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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dmd | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the flagellar assembly factor FliW | |||||||||
要素 | Flagellar assembly factor FliW | |||||||||
キーワード | TRANSLATION / flagellum / assembly factor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Altegoer, F. / Bange, G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Structural basis for the CsrA-dependent modulation of translation initiation by an ancient regulatory protein. 著者: Altegoer, F. / Rensing, S.A. / Bange, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dmd.cif.gz | 155.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dmd.ent.gz | 103 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dmd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5dmd_validation.pdf.gz | 428.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5dmd_full_validation.pdf.gz | 430.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5dmd_validation.xml.gz | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5dmd_validation.cif.gz | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/5dmd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/5dmd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17389.801 Da / 分子数: 2 / 変異: P40Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア) 遺伝子: fliW, GTNG_3059 / プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4ISV0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 40 % (v/v) PEG 400, 5 % (w/v) PEG 3000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→46.38 Å / Num. obs: 49625 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2AJ7 解像度: 1.45→46.383 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.44 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→46.383 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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