PDB-5dqs: Complex structure of human elongation factor 1B alpha and gamma G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dqs

タイトル

Complex structure of human elongation factor 1B alpha and gamma GST-like domains

要素

Elongation factor 1-beta
Elongation factor 1-gamma

キーワード

TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / eEF1B /

elongation factor

機能・相同性

機能・相同性情報

Eukaryotic Translation Elongation / eukaryotic translation elongation factor 1 complex / translational elongation /

translation elongation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / response to virus / Signaling by ALK fusions and activated point mutants /

cadherin binding / extracellular exosome /

生体膜 ...
類似検索 - 分子機能

Elongation factor 1B gamma, C-terminal / Elongation factor EF1B gamma, C-terminal domain superfamily / Elongation factor 1 gamma, conserved domain / Elongation factor 1 (EF-1) gamma C-terminal domain profile. / Elongation factor 1 gamma, conserved domain / Translation elongation factor EF1B, beta/delta chains, conserved site / Elongation factor 1 beta central acidic region, eukaryote / : / Eukaryotic elongation factor 1 beta central acidic region / Elongation factor 1 beta/beta'/delta chain signature 1. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Choi, Y.S. / Cho, H.Y. / Kang, B.S.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Complex structure of human elongation factor 1B alpha and gamma GST-like domains
著者: Choi, Y.S. / Cho, H.Y. / Kang, B.S.

履歴

登録	2015年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dqs.cif.gz	127.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dqs.ent.gz	104.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3tw0-2 4n1e-3 3jsn-d 4nkg-2 4nkg-1 4y5h-d 4pl1-1 4n1e-4 3rfa-1 3ux9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Elongation factor 1-gamma

D: Elongation factor 1-beta

34.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.788, 50.788, 187.439
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Elongation factor 1-gamma / EF-1-gamma / eEF-1B gamma 分子量: 24865.869 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 2-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EEF1G, EF1G, PRO1608 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26641
#2: タンパク質	Elongation factor 1-beta / EF-1-beta 分子量: 9669.846 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-88 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EEF1B2, EEF1B, EF1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P24534
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.13 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: glycerol ethoxylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293.15 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→43.984 Å / Num. obs: 31057 / % possible obs: 98.56 % / 冗長度: 17.5 % / Net I/σ(I): 54.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データスケーリング

精密化

解像度: 2.1→43.984 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.94 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2416	3125	10.06 %
R_work	0.204	-	-
obs	0.2079	31057	98.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.984 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2274	0	0	57	2331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.802	3182
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.02	819
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	354
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	413

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1005-2.1333	0.4057	132	0.3019	1277	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1333-2.1683	0.3114	134	0.2831	1183	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1683-2.2057	0.3263	159	0.275	1322	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2057-2.2458	0.2562	126	0.2597	1231	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2458-2.289	0.2818	150	0.2555	1258	X-RAY DIFFRACTION	98
2.289-2.3357	0.344	128	0.2563	1274	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3357-2.3865	0.2855	142	0.2573	1250	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3865-2.442	0.3092	150	0.2547	1310	X-RAY DIFFRACTION	99
2.442-2.5031	0.361	144	0.2412	1234	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5031-2.5707	0.314	147	0.2378	1301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5707-2.6464	0.315	143	0.2356	1260	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6464-2.7318	0.306	141	0.2395	1293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7318-2.8294	0.2827	145	0.24	1294	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8294-2.9426	0.3391	144	0.2489	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9426-3.0765	0.3282	144	0.25	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0765-3.2387	0.349	139	0.2387	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2387-3.4415	0.2071	146	0.2218	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4415-3.7071	0.219	142	0.1906	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7071-4.08	0.2098	129	0.1658	1296	X-RAY DIFFRACTION	99
4.08-4.6698	0.1768	154	0.1627	1284	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6698-5.8812	0.1996	139	0.1664	1270	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8812-43.9933	0.2054	147	0.1841	1189	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0124	0.0649	0.1381	0.0528	0.2557	0.3329	0.0446	0.2417	-0.3181	0.0736	-0.1294	-0.1276	0.2229	0.7129	0	0.4792	-0.0474	-0.0584	0.5631	0.0896	0.5256	8.9799	-16.8334	0.5995
2	0.1434	0.0547	-0.1362	0.433	0.2497	0.3054	-0.2892	0.3431	-0.3012	-0.6029	-0.0721	-0.5163	0.111	0.9644	0	0.594	-0.1416	0.0459	0.7374	0.103	0.7185	11.3385	-14.4686	-11.0046
3	0.5645	-0.6665	0.4432	0.7088	-0.4412	1.0526	-0.1665	0.1147	0.1203	0.02	-0.001	-0.1001	-0.0688	0.2579	-0.0038	0.4769	-0.1508	-0.0894	0.3958	0.0727	0.5019	1.6459	-8.1313	2.8981
4	1.5524	-1.0361	0.5515	0.7823	-0.6485	1.6636	-0.289	0.0566	0.3938	0.3097	-0.0185	-0.1939	-0.4862	0.4887	-0.142	0.5482	-0.2078	-0.1541	0.4396	0.0944	0.5222	6.5374	-5.92	16.2835
5	0.0764	0.0579	-0.0248	-0.0601	-0.0121	0.0075	-0.2524	-0.6541	0.3959	0.9141	0.0352	-0.2364	-1.121	0.4677	-0.0004	0.8867	-0.021	-0.0551	0.8611	0.132	0.4822	-0.9064	-15.6379	38.327
6	0.5284	0.0161	-0.621	0.3517	-0.585	0.9135	-0.1312	-0.2363	-0.3688	0.2183	0.046	0.2442	-0.0713	0.0308	-0.0727	0.5577	-0.0636	0.0145	0.5453	0.1581	0.4915	-2.366	-22.7617	29.3499
7	-0.0153	-0.0026	0.0417	-0.0109	-0.0035	0.0263	0.5114	0.0558	0.1154	1.0729	-0.5907	1.3652	-0.4346	0.5544	-0.0038	1.2089	-0.0608	-0.0532	1.208	0.4289	0.8919	9.8718	-24.0252	42.7913

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 124 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 214 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 2 through 21 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 22 through 78 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 79 through 88 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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