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- PDB-5dm6: Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dm6
タイトルCrystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / protein synthesis / peptidyltransferase / ribozyme / ribonucleoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation ...large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Factor Xa Inhibitor - #60 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribosomal protein L25, C-terminal domain / Ribosomal protein L1/L10, domain II / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 ...Factor Xa Inhibitor - #60 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribosomal protein L25, C-terminal domain / Ribosomal protein L1/L10, domain II / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Helix Hairpins - #310 / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Ribosomal Protein L22; Chain A / Outer Surface Protein A; domain 3 / Factor Xa Inhibitor / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Rubrerythrin, domain 2 / Ribosomal protein L1, bacterial-type / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Single Sheet / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / : / Beta Complex / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kaminishi, T. / Schedlbauer, A. / Ochoa-Lizarralde, B. / Connell, S.R. / Fucini, P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Crystallographic characterization of the ribosomal binding site and molecular mechanism of action of Hygromycin A.
著者: Kaminishi, T. / Schedlbauer, A. / Fabbretti, A. / Brandi, L. / Ochoa-Lizarralde, B. / He, C.G. / Milon, P. / Connell, S.R. / Gualerzi, C.O. / Fucini, P.
履歴
登録2015年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22016年2月3日Group: Structure summary
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L1
A: 50S ribosomal protein L2
B: 50S ribosomal protein L3
C: 50S ribosomal protein L4
D: 50S ribosomal protein L5
E: 50S ribosomal protein L6
F: 50S ribosomal protein L11
G: 50S ribosomal protein L13
H: 50S ribosomal protein L14
I: 50S ribosomal protein L15
J: 50S ribosomal protein L16
K: 50S ribosomal protein L17
L: 50S ribosomal protein L18
M: 50S ribosomal protein L19
N: 50S ribosomal protein L20
O: 50S ribosomal protein L21
P: 50S ribosomal protein L22
Q: 50S ribosomal protein L23
R: 50S ribosomal protein L24
S: 50S ribosomal protein L25
T: 50S ribosomal protein L27
U: 50S ribosomal protein L28
V: 50S ribosomal protein L29
W: 50S ribosomal protein L30
Z: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
X: 23S ribosomal RNA
Y: 5S ribosomal RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,360,338228
ポリマ－1,355,52530
非ポリマー4,812198
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area153910 Å2
ΔGint-1362 kcal/mol
Surface area488290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.900, 410.760, 696.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 0ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWZ123

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 23514.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSS8
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29918.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ9
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 21962.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK2
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 21405.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK1
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 19992.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ0
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18266.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSL3
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14945.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSS7
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15837.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXY1
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 14256.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ2
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15177.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSK9
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15543.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ5
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 12538.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSJ5
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 11070.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSL2
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 12290.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RWB4
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13860.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSW7
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 10517.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RY64
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 14432.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ7
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10336.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK0
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11770.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ1
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 19184.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RX88
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8891.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RY65
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 7872.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RRG8
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7646.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ4
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6079.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSL0
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6508.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: P49228
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 5736.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSS4*PLUS
#27: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5626.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSH2
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7316.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RSW6

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#29: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 933750.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: GenBank: 11612676
#30: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 39276.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: GenBank: 11612676

-
非ポリマー , 1種, 198分子

#31: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.54 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection数: 11664835 / Rmerge(I) obs: 0.241 / Χ2: 0.75 / D res high: 2.9 Å / Num. obs: 531662 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
9.1756.961751010.049
6.489.173138810.075
5.296.484026510.117
4.595.294665210.176
4.14.595415910.314
3.744.15966210.607
3.473.746217611.163
3.243.477061811.93
3.063.247076613.451
2.93.067846617.862
反射解像度: 2.9→58.96 Å / Num. obs: 531662 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.9 % / Biso Wilson estimate: 91.89 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.241 / Rrim(I) all: 0.247 / Χ2: 0.75 / Net I/σ(I): 10.38 / Num. measured all: 11664835
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.9-3.0622.40.4787.8620.71175490978756784668.04599.6
3.06-3.240.7233.4511.55155598470976707663.53299.7
3.24-3.470.8541.932.72163301870748706181.97399.8
3.47-3.740.9281.1634.33138959462274621761.1999.8
3.74-4.10.9750.6077.49131245059730596620.62199.9
4.1-4.590.9930.31412.59122831254200541590.32199.9
4.59-5.290.9970.17618.2798483246667466520.18100
5.29-6.480.9980.11725.0987182140266402650.12100
6.48-9.170.9990.07533.4460952331388313880.077100
9.17-58.960.9990.04948.6532439217607175100.0599.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→58.96 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2703 24666 4.67 %
Rwork0.2353 503863 -
obs0.237 528529 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 349.35 Å2 / Biso mean: 125.6658 Å2 / Biso min: 39.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→58.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26865 62274 198 0 89337
Biso mean--97.6 --
残基数----6389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01898492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.514147899
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05918615
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077735
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.21245493
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.9330.46784880.4684156851617391
2.933-2.96750.41035800.4659162121679296
2.9675-3.00370.44517440.464164521719698
3.0037-3.04170.4767180.4487166201733898
3.0417-3.08170.42487220.4196166911741399
3.0817-3.12390.42367780.3922167101748899
3.1239-3.16850.39258080.37251677117579100
3.1685-3.21580.40637900.3591681317603100
3.2158-3.26610.37238450.351679717642100
3.2661-3.31960.37478310.33921677417605100
3.3196-3.37690.34668760.32711675017626100
3.3769-3.43830.36668820.32371677617658100
3.4383-3.50440.35588090.30591679017599100
3.5044-3.57590.32868450.28991683217677100
3.5759-3.65360.31718840.27261678217666100
3.6536-3.73860.30669280.26351667917607100
3.7386-3.83210.28898220.24841691717739100
3.8321-3.93570.27068360.241686517701100
3.9357-4.05150.27958670.23111683817705100
4.0515-4.18220.27628680.22571679117659100
4.1822-4.33160.25698640.21811684217706100
4.3316-4.5050.26668360.21421694117777100
4.505-4.710.25398810.20511685417735100
4.71-4.95820.25038510.20061695017801100
4.9582-5.26860.23888980.19541690817806100
5.2686-5.67510.22548550.18821699917854100
5.6751-6.24570.22948960.18561699417890100
6.2457-7.14810.22728730.18431708217955100
7.1481-9.00070.22449590.18911710018059100
9.0007-58.97280.21528320.19681764818480100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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