ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
PHENIX | | 精密化 | XSCALE | | データスケーリング | PHASER | 2.5.6位相決定 | SOLVE | | 位相決定 | PDB_EXTRACT | 3.15 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→36.1 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.93 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.2701 | 728 | 9.97 % |
---|
Rwork | 0.2223 | 6573 | - |
---|
obs | 0.227 | 7301 | 98.49 % |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
---|
原子変位パラメータ | Biso max: 249.42 Å2 / Biso mean: 125.3684 Å2 / Biso min: 42.62 Å2 |
---|
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→36.1 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 1042 | 0 | 0 | 4 | 1046 |
---|
Biso mean | - | - | - | 92.81 | - |
---|
残基数 | - | - | - | - | 123 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
---|
X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.005 | 1081 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.616 | 1448 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.023 | 156 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.002 | 191 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.831 | 432 | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
---|
2.7002-2.9085 | 0.3911 | 143 | 0.346 | 1301 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.9085-3.2011 | 0.3472 | 146 | 0.2848 | 1325 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.2011-3.6639 | 0.3313 | 146 | 0.2486 | 1311 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.6639-4.6146 | 0.2488 | 150 | 0.191 | 1341 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.6146-36.1 | 0.2414 | 143 | 0.2106 | 1295 | X-RAY DIFFRACTION | 93 |
|
---|
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
---|
1 | 3.7408 | -3.5748 | 1.7242 | 3.7235 | -0.2875 | 1.8384 | 0.3047 | -1.2845 | -0.8663 | -0.2095 | 0.1948 | 0.1333 | 0.137 | 0.3364 | -0.4237 | 0.4798 | 0.05 | 0.0421 | 1.1559 | 0.0457 | 0.887 | 2.2596 | 107.0581 | 70.1872 | 2 | 5.5022 | -6.6258 | 2.9275 | 6.2092 | -2.088 | 3.5117 | -0.5536 | -1.4007 | -0.0251 | 0.3327 | 0.7924 | -0.1292 | -0.6438 | -0.5547 | -0.3544 | 0.7601 | 0.0055 | 0.1727 | 0.8103 | 0.0305 | 0.8637 | -32.7307 | 129.3694 | 66.2272 |
|
---|
精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
---|
1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 2 through 62 )A0 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'B' and (resid 1 through 62 )B0 | | | | |
|
---|