PDB-5dol: Crystal structure of YabA amino-terminal domain from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dol

タイトル

Crystal structure of YabA amino-terminal domain from Bacillus subtilis

要素

Initiation-control protein YabA

キーワード

REPLICATION / YabA / DnaA / DnaN / Zinc finger / initiation control

機能・相同性

Initiation control protein YabA / Initiation control protein YabA / DNA replication / identical protein binding / Initiation-control protein YabA

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Cherrier, M.V. / Bazin, A. / Jameson, K.H. / Wilkinson, A.J. / Noirot-Gros, M.F. / Terradot, L.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Tetramerization and interdomain flexibility of the replication initiation controller YabA enables simultaneous binding to multiple partners.
著者: Felicori, L. / Jameson, K.H. / Roblin, P. / Fogg, M.J. / Garcia-Garcia, T. / Ventroux, M. / Cherrier, M.V. / Bazin, A. / Noirot, P. / Wilkinson, A.J. / Molina, F. / Terradot, L. / Noirot-Gros, M.F.

履歴

登録	2015年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dol.cif.gz	68.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dol.ent.gz	51.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5dol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5dol	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5mvw-d 5eiu-d 5mw9-1 6ucl-1 7d2h-d 6uci-d 6irc-d 1b89-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Initiation-control protein YabA

B: Initiation-control protein YabA

15 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Initiation-control protein YabA

B: Initiation-control protein YabA

A: Initiation-control protein YabA

B: Initiation-control protein YabA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.480, 83.480, 64.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

対称性

点対称性: (シェーンフリース記号: C₂ (2回回転対称))

#1: タンパク質	Initiation-control protein YabA 分子量: 7501.492 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-62 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Amino-terminal domain of the protein (residus 1-62) 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 遺伝子: yabA, BSU00330 / プラスミド: PET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37542
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Initiation-control protein YabA

分子量: 7501.492 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-62 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Amino-terminal domain of the protein (residus 1-62)
由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
遺伝子: yabA, BSU00330 / プラスミド: PET151/D-TOPO / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37542

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 3350 (W/V), 100 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 200 mM potassium thiocyanate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93222 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.93222 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 21.2 % / 数: 45757 / R_sym value: 0.141 / D res high: 4.002 Å / D res low: 71.908 Å / Num. obs: 2157 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
12.65	41.52	1	0.057	0.057	15.2
8.94	12.65	1	0.05	0.05	18.6
7.3	8.94	1	0.101	0.101	20.2
6.32	7.3	1	0.18	0.18	21.2
5.66	6.32	1	0.372	0.372	20.5
5.16	5.66	1	0.427	0.427	22.2
4.78	5.16	1	0.38	0.38	22.3
4.47	4.78	1	0.686	0.686	20.7
4.22	4.47	1	0.94	0.94	22.5
4	4.22	1	1.45	1.45	23

反射

解像度: 2.7→36.1 Å / Num. obs: 7306 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.2 % / B_iso Wilson estimate: 90.05 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.079 / R_sym value: 0.072 / Χ²: 0.991 / Net I/av σ(I): 2 / Net I/σ(I): 17.98 / Num. measured all: 51889

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.7-2.8	23	0.537	2.626	1.23	6834	5562	753	297	752	0.309	2.832	1.45	2.6	99.9
2.8-2.9	22.5	0.686	1.566	2.09	6358	4646	629	282	629	0.204	1.68	0.94	4.2	100
2.9-3	20.7	0.801	0.985	3.35	5676	4204	571	274	571	0.153	1.057	0.686	5.4	100
3-3.1	22.3	0.885	0.719	4.59	5548	3706	507	249	507	0.083	0.771	0.38	8.7	100
3.1-3.2	22.2	0.904	0.573	5.87	5217	3342	452	235	452	0.093	0.614	0.427	7.8	100
3.2-3.3	20.5	0.938	0.414	7.93	4442	2772	381	217	381	0.085	0.444	0.372	7.9	100
3.3-4	21.2	0.996	0.113	18.17	4210	12818	1765	199	1765	0.042	0.121	0.18	13.7	100
4-6	20.2	0.999	0.039	37.26	3378	11137	1623	167	1620	0.026	0.042	0.101	22.9	99.8
6-10	18.6	1	0.026	42.26	2666	3395	560	143	545	0.018	0.029	0.05	36.4	97.3
10-41.516	15.2	0.998	0.025	44.72	1428	307	176	94	84	0.018	0.029	0.057	42.5	47.7

-
位相決定

位相決定

手法
単波長異常分散
分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.12 Å	36.15 Å
Translation	4.12 Å	36.15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
SOLVE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→36.1 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2701	728	9.97 %
R_work	0.2223	6573	-
obs	0.227	7301	98.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 249.42 Å² / B_iso mean: 125.3684 Å² / B_iso min: 42.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→36.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1042	0	0	4	1046
B_iso mean	-	-	-	92.81	-
残基数	-	-	-	-	123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1081
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.616	1448
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.023	156
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	191
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.831	432

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7002-2.9085	0.3911	143	0.346	1301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9085-3.2011	0.3472	146	0.2848	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2011-3.6639	0.3313	146	0.2486	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6639-4.6146	0.2488	150	0.191	1341	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6146-36.1	0.2414	143	0.2106	1295	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7408	-3.5748	1.7242	3.7235	-0.2875	1.8384	0.3047	-1.2845	-0.8663	-0.2095	0.1948	0.1333	0.137	0.3364	-0.4237	0.4798	0.05	0.0421	1.1559	0.0457	0.887	2.2596	107.0581	70.1872
2	5.5022	-6.6258	2.9275	6.2092	-2.088	3.5117	-0.5536	-1.4007	-0.0251	0.3327	0.7924	-0.1292	-0.6438	-0.5547	-0.3544	0.7601	0.0055	0.1727	0.8103	0.0305	0.8637	-32.7307	129.3694	66.2272

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 62 )	A	0
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 62 )	B	0

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