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- PDB-5dqc: Co-crystal of BACE1 with compound 0211 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dqc
タイトルCo-crystal of BACE1 with compound 0211
要素Beta-secretase 1
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / B-secretase / inhibitor / Alzheimer's disease / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / protein serine/threonine kinase binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / response to lead ion / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5E7 / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4651 Å
データ登録者Ghosh, A.K. / Bhavanam, S.R. / Yen, T.-C. / Cardenas, E.L. / Rao, K.V. / Downs, D. / Huang, X. / Tang, J. / Mescar, A.D.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2016
タイトル: Design of Potent and Highly Selective Inhibitors for Human beta-Secretase 2 (Memapsin 1), a Target for Type 2 Diabetes.
著者: Ghosh, A.K. / Reddy, B.S. / Yen, Y.C. / Cardenas, E. / Rao, K.V. / Downs, D. / Huang, X. / Tang, J. / Mesecar, A.D.
履歴
登録2015年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,3656
ポリマ－130,2783
非ポリマー2,0883
水2,306128
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1222
ポリマ－43,4261
非ポリマー6961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1222
ポリマ－43,4261
非ポリマー6961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1222
ポリマ－43,4261
非ポリマー6961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.950, 103.403, 100.834
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 43425.961 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-5E7 / N-[(2S,3R)-3-hydroxy-4-({(2S,3S)-3-hydroxy-1-[(2-methylpropyl)amino]-1-oxobutan-2-yl}amino)-1-phenylbutan-2-yl]-5-[methyl(methylsulfonyl)amino]-N'-[(1R)-1-phenylethyl]benzene-1,3-dicarboxamide


分子量: 695.869 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H49N5O7S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG400 Na citrate MgSO4 / PH範囲: 5.0-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→100 Å / Num. obs: 58492 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 26.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 2.4651→45.767 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 1999 3.78 %
Rwork0.1847 50945 -
obs0.1867 52944 89.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.31 Å2 / Biso mean: 60.0407 Å2 / Biso min: 31.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4651→45.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8781 0 147 128 9056
Biso mean--50.88 53.99 -
残基数----1114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96312442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6113254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4651-2.52680.31731090.27652768X-RAY DIFFRACTION68
2.5268-2.59510.33911340.26343438X-RAY DIFFRACTION85
2.5951-2.67140.31511340.26983422X-RAY DIFFRACTION85
2.6714-2.75760.35181370.25033469X-RAY DIFFRACTION85
2.7576-2.85620.30081360.24673463X-RAY DIFFRACTION85
2.8562-2.97050.31731370.22743518X-RAY DIFFRACTION87
2.9705-3.10570.27681410.21813583X-RAY DIFFRACTION88
3.1057-3.26940.2741430.21323641X-RAY DIFFRACTION89
3.2694-3.47420.25851450.20123700X-RAY DIFFRACTION91
3.4742-3.74230.22911510.18723863X-RAY DIFFRACTION95
3.7423-4.11870.21111560.16643964X-RAY DIFFRACTION97
4.1187-4.71410.21451560.15143995X-RAY DIFFRACTION98
4.7141-5.93730.21191600.16574067X-RAY DIFFRACTION99
5.9373-100.19061600.16344054X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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