[日本語] English
万見
- PDB-5dom: Crystal structure, maturation and flocculating properties of a 2S... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dom
タイトルCrystal structure, maturation and flocculating properties of a 2S albumin from Moringa oleifera seeds
要素2S albumin
キーワードPLANT PROTEIN / Moringa oleifera seeds / 2S albumin / flocculating activity
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity
類似検索 - 分子機能
Napin/ 2S seed storage protein/Conglutin / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2S albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Moringa oleifera (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Ullah, A. / Murakami, M.T. / Arni, R.K.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP) ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
CAPES ブラジル
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of mature 2S albumin from Moringa oleifera seeds.
著者: Ullah, A. / Mariutti, R.B. / Masood, R. / Caruso, I.P. / Gravatim Costa, G.H. / Millena de Freita, C. / Santos, C.R. / Zanphorlin, L.M. / Rossini Mutton, M.J. / Murakami, M.T. / Arni, R.K.
履歴
登録2015年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2S albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4123
ポリマ－14,2911
非ポリマー1212
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.867, 106.867, 43.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-337-

HOH

21A-339-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2S albumin / chitin binding protein isoform 3-1 (mMOCBP3-1)


分子量: 14291.200 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 37-158 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moringa oleifera (植物) / 発現宿主: Moringa oleifera (植物) / 参照: UniProt: W5S2D2
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.3
詳細: Initial: 0.1 M sodium acetate pH 4.6 and 2.0 M NaCl, Optimization: 0.1 M sodium acetate pH 4.3 and 2.4 M NaCl
PH範囲: 4.0-5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 13674 / Num. obs: 13674 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 16.96
反射 シェル解像度: 1.7→1.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.69→75.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.902 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26288 608 4.8 %RANDOM
Rwork0.22192 ---
obs0.22391 11992 88.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.896 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å2-0 Å20 Å2
2--0.32 Å2-0 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→75.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数740 0 8 50 798
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.019764
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0181.9321025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14131695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.217588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.85720.9343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.7215136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5931516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6373.119359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5823.111357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9714.633444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9664.64445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3973.828404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3923.829405
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6945.517582
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.51625.676912
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.51225.692913
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.694→1.738 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 48 -
Rwork0.324 629 -
obs--65.79 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る