PDB-5dq4: Endothiapepsin in complex with fragment 66

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dq4

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 66

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Radeva, N. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Radeva, N. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dq4.cif.gz	198.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dq4.ent.gz	159.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dq4_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dq4_full_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示
XML形式データ	5dq4_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	5dq4_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dq4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pb5C 3pbdC 3pbzC 3pcwSC 3pgiC 3pi0C 3pldC 3pllC 3pm4C 3pmuC 3pmyC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5p10-d 3pbz-d 5p38-d 5r2u-d 5p2s-d 3pmu-d 5ozy-d 5p4o-d 5p3x-d 5oz7-d 5p4t-d 4yck-d 5p2k-d 5r3z-d 5p3v-d 5rcj-d 5r3j-d 5rdp-d 5p3b-d 5r3e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.128, 72.766, 52.596
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 90-419 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-5HQ / 1-[6-(furan-2-yl)pyridin-3-yl]methanamine 分子量: 174.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀N₂O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.8912 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8912 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→42.5 Å / Num. obs: 111456 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.07 % / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 21.36
反射シェル	解像度: 1.15→1.22 Å / 冗長度: 3.68 % / R_merge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 5.14 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1492	精密化
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.15→16.511 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 9.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1299	5553	4.99 %
R_work	0.1105	-	-
obs	0.1115	111393	98.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→16.511 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2370	0	19	339	2728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2595
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.282	3581
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.786	860
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	420
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.163	0.2891	119	0.2522	2311	X-RAY DIFFRACTION	65
1.163-1.1766	0.15	194	0.1368	3500	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1766-1.191	0.1161	158	0.1092	3598	X-RAY DIFFRACTION	99
1.191-1.206	0.1162	200	0.1058	3521	X-RAY DIFFRACTION	99
1.206-1.2219	0.124	187	0.1019	3541	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2219-1.2386	0.1289	195	0.1023	3524	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2386-1.2563	0.1281	190	0.0991	3588	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2563-1.2751	0.1195	191	0.0985	3522	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2751-1.295	0.115	218	0.0999	3532	X-RAY DIFFRACTION	99
1.295-1.3162	0.1262	170	0.0961	3610	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3162-1.3389	0.1188	197	0.0954	3538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3389-1.3632	0.1123	181	0.0925	3558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3632-1.3895	0.1224	168	0.0898	3599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3895-1.4178	0.1192	177	0.0885	3618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4178-1.4486	0.1032	185	0.0824	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4486-1.4823	0.1013	190	0.0816	3586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4823-1.5193	0.1058	187	0.0838	3556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5193-1.5604	0.1089	189	0.0821	3600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5604-1.6063	0.1035	188	0.086	3581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6063-1.6581	0.1154	188	0.087	3577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6581-1.7173	0.1137	188	0.0925	3573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7173-1.7859	0.1178	188	0.0943	3579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7859-1.8671	0.1009	190	0.0968	3613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8671-1.9654	0.0913	188	0.0938	3592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9654-2.0883	0.1196	189	0.0983	3588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0883-2.2492	0.1051	189	0.1006	3588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2492-2.4749	0.1181	188	0.111	3592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4749-2.8314	0.1373	191	0.1239	3621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8314-3.5614	0.1564	190	0.1311	3614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5614-16.5127	0.1901	180	0.1555	3469	X-RAY DIFFRACTION	94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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