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- PDB-5drb: Crystal structure of WNK1 in complex with WNK463 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5drb
タイトルCrystal structure of WNK1 in complex with WNK463
要素Serine/threonine-protein kinase WNK1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / inhibitor / complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / monoatomic cation homeostasis / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / monoatomic ion homeostasis / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport ...negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / monoatomic cation homeostasis / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / monoatomic ion homeostasis / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of mRNA export from nucleus / intracellular chloride ion homeostasis / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of T cell chemotaxis / regulation of sodium ion transmembrane transport / potassium channel inhibitor activity / cellular response to chemokine / potassium ion homeostasis / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / cellular hyperosmotic response / membraneless organelle assembly / cell volume homeostasis / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / intracellular membraneless organelle / positive regulation of systemic arterial blood pressure / protein kinase activator activity / negative regulation of protein localization to plasma membrane / phosphatase binding / regulation of sodium ion transport / monoatomic ion transport / negative regulation of protein ubiquitination / sodium ion transmembrane transport / negative regulation of autophagy / cellular response to calcium ion / GABA-ergic synapse / modulation of chemical synaptic transmission / molecular condensate scaffold activity / regulation of blood pressure / positive regulation of angiogenesis / mitotic spindle / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / heart development / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...: / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5FJ / Serine/threonine-protein kinase WNK1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Kohls, D. / Xie, X.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Small-molecule WNK inhibition regulates cardiovascular and renal function.
著者: Yamada, K. / Park, H.M. / Rigel, D.F. / DiPetrillo, K. / Whalen, E.J. / Anisowicz, A. / Beil, M. / Berstler, J. / Brocklehurst, C.E. / Burdick, D.A. / Caplan, S.L. / Capparelli, M.P. / Chen, ...著者: Yamada, K. / Park, H.M. / Rigel, D.F. / DiPetrillo, K. / Whalen, E.J. / Anisowicz, A. / Beil, M. / Berstler, J. / Brocklehurst, C.E. / Burdick, D.A. / Caplan, S.L. / Capparelli, M.P. / Chen, G. / Chen, W. / Dale, B. / Deng, L. / Fu, F. / Hamamatsu, N. / Harasaki, K. / Herr, T. / Hoffmann, P. / Hu, Q.Y. / Huang, W.J. / Idamakanti, N. / Imase, H. / Iwaki, Y. / Jain, M. / Jeyaseelan, J. / Kato, M. / Kaushik, V.K. / Kohls, D. / Kunjathoor, V. / LaSala, D. / Lee, J. / Liu, J. / Luo, Y. / Ma, F. / Mo, R. / Mowbray, S. / Mogi, M. / Ossola, F. / Pandey, P. / Patel, S.J. / Raghavan, S. / Salem, B. / Shanado, Y.H. / Trakshel, G.M. / Turner, G. / Wakai, H. / Wang, C. / Weldon, S. / Wielicki, J.B. / Xie, X. / Xu, L. / Yagi, Y.I. / Yasoshima, K. / Yin, J. / Yowe, D. / Zhang, J.H. / Zheng, G. / Monovich, L.
履歴
登録2015年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年11月2日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase WNK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0022
ポリマ－33,5391
非ポリマー4631
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.642, 57.670, 65.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase WNK1 / Protein kinase lysine-deficient 1 / Protein kinase with no lysine 1


分子量: 33538.551 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 194-483 / 変異: S382A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Wnk1, Hsn2, Prkwnk1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9JIH7, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-5FJ / N-tert-butyl-1-(1-{5-[5-(trifluoromethyl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl]pyridin-2-yl}piperidin-4-yl)-1H-imidazole-5-carboxamide / WNK-463


分子量: 463.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24F3N7O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris, pH 8.0, 16% PEG550 MME, 4% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→65.53 Å / Num. obs: 34584 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.65→65.53 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 1729 5 %
Rwork0.1969 --
obs0.1991 34577 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→65.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2196 0 33 254 2483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1373090
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.787873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.69860.31271410.28392693X-RAY DIFFRACTION98
1.6986-1.75340.29361440.26242732X-RAY DIFFRACTION100
1.7534-1.81610.29031440.24792732X-RAY DIFFRACTION100
1.8161-1.88880.27651420.23652709X-RAY DIFFRACTION100
1.8888-1.97470.29891450.24242737X-RAY DIFFRACTION100
1.9747-2.07890.27051440.22212741X-RAY DIFFRACTION100
2.0789-2.20910.26441430.21442726X-RAY DIFFRACTION100
2.2091-2.37970.25121450.20772757X-RAY DIFFRACTION100
2.3797-2.61920.25571450.20512740X-RAY DIFFRACTION100
2.6192-2.99820.22141450.19792753X-RAY DIFFRACTION99
2.9982-3.77730.25781440.18322736X-RAY DIFFRACTION99
3.7773-65.58360.19681470.17032792X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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