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- PDB-5dro: Structure of the Aquifex aeolicus LpxC/LPC-011 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dro
タイトルStructure of the Aquifex aeolicus LpxC/LPC-011 Complex
要素UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / LpxC / Inhibitor / Lipid A / Gram-negative bacteria / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-ZH2 / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Lee, C.-J. / Najeeb, J. / Zhou, P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI055588 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094475 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Drug design from the cryptic inhibitor envelope.
著者: Lee, C.J. / Liang, X. / Wu, Q. / Najeeb, J. / Zhao, J. / Gopalaswamy, R. / Titecat, M. / Sebbane, F. / Lemaitre, N. / Toone, E.J. / Zhou, P.
履歴
登録2015年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
B: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7319
ポリマ－62,6302
非ポリマー1,1017
水7,206400
1
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8364
ポリマ－31,3151
非ポリマー5213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8955
ポリマ－31,3151
非ポリマー5804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.820, 74.680, 135.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase


分子量: 31314.865 Da / 分子数: 2 / 変異: C181A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: lpxC, envA, aq_1772 / プラスミド: PET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O67648, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 5種, 407分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ZH2 / 4-[4-(4-aminophenyl)buta-1,3-diyn-1-yl]-N-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-(hydroxyamino)-1-oxobutan-2-yl]benzamide / LPC-011


分子量: 377.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19N3O4
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.05 M ammonium acetate 10% PEG3350 / PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→67.94 Å / Num. obs: 37995 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 16.51 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 21.63 / Num. measured all: 545255
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.01-2.060.9280.5344.5427210274227420.562100
2.06-2.120.9710.4626.7439624269926990.478100
2.12-2.180.9750.4027.8439064262226220.416100
2.18-2.250.9830.3429.1337936255025500.354100
2.25-2.320.9880.29110.736860247624760.302100
2.32-2.40.990.25612.0635811240724070.265100
2.4-2.490.9920.22413.634696233723370.232100
2.49-2.590.9940.20715.0432725219721970.214100
2.59-2.710.9950.17317.3932109215621560.179100
2.71-2.840.9960.14620.2830369204620460.151100
2.84-30.9970.11924.1829226197119710.124100
3-3.180.9980.09728.4427363185018500.101100
3.18-3.40.9980.07934.3726021176817680.081100
3.4-3.670.9990.06240.624121164116410.064100
3.67-4.020.9990.05644.622139151415140.058100
4.02-4.490.9990.04750.2219856136713670.049100
4.49-5.190.9990.04452.2517726123412340.046100
5.19-6.360.9990.0546.9915067106510650.052100
6.36-8.990.9990.04350.53114208398390.045100
8.990.9940.03853.1559125175140.0499.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P3C

3p3c


解像度: 2.01→67.935 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 17.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1864 1999 5.42 %random selection
Rwork0.1559 34872 --
obs0.1575 36871 97.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.8 Å2 / Biso mean: 21.8362 Å2 / Biso min: 6.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→67.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4314 0 70 400 4784
Biso mean--29.36 31.86 -
残基数----534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024533
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6946102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0521690
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0099-2.06020.23721320.18242290242291
2.0602-2.11590.22431350.16712374250995
2.1159-2.17820.22011390.17232421256096
2.1782-2.24850.21071400.16392439257997
2.2485-2.32880.23221400.16392438257896
2.3288-2.42210.20861400.15552458259897
2.4221-2.53230.19181420.15832466260897
2.5323-2.66580.19951420.16452484262697
2.6658-2.83290.20331430.16512510265398
2.8329-3.05160.19921460.16252541268799
3.0516-3.35870.16531460.15292537268399
3.3587-3.84460.15621480.138825862734100
3.8446-4.84360.13151490.130326222771100
4.8436-67.97380.19681570.16632706286398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05590.0248-0.47621.4117-0.03931.63970.0878-0.00970.02590.0633-0.0454-0.2971-0.14310.293-0.06330.1102-0.0482-0.020.1445-0.0070.1689-9.2845.559712.1238
24.8810.75261.71913.0348-0.08441.57330.2795-0.4965-0.1790.6565-0.1536-0.0133-0.18210.0313-0.07210.2961-0.0609-0.04650.1517-0.00710.1438-14.55792.537125.3439
30.6310.0531-0.04822.1763-0.22781.4272-0.0134-0.0148-0.06790.04520.0409-0.06010.07680.1179-0.01970.06170.0072-0.00790.0952-0.00590.104-16.6485-5.540812.831
43.6138-1.80240.49952.2957-0.39780.993-0.0481-0.2251-0.56560.22430.16460.4340.1182-0.2771-0.02480.1577-0.02860.01530.15790.03670.2009-35.6528-9.275115.8507
51.7431-0.3885-1.14552.05051.02123.04630.12210.00370.06040.1101-0.08090.1054-0.1711-0.1473-0.02260.1119-0.01920.01370.10140.0320.1004-31.81495.049816.7619
63.4281-1.9398-1.88012.60771.54714.32580.11140.3421-0.0111-0.1341-0.31260.4506-0.2531-0.63160.07690.10270.012-0.0060.18880.01520.1561-40.85253.654610.6457
70.9677-0.75490.47031.8613-0.34461.2303-0.00030.0431-0.14480.07750.0275-0.06920.0956-0.1268-0.02080.1054-0.02410.00110.0527-0.00370.1117-23.8198-8.602216.7646
82.992-1.69680.06913.4183-0.64113.7397-0.3175-0.3457-0.14870.93140.0857-0.22740.01280.20280.08510.2403-0.0254-0.03860.11610.03730.1392-17.3248-11.372226.3495
91.76840.0060.55391.11060.3661.51610.0110.0024-0.0473-0.00630.0462-0.15670.16280.3143-0.03470.09550.03490.0180.15860.00260.09582.494533.387610.1109
104.05130.5133-0.43084.45340.19414.4513-0.0035-0.11790.33880.0581-0.0532-0.0031-0.34350.03570.0470.10310.0226-0.0140.07590.01760.0969-4.659745.066414.7328
111.54550.2059-0.04310.50280.11011.6823-0.0445-0.0504-0.21840.06390.0451-0.06370.12650.0862-0.02220.09760.03530.00930.09020.00270.1268-2.953128.165613.5338
124.9842-3.4484-2.6043.43051.61852.4078-0.144-0.20050.26510.43530.1702-0.18960.08190.3626-0.04970.2250.0104-0.02540.1632-0.00530.1349-4.927236.89231.903
131.03720.8303-0.18852.4181.85792.7971-0.0327-0.29830.03880.2923-0.10420.2990.0748-0.3970.15560.22420.05050.05710.1906-0.01240.1239-20.105231.515728.0738
142.344-0.19720.41753.73360.28221.9463-0.03880.04020.07510.10990.02620.4071-0.3896-0.1950.01510.17810.01790.04420.1305-0.03420.1218-20.232233.052913.5886
157.95681.1602-1.72637.0202-2.955.29330.0596-0.0435-0.22890.0854-0.0285-0.1356-0.0467-0.0761-0.02170.03160.0022-0.03250.0965-0.00580.063-20.295133.88475.0937
166.8246-1.22721.05532.7882-0.382.27920.1887-0.020.0115-0.12910.01620.31760.2307-0.5625-0.09360.119-0.04340.01580.17220.00450.1622-27.670425.568611.6775
171.21461.29090.60551.75470.61992.2714-0.0286-0.0159-0.01090.18660.05050.06680.0554-0.0477-0.02620.12360.05050.02890.10.00890.067-12.624233.705824.8106
182.1009-0.0591-0.43563.01490.36853.49310.0304-0.37060.0850.59770.1746-0.2553-0.30980.2508-0.09090.23760.0379-0.01030.1159-0.0480.1284-6.971343.928728.9734
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 47 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 72 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 73 through 147 )A0
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7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 222 through 252 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 253 through 269 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 47 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 48 through 72 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 73 through 116 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 117 through 137 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 138 through 167 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 168 through 192 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 193 through 206 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 207 through 221 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 222 through 252 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 253 through 269 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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