.4017-0.0237-0.09950.4663-0.06180.493942.53980.186461.6677
41.49520.01-0.16110.8195-0.2471.4918-0.0059-0.1789-0.02160.10190.0543-0.1421-0.2048-0.0195-0.04260.51490.0147-0.0170.3126-0.02330.359861.63826.089599.4122
53.34381.0872-0.29335.70571.24353.2083-0.2522-0.31680.08970.59590.09720.69570.3642-0.13140.10990.83310.0110.05580.4904-0.03260.827855.972251.909780.7578
62.44080.28290.96123.43041.43314.4728-0.0583-0.00680.3914-0.2226-0.1585-0.3072-0.26370.31870.26840.4531-0.03060.02850.43480.0760.556669.930110.445494.8941
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 220 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 221 through 396 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 397 through 470 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 24 through 221 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 222 through 392 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 393 through 473 )B0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る