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- PDB-5dld: Crystal Structure of a UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase from B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dld
タイトルCrystal Structure of a UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase from Burkholderia vietnamiensis complexed with UDP-GlcNAc and UDP
要素UDP-N-Acetylglucosamine 2-epimerase
キーワードISOMERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-N-Acetylglucosamine 2-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase from Burkholderia vietnamiensis complexed with UDP-GlcNAc and UDP
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Dranow, D.M. / Fairman, J.W. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-Acetylglucosamine 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0209
ポリマ－45,6541
非ポリマー1,3668
水8,215456
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: UDP-N-Acetylglucosamine 2-epimerase
ヘテロ分子

A: UDP-N-Acetylglucosamine 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,03918
ポリマ－91,3082
非ポリマー2,73216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7960 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area26590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.000, 81.410, 55.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-988-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-N-Acetylglucosamine 2-epimerase


分子量: 45653.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)
株: G4 / LMG 22486 / 遺伝子: Bcep1808_4142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A4JLG9, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing)

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非ポリマー , 7種, 464分子

#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物 ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: BuviA.00061.c.B1.PS02389 at 24.8 mg/ml incubated with 3 mM UDP-N-acetylglucosamine, then then mixed 1:1 with MCSG1(f5): 20% PEG-3350, 0.2 M sodium acetate, cryoprotected with 20% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月8日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 87041 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 12.33 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 18.04 / Num. measured all: 360763
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.45-1.493.40.730.5272.2221114659462150.62694.3
1.49-1.530.830.4073.1222642641661160.47895.3
1.53-1.570.90.345425333632760710.39596
1.57-1.620.9340.285.0225007605158170.3296.1
1.62-1.670.9530.2336.1124462590956950.26696.4
1.67-1.730.9670.1947.4423976576855740.22196.6
1.73-1.80.9810.1499.6422771547253090.1797
1.8-1.870.9880.11812.0722017531751530.13496.9
1.87-1.960.9920.09314.8621116509749480.10697.1
1.96-2.050.9950.07418.4220233489347470.08497
2.05-2.160.9960.05623.2119167462545190.06497.7
2.16-2.290.9970.04826.8118303443143300.05597.7
2.29-2.450.9980.04129.7516935408140060.04798.2
2.45-2.650.9980.03633.816121388738170.04298.2
2.65-2.90.9990.03237.9414616352734790.03798.6
2.9-3.240.9990.02941.7613435322631900.03398.9
3.24-3.740.9990.02447.4511755282527970.02899
3.74-4.590.9990.02350.9910003239823790.02699.2
4.59-6.480.9990.02250.487811187818660.02599.4
6.480.9990.02349.773946104910130.02696.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_2050: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vgv

1vgv


解像度: 1.45→27.31 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.159 4134 4.95 %
Rwork0.1344 79355 -
obs0.1357 83489 93.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.28 Å2 / Biso mean: 19.7916 Å2 / Biso min: 7.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→27.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2938 0 87 457 3482
Biso mean--21.61 33.96 -
残基数----379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1334404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5981189
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4499-1.46640.25641060.20462255236182
1.4664-1.48370.24581230.1982360248382
1.4837-1.50180.21941270.1892363249083
1.5018-1.52080.22691230.16552428255187
1.5208-1.54080.21781170.16392497261487
1.5408-1.56190.2071260.14642507263389
1.5619-1.58420.16751310.13882487261888
1.5842-1.60780.17681270.13192591271890
1.6078-1.6330.16831220.12482549267190
1.633-1.65970.17431300.12482593272391
1.6597-1.68840.1671470.11952582272992
1.6884-1.7190.1631370.12852615275292
1.719-1.75210.16241690.12362584275393
1.7521-1.78790.14871340.12192667280193
1.7879-1.82670.14821480.12272658280694
1.8267-1.86920.16291180.12382687280594
1.8692-1.91590.1631500.12262673282395
1.9159-1.96770.1541710.12972735290696
1.9677-2.02560.14341550.1292690284596
2.0256-2.0910.15661470.12822738288596
2.091-2.16570.16781500.1272728287897
2.1657-2.25240.15571460.12372791293797
2.2524-2.35480.16021270.1262785291298
2.3548-2.47890.1551450.12662778292398
2.4789-2.63410.14091360.13162816295298
2.6341-2.83730.14991470.13792774292199
2.8373-3.12240.1491430.14572844298799
3.1224-3.57340.15971420.14012837297999
3.5734-4.49880.12811350.12492874300999
4.4988-27.31440.16561550.14292869302498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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