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- PDB-5dqn: Polyethylene 600-bound form of P450 CYP125A3 mutant from Myobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dqn
タイトルPolyethylene 600-bound form of P450 CYP125A3 mutant from Myobacterium Smegmatis - W83Y
要素Cytochrome P450 CYP125
キーワードOXIDOREDUCTASE / CHOLESTEROL METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / Steroid C26-monooxygenase / Steroid C26-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.262 Å
データ登録者Ortiz de Montellano, P.J. / Frank, D.J. / Waddling, C.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI074824 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Cytochrome P450 125A4, the Third Cholesterol C-26 Hydroxylase from Mycobacterium smegmatis.
著者: Frank, D.J. / Waddling, C.A. / La, M. / Ortiz de Montellano, P.R.
履歴
登録2015年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 CYP125
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2346
ポリマ－46,9971
非ポリマー1,2375
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.821, 108.821, 118.809
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome P450 CYP125


分子量: 46996.734 Da / 分子数: 1 / 変異: W83Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: cyp125, MSMEI_5834 / プラスミド: PCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5(Alpha)
参照: UniProt: I7G9K1, UniProt: A0R4Y3*PLUS, EC: 1.14.13.151

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非ポリマー , 5種, 91分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Well contents (JCSG Core-III screen, G4): 0.1M Phosphate-Citrate buffer, pH 4.2 PEG 600, 40% v/v Drop Contents: 90% Well contents (see above) 10% Silver Bullets screen, B18: - 0.33% w/v 2,6- ...詳細: Well contents (JCSG Core-III screen, G4): 0.1M Phosphate-Citrate buffer, pH 4.2 PEG 600, 40% v/v Drop Contents: 90% Well contents (see above) 10% Silver Bullets screen, B18: - 0.33% w/v 2,6-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt - 0.33% w/v 2-Aminobenzenedisulfonic acid - 0.33% w/v m-Benzenedisulfonic acid disodium salt 0.02M HEPES sodium, pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11585 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11585 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→80.322 Å / Num. obs: 32185 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 51.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04274 / Net I/σ(I): 19.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLM7.0.1データ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4APY

4apy


解像度: 2.262→80.247 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.95 / 位相誤差: 23.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2088 3099 4.91 %Random selection
Rwork0.1646 ---
obs0.1668 32185 99.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.262→80.247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3206 0 82 86 3374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043421
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7994659
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0491278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2621-2.29750.34721400.33292551X-RAY DIFFRACTION93
2.2975-2.33510.35561380.30422779X-RAY DIFFRACTION99
2.3351-2.37540.31831600.28252688X-RAY DIFFRACTION99
2.3754-2.41860.34171200.26542720X-RAY DIFFRACTION99
2.4186-2.46510.32041370.26092747X-RAY DIFFRACTION99
2.4651-2.51540.24431600.22992680X-RAY DIFFRACTION99
2.5154-2.57010.2721340.22992719X-RAY DIFFRACTION99
2.5701-2.62990.23691500.21472773X-RAY DIFFRACTION99
2.6299-2.69570.30551460.20932732X-RAY DIFFRACTION99
2.6957-2.76860.23851360.19232736X-RAY DIFFRACTION99
2.7686-2.850.23841490.18522725X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.9420.25121260.18232785X-RAY DIFFRACTION100
2.942-3.04720.2051290.17732709X-RAY DIFFRACTION99
3.0472-3.16920.22581230.1832732X-RAY DIFFRACTION100
3.1692-3.31340.22531330.19012783X-RAY DIFFRACTION100
3.3134-3.48810.19151610.15122740X-RAY DIFFRACTION100
3.4881-3.70670.18371470.14992732X-RAY DIFFRACTION100
3.7067-3.99290.18481360.13512757X-RAY DIFFRACTION100
3.9929-4.39470.15681350.12322756X-RAY DIFFRACTION100
4.3947-5.03050.12651370.12372724X-RAY DIFFRACTION100
5.0305-6.33750.25411490.15792745X-RAY DIFFRACTION100
6.3375-80.29770.19531530.14382742X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.79530.4403-0.63092.7733-1.05662.59470.0219-0.0946-0.1169-0.00210.04850.07520.1316-0.0888-0.07660.3107-0.0214-0.00950.36690.00570.336612.4743-20.4213-2.188
23.04560.99052.2944.10483.18673.2890.00950.21930.4716-0.13070.0507-0.4876-0.94130.7942-0.03520.5571-0.16380.05090.5135-0.06210.756131.84647.84070.0708
32.7584-0.8131.48822.1188-0.31682.58580.0486-0.19170.23590.0626-0.0228-0.0626-0.3964-0.05680.00870.5033-0.07150.07080.4293-0.05570.456718.49442.1845-0.7351
42.06390.4135-0.44832.2497-0.21221.96590.026-0.1718-0.00540.14030.0036-0.3483-0.07890.4623-0.05230.3328-0.0063-0.00920.47130.02260.349426.3354-13.91091.7426
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 119 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 120 through 144 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 145 through 280 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 281 through 411 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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