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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dm0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the plantazolicin methyltransferase BamL in complex with triazolic desmethylPZN analog and SAH | ||||||
![]() | plantazolicin methyltransferase BamL | ||||||
![]() | transferase/transferase inhibitor / N-methyltransferase / plantazolicin / desmethylPZN analog / transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hao, Y. / Nair, S.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights into methyltransferase specificity and bioactivity of derivatives of the antibiotic plantazolicin. 著者: Hao, Y. / Blair, P.M. / Sharma, A. / Mitchell, D.A. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30966.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: DSM 23117 / BGSC 10A6 / FZB42 / 遺伝子: RBAM_007500 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 100mM Bis-tris, 200mM Li2SO4, 22-26% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→25 Å / Num. obs: 64060 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 6.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.75→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.142 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.276 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→25 Å
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拘束条件 |
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